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AminoGrapes: Structure-Weighted Evolutionary Scoring for Viral Protein Fitness Prediction

Questo articolo valuta AminoGrapes, un metodo di punteggio evolutivo privo di parametri e pesato sulla struttura per la previsione del fitness delle proteine virali, riscontrando che, sebbene superi significativamente il modello linguistico ESM2-650M nei saggi virali, non riesce a eguagliare i migliori metodi esistenti o a migliorare le prestazioni dell'ensemble, probabilmente a causa di scelte progettuali influenzate dalla conoscenza pregressa dei risultati del benchmark.

MUHAMMAD Saad2026-10-05

🧬 biologia

Beethoven's genome shows elevated genetic susceptibility to otosclerosis

Sebbene il genoma di Beethoven riveli un'elevata suscettibilità genetica all'otosclerosi rispetto agli europei contemporanei, lo studio conclude che tali risultati esplorativi sono insufficienti a confermare l'otosclerosi come la causa definitiva della sua sordità.

Baptiste Dumoulin2026-10-05

🧬 biologia

Integrated Bioinformatics Approach Identifies Shared Hub Genes and Pathways Underlying Probiotic Responses in Colorectal Cancer

Questo studio utilizza un approccio bioinformatico integrato per rivelare che diversi ceppi probiotici convergono su geni hub condivisi (come MYC, TNF e NFKBIA) e percorsi chiave che coinvolgono la segnalazione infiammatoria, la risposta alle proteine ripiegate e la morte cellulare per esercitare effetti protettivi contro il cancro del colon-retto.

Devanshi Sarode2026-10-05

🧬 biologia

Cross-domain transfer of frozen 3DINO representations for marker-sparing classification of hepatic 3D nuclear morphotypes

Questo studio dimostra che rappresentazioni auto-supervisionate 3D congelate (3DINO), pre-addestrate su dati privi di fluorescenza, consentono una classificazione accurata e con risparmio di marcatori dei morfotipi nucleari 3D epatici utilizzando solo colorazioni DAPI, superando le caratteristiche artigianali e eguagliando le prestazioni delle 3D CNN addestrate end-to-end, preservando al contempo preziosi canali di fluorescenza per altri readout biologici.

Alisson Terán Ballagán, Jean Taylor, Dilan Martínez-Torres, Fabián Segovia-Miranda, Hernán Morales-Navarrete2026-10-05

🧬 biologia

Helminth infection confers transient antibacterial immunity via IL-4–trained tissue macrophages

Questo studio rivela che un'infezione elmintica transitoria induce una riprogrammazione epigenetica guidata dall'IL-4 dei macrofagi peritoneali residenti, conferendo un'immunità antibatterica sistemica a breve termine contro *Staphylococcus aureus* e sfidando la visione convenzionale secondo cui gli elminti sopprimono esclusivamente la difesa dell'ospite.

Shih-chin Cheng, Jia Zhang, Junqiao Liu, Qingxiang Gao, Xinnan Liu, Buyun Dang, Stanley Huang2026-10-05

🧬 biologia

Interleukin-17 Inhibits Myelin-Related Protein Expression in Human Oligodendrocytes via NF-κB/STAT3 Signaling: Implications for Bipolar Disorder

Questo studio dimostra che l'interleuchina-17 sopprime l'espressione delle proteine correlate alla mielina negli oligodendrociti umani attivando la via di segnalazione NF-κB/STAT3, fornendo così un collegamento meccanicistico tra la neuroinfiammazione e la disfunzione della mielina nel disturbo bipolare.

Xiajin Ren2026-10-04

🧬 biologia

A Novel ΔNp63α Variant in Fetus with Split Hand/Foot Malformation Disrupts Transcriptional Function and Promotes Apoptosis

Questo studio identifica una nuova variante probabilmente patogena ΔNp63α (K94E) in un feto con malformazione mano-piede fissa che compromette la regolazione trascrizionale di DLX5 e promuove l'apoptosi, elucidando così un nuovo meccanismo molecolare alla base del disturbo.

peisen liu, chunyu li, yingdi liu, yaning liu, jing liu, runyu lv, qimin zhou, qin xing, huimin zhu, juan wen, desheng l (…)2026-10-04

🧬 biologia

Longitudinal salivary microbial signatures of exacerbations in COPD

Questo studio longitudinale dimostra che le riacutizzazioni della BPCO sono associate a perturbazioni distinte e ricorrenti nel microbiota salivare, caratterizzate da fioriture transitorie di patobionti e una ridotta diversità, suggerendo che la saliva possa catturare efficacemente la dinamica microbica di questi eventi respiratori acuti.

Sara Melo-Dias, Catarina R. Almeida, Alda Marques, Ana Sousa2026-10-04

🧬 biologia

Spatial epithelial and stromal remodeling in isolated human pancreatic intraepithelial neoplasia before invasion

Integrando la trascrittomica spaziale, la validazione istologica e gli organoidi derivati da pazienti, questo studio rivela che la neoplasia intraepiteliale pancreatica di alto grado costituisce un ecosistema preinvasivo biologicamente attivo caratterizzato da una significativa espansione stromale periduttale, un arricchimento di miofibroblasti e una segnalazione epitelio-stromale reciproca che precede l'invasione.

Atsuhiro Masuda, Masahiro Tsujimae, Tetsuhisa Ko, Mika Miki, Kohei Okamoto, Kento Ogawa, Tatsuya Kageyama, Takafumi Toku (…)2026-10-04

🧬 biologia

USP13 stabilizes prohibitin 1 to support CD14 turnover and restrain TLR4-NLRP3 inflammatory signaling in sepsis

Questo studio identifica un asse proteostatico USP13-PHB1-CD14 nella sepsi in cui USP13 stabilizza la proibitina 1 per promuovere il turnover di CD14, limitando così la segnalazione infiammatoria TLR4-NLRP3 e riducendo la mortalità.

Jiahuan Lu, Huixing Dong, Yaru Pan, Wanli Yang, Hengxiang Cui, Feng Hu, Zhongqing Xu2026-10-04

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