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PathwayBench: a multi-criterion benchmark of pseudobulk pathway activity scoring methods reveals rank-window competition as a mechanism of biological signal loss in single-cell RNA-seq

PathwayBench introduce un benchmark multi-criterio completo che rivela come la "competizione della finestra di rango" causi perdita di segnale biologico e inversione di direzione nei metodi di punteggio dei pathway basati sul rango, guidando così la selezione basata sull'evidenza dei metodi per le analisi di RNA-seq a singola cellula pseudobulk.

Fadhl M. Alakwaa¹, Ahmed Elbaz², Sara Al Azzam³, Tasnim Alshebani⁴2026-07-10

🧬 biologia

Biochemical efficacy in the inhibition of oxidative stress mediated by Enterococcus faecium and Streptococcus bovis isolated from the intestinal microbiota

Questo studio dimostra che specifici isolati di *Enterococcus faecium* e *Streptococcus bovis* provenienti dal microbiota intestinale umano sano esibiscono una formazione di biofilm sinergica e significative attività antiossidanti, chelanti del ferro e anti-lipoperossidazione, evidenziando il loro potenziale come probiotici per mitigare lo stress ossidativo.

Bachir Bourroubey2026-07-10

🧬 biologia

Adaptive executive control indexed by frontal theta/beta dynamics and trial-level EEG during ecologically valid tasks in schizophrenia

Questo studio dimostra che gli individui con schizofrenia esibiscono un controllo esecutivo adattivo compromesso durante compiti ecologicamente validi, caratterizzato da elevati rapporti theta/beta frontali basali e una ridotta modulazione EEG a livello di prova rispetto ai controlli sani.

Winai Chatthong, Maliwan Rueankam, Supalak Khemthong2026-07-10

🧬 biologia

Flagellar Oncogenicity in the Hypocomplement–Tumour Holobiont: A Five-Prediction Hypothesis Paper on Bacterial Flagella as Effectors of Virus-Driven and Coinfection-Driven Carcinogenesis

Questo articolo ipotetico propone che i flagelli batterici fungano da principali effettori della carcinogenesi guidata da virus e coinfezioni all'interno del microbioma tumorale, collegando la biologia flagellare, l'evasione del complemento e la dominanza microbica, e delinea cinque previsioni testabili più una sesta ipotesi estesa per guidare la futura ricerca nell'immuno-oncologia.

Shrish Chandra Srivastava2026-07-10

🧬 biologia

Chronic Antigen Exposure and Immune Tolerance Dynamics: A Unified Treg–Tpex Phase Transition Framework

Questo articolo propone un quadro unificato di transizione di fase in cui gli esiti dell'esposizione cronica all'antigene sono governati da un indice di stabilità della tolleranza ( $S_i$ ) e da una "marea immunitaria" dinamica, prevedendo spostamenti bruschi tra stati di tolleranza ed effettore attraverso la dinamica delle biforcazioni critiche in diverse condizioni cliniche.

Yuanshan Zhang2026-07-10

🧬 biologia

The Aiko–Takeru (AT) Model: A Kidney-Level Flux–Balance Framework for Asymmetric PKD Progression

Il Modello Aiko–Takeru (AT) propone un quadro di bilancio del flusso a livello renale, derivato da uno studio longitudinale felino con asimmetria del drenaggio indotta, suggerendo che la progressione asimmetrica della malattia policistica renale sia guidata da differenze specifiche del rene nell'efficienza del drenaggio piuttosto che dalla sola esposizione sistemica alla vasopressina.

Naruhiko Nakanishi2026-07-10

🧬 biologia

Modulation of layer II immature neurons in the neocortex of sheep kept in different environmental conditions

Questo studio dimostra che sia l'isolamento stressante che l'arricchimento ambientale riducono significativamente il numero di neuroni immaturi nella neocorteccia delle pecore rispetto ai controlli, probabilmente accelerandone la maturazione, rivelando così che i fattori legati allo stile di vita possono indurre plasticità strutturale negli strati superiori dei cervelli giracefali.

Luca Bonfanti2026-07-10

🧬 biologia

Decoding Viral Signatures: Comparative Transcriptomics of SARS-CoV-2, Influenza A, and RSV Reveals Virus-Specific Host Responses

Questo studio utilizza la trascrittomica comparativa di infezioni da SARS-CoV-2, Influenza A e RSV in cellule epiteliali delle vie aeree umane per rivelare che questi virus respiratori inducono risposte trascrizionali dell'ospite ampiamente distinte e specifiche per ogni virus con minime firme geniche condivise, suggerendo la necessità di strategie terapeutiche e diagnostiche mirate al patogeno.

Oluwadamilola Sadiku2026-07-10✓ Author reviewed ⓘ

🧬 biologia

ATP-Fueled Autonomous Pathway-Selective Signal Transduction on DNA-Nanostructure Tracks

Questo articolo presenta una rete di reazioni del DNA enzimatiche alimentata da ATP che consente la trasduzione di segnali transitori, autonoma, confinata nel sito e selettiva per via, su binari di nanostrutture di DNA, caratterizzata da un meccanie di rimozione dell'input basato su RNA per l'elaborazione ripetuta di informazioni programmabili in nanodispositivi fuori equilibrio.

Jie Deng, Xingyu Liu, Yan Liu2026-07-10

🧬 biologia

Dual targeting of BCL-XL and MCL-1 exposes a rapid and exploitable apoptotic vulnerability in non-small cell lung cancer

Questo studio dimostra che il doppio targeting di BCL-XL e MCL-1, piuttosto che l'inibizione di una singola proteina, innesca un'apoptosi mitocondriale rapida, sinergica e indipendente da p53 nella maggior parte delle cellule di carcinoma polmonare non a piccole cellule, rivelando una rete cooperativa di sopravvivenza come una chiave vulnerabilità terapeutica.

Liyang Wu, Baris Budak, Oihane Ofogo, Ali Jazaeri Jouneghani, Philippe JeanRichard, Daniel Bachmann, Thomas Kaufmann2026-07-10

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