🧬 Category

q-bio

6547 articoli

📄 altro

How Much Does a Benchmark Weight Move a Leaderboard? An Empirical Analysis of Single-Cell Integration Rankings

Questa analisi empirica del benchmark di integrazione single-cell scIB rivela che, sebbene la classifica pubblicata sia localmente stabile, il metodo vincitore e l'ordinamento complessivo sono sensibili a variazioni difendibili nelle priorità dei pesi e nella composizione dei compiti, suggerendo che i report dei benchmark dovrebbero includere curve di sensibilità e stime di incertezza piuttosto che fare affidamento esclusivamente su una singola tabella di classificazione.

Liu Chen2026-07-27
📄 altro

Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings

Questo studio empirico dimostra che il modello biologico di base scGPT esibisce un'associazione piccola ma riproducibile tra la geometria del suo embedding genico statico e il vicinato genomico lineare, rivelando che i geni situati vicini sullo stesso cromosoma sono più simili nella rappresentazione del modello rispetto ai geni distanti, nonostante questa informazione spaziale non sia stata fornita esplicitamente durante l'addestramento.

Liu Chen2026-07-27
📄 altro

The effect of dietary fiber based on fermentability and viscosity on the gut microbiome composition in chronic kidney disease: a systematic review of experimental and clinical trials

Questa revisione sistematica di 22 studi sperimentali e clinici conclude che gli interventi isolati con fibre alimentari producono effetti variabili e ampiamente incoerenti sulla composizione del microbiota intestinale nei pazienti con malattia renale cronica, senza che emerga alcun modello chiaro basato esclusivamente sulla fermentabilità o sulla viscosità delle fibre.

Seyedeh Nooshan Mirmohammadali, Claudia Carrillo, Jason B. Reed, Brandon M. Kistler, Hannah E. Wilson, Bruce Hamaker, Sh (…)2026-07-27
📄 altro

Regional sequence and embedding divergence among five grass OsNAC25-like proteins

Questo studio analizza cinque proteine simili a OsNAC25 delle graminacee per dimostrare che, mentre l'identità di sequenza e la confidenza della predizione strutturale mostrano costantemente una maggiore conservazione nel dominio di legame al DNA N-terminale rispetto alla regione C-terminale, gli embedding dei modelli linguistici proteici sono significativamente influenzati dall'identità specifica del candidato, evidenziando la sequenza del miglio finger come una priorità per ulteriori indagini filogenetiche.

Neil Sumanth2026-07-27
📄 altro

A Curvature Guided Composite Kernel Framework for Differential Gene Selection in Cancer Transcriptomics

Questo articolo propone un framework di kernel composito guidato dalla curvatura che sfrutta i principi della meccanica quantistica per proiettare i dati RNA-seq in uno spazio di Hilbert, utilizzando un meccanismo di ricerca gravitazionale per identificare i geni differenzialmente espressi minimizzando la perdita di rappresentazione sul manifold latente.

Manan Gupta, Arka Prava Sarkar2026-07-27
📄 altro

Natural Language Processing Psychometrics

Questo articolo introduce la "Psicometria NLP", un framework che sfrutta le persone dei Large Language Model e tecniche di IA interpretabile per collegare i punteggi di predizione psicologica a specifiche caratteristiche linguistiche, dimostrando che, sebbene i dati sintetici possano esporre efficacemente i bias e predire esiti di salute mentale come la depressione e la soddisfazione di vita, non possono sostituire la validazione umana.

Edoardo Sebastiano De Duro, Emma Franchino, Massimo Stella2026-07-27
📄 altro

Comparative Transcriptomics Reveals a Conserved Antibacterial Immune Program with Pathogen-Specific Remodeling of Macrophage Cellular Functions

Questo studio utilizza la trascrittomica comparativa di quattro distinte infezioni batteriche per rivelare che l'immunità antibatterica dei macrofagi è organizzata attorno a un nucleo infiammatorio conservato, il quale è sovrapposto da un rimodellamento specifico del patogeno di funzioni cellulari quali il metabolismo e la regolazione del ciclo cellulare.

Umama Shahid, Sonia Dangi2026-07-27
📄 altro

Compartment Mismatch Produces Near-Perfect Apparent Discrimination in Blood-Referenced DNA-Methylation Classifiers: A Public-Cohort Reanalysis of Hematologic-Malignancy Series

Questo studio dimostra che i classificatori di metilazione del DNA basati sul sangue spesso ottengono una discriminazione apparente quasi perfetta nelle coorti di malignità ematologiche non grazie alla rilevazione della malattia, ma a causa di discrepanze non tenute in conto tra i compartimenti cellulari del riferimento sano e dei campioni malati, rendendo tali validazioni non corrette ininterpretabili.

Frederic Scheer2026-07-27
📄 altro

Biases, blind spots and signals in public One Health genome data for carbapenemase-producing Enterobacterales

Un'analisi di quasi 140.000 record genomici pubblici rivela che, sebbene i dati relativi agli Enterobacterales produttori di carbapenemasi esibiscano modelli distinti specifici per la fonte, l'oscutante dominanza dei campioni clinici evidenzia un significativo punto cieco nella sorveglianza nei settori ambientale, animale e alimentare, indicando che la composizione del repository piuttosto che la reale prevalenza guida l'attuale visibilità.

Georgios Miliotis2026-07-27
📄 altro

Real-time Visualization of Spliceosome Assembly Reveals Basic Principles of 3’ Splice Site Selection

Sviluppando un modello cinetico basato sull'imaging a singola molecola, questo studio rivela che lo spliceosoma raggiunge una selezione ad alta fedeltà del sito di splicing 3' attraverso un meccanismo di correzione di bozze cinetica parziale che coinvolge DDX42, dove l'impegno avviene dopo il legame di U2AF piuttosto che durante l'interazione iniziale.

Dan Larson, Benjamin Donovan, Bixuan Wang, Gloria Garcia, Stephen Mount2026-07-27