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Anterior-to-posterior rewiring of the fronto-parietal network shapes large-scale reorganisation for motor recovery after a focal M1 lesion in macaques

In seguito a una lesione focale della M1 nei macachi, il recupero motorio è guidato da una riorganizzazione della rete su larga scala caratterizzata da un ricollegamento antero-posteriore del circuito fronto-parietale, dove le indebolite connessioni canoniche PMv–AIP sono compensate dal rinforzo delle vie non canoniche PMv–pVIP per ripristinare la funzione di presa.

Tatsuya Yamamoto¹, Yumi Murata, Takayuki Ose, Takuya Hayashi, Noriyuki Higo2026-07-27
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Evolutionary dynamics and selection modeling of climate-driven Vibrio vulnificus expansion into high-latitude environments

Questo studio rivela che i ceppi di *Vibrio vulnificus* nel Mar Baltico, che comprendono un mix di isolati ambientali e clinici, si sono adattati all'ambiente freddo e salmastro attraverso la selezione positiva su geni specifici come *opsX* e *menC*, subendo al contempo un compromesso genomico caratterizzato da una drastica riduzione della complessità dei sistemi di difesa e da un aumento dell'integrazione di elementi genetici mobili per facilitare l'infezione umana.

Hevar Barznji2026-07-27
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Evaluation Choices in Gene Regulatory Network Inference: An Empirical Analysis on DREAM4

Questo studio dimostra che, nei benchmark di inferenza di reti di regolazione genica a basso segnale, le classifiche di performance relativa dei metodi sono altamente fragili e significativamente alterate dalle scelte negli insiemi di archi candidati e nelle dimensioni dei campioni, sottolineando la critica necessità di riportare i protocolli di valutazione insieme ai punteggi dei benchmark.

Liu Chen2026-07-27
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The Ground-Truth Problem in Regulatory Genomics: An Empirical Analysis of Reference-Dependent Method Rankings

Questo studio dimostra che la classifica dei metodi di inferenza delle reti di regolazione genica è altamente sensibile alla scelta della rete di riferimento, rivelando che oltre la metà dei confronti tra i metodi può invertirsi a seconda della definizione biologica e della copertura della verità di base, sostenendo così che la selezione del riferimento debba essere trattata come una variabile sperimentale critica piuttosto che come un'ipotesi di base fissa.

Liu Chen2026-07-27
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How Much Does a Benchmark Weight Move a Leaderboard? An Empirical Analysis of Single-Cell Integration Rankings

Questa analisi empirica del benchmark di integrazione single-cell scIB rivela che, sebbene la classifica pubblicata sia localmente stabile, il metodo vincitore e l'ordinamento complessivo sono sensibili a variazioni difendibili nelle priorità dei pesi e nella composizione dei compiti, suggerendo che i report dei benchmark dovrebbero includere curve di sensibilità e stime di incertezza piuttosto che fare affidamento esclusivamente su una singola tabella di classificazione.

Liu Chen2026-07-27
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Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings

Questo studio empirico dimostra che il modello biologico di base scGPT esibisce un'associazione piccola ma riproducibile tra la geometria del suo embedding genico statico e il vicinato genomico lineare, rivelando che i geni situati vicini sullo stesso cromosoma sono più simili nella rappresentazione del modello rispetto ai geni distanti, nonostante questa informazione spaziale non sia stata fornita esplicitamente durante l'addestramento.

Liu Chen2026-07-27
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The effect of dietary fiber based on fermentability and viscosity on the gut microbiome composition in chronic kidney disease: a systematic review of experimental and clinical trials

Questa revisione sistematica di 22 studi sperimentali e clinici conclude che gli interventi isolati con fibre alimentari producono effetti variabili e ampiamente incoerenti sulla composizione del microbiota intestinale nei pazienti con malattia renale cronica, senza che emerga alcun modello chiaro basato esclusivamente sulla fermentabilità o sulla viscosità delle fibre.

Seyedeh Nooshan Mirmohammadali, Claudia Carrillo, Jason B. Reed, Brandon M. Kistler, Hannah E. Wilson, Bruce Hamaker, Sh (…)2026-07-27
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Regional sequence and embedding divergence among five grass OsNAC25-like proteins

Questo studio analizza cinque proteine simili a OsNAC25 delle graminacee per dimostrare che, mentre l'identità di sequenza e la confidenza della predizione strutturale mostrano costantemente una maggiore conservazione nel dominio di legame al DNA N-terminale rispetto alla regione C-terminale, gli embedding dei modelli linguistici proteici sono significativamente influenzati dall'identità specifica del candidato, evidenziando la sequenza del miglio finger come una priorità per ulteriori indagini filogenetiche.

Neil Sumanth2026-07-27
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A Curvature Guided Composite Kernel Framework for Differential Gene Selection in Cancer Transcriptomics

Questo articolo propone un framework di kernel composito guidato dalla curvatura che sfrutta i principi della meccanica quantistica per proiettare i dati RNA-seq in uno spazio di Hilbert, utilizzando un meccanismo di ricerca gravitazionale per identificare i geni differenzialmente espressi minimizzando la perdita di rappresentazione sul manifold latente.

Manan Gupta, Arka Prava Sarkar2026-07-27
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Natural Language Processing Psychometrics

Questo articolo introduce la "Psicometria NLP", un framework che sfrutta le persone dei Large Language Model e tecniche di IA interpretabile per collegare i punteggi di predizione psicologica a specifiche caratteristiche linguistiche, dimostrando che, sebbene i dati sintetici possano esporre efficacemente i bias e predire esiti di salute mentale come la depressione e la soddisfazione di vita, non possono sostituire la validazione umana.

Edoardo Sebastiano De Duro, Emma Franchino, Massimo Stella2026-07-27