15 件の論文
この論文は、個々の反応のアーレニウス型温度依存性が、決定論的および確率的なネットワークモデルを通じて、生物システムレベルでの非アーレニウス型スケーリングや温度補償などの創発的動態へと変換されるメカニズムを解説し、経験的な温度応答曲線と分子組織の間の架け橋を提供するものである。
この論文は、質量作用ネットワークにおいて保存量が内部サイクルと双対であるとし、最大不変多面体サポートとプレクラスター、そしてサイフォンとプレクラスターの間に双対関係が存在すると主張・仮説を提示しています。
この論文は、ネットワークの結合構造からホメオスタシス（恒常性）のサブネットワークと条件を自動的に同定・分類する Python ベースのアルゴリズムを開発し、複雑な生物学的ネットワークにおけるホメオスタシス機構の解析を可能にするものである。
この論文は、コンパートメント内の物質量に依存して断片化が起こる確率的反応ネットワークモデルを扱い、既存の非爆発性判定条件が成立しないことを示した上で、線形リャプノフ関数を仮定した新たな非爆発性と正再帰性の十分条件を導出するものです。
この論文は、化学反応ネットワーク理論と数理疫学の手法を統合し、正の常微分方程式系の安定性問題（特に次世代行列定理の一般化や分岐問題の解析）を解決するための新たな枠組みとツールを提案しています。
本研究は、反応拡散系におけるトリガー波の伝播速度や臨界核サイズが、ATP 濃度やリン酸化の自由エネルギーといった細胞内のエネルギー状態によって調節されることを明らかにし、代謝条件と空間的な波のダイナミクスを結びつけた理論的枠組みを提示した。
drGT は、薬・遺伝子・細胞の異種ネットワークとアテンション機構を活用して薬物応答を高精度に予測すると同時に、既知の標的や文献に基づく新たなバイオマーカー候補を解釈可能に提示する深層学習モデルです。
この論文は、競争的ブロッキング回路と濃度調整戦略を導入することで、従来の DNA 2 進加算器の限界を克服し、17 ビットまでのスケーラブルな DNA 3 進フル加算器を実現したことを報告しています。
この論文は、準反応系における非線形局所平均場近似を用いたハザード率の 1 次テイラー展開に基づく解析解を提案し、大時間間隔の観測データや生物学的な剛性に対処しながら、従来の手法よりも効率的かつ高精度に反応速度定数を推定するアルゴリズムを開発し、霊長類の細胞分化データへの適用性を示したものである。
本研究は、大規模なスクリーニングやマルチオミクスデータから遺伝的・タンパク質の共依存性を統合し、構造的相互作用との関連性を示唆する包括的なデータベース「HIDDENdb」を構築し、ウェブインターフェースを通じて公開したことを報告しています。
本論文は、化学反応ネットワーク理論（CRNT）と EpidCRN パッケージを用いて多菌株の噂モデルを解析し、最小サイフォンの格子構造に基づく「リレー」型の安定性遷移メカニズムを明らかにするとともに、従来のトランスクリティカル分岐やホフバウアーの侵入グラフとの構造的差異を論じています。
この論文は、従来の遺伝子回路の動的解析がパラメータ調整に依存するのに対し、統計力学モデルを用いて細胞内のシグナル分子濃度という生体内の制御因子に焦点を当て、ヒル関数ではなく熱力学的モデルを採用することで、生細胞における遺伝子スイッチの安定性制御に関する新たな知見を得ることを目指しています。
本論文は、ブールネットワークにおいてネットワーク全体の動的挙動を決定する「支配的頂点」の概念を定式化し、これに基づいて元の系と漸近的に共役な縮小系を構築することで、アトラクタの構造や基底の特性を解析可能な形で簡略化する手法を提案し、クローバネットワークなどの具体例や数値実験を通じてその有効性を示しています。
この論文は、遺伝子制御ネットワーク推論のベンチマークにおいて評価プロトコルの変更が結果のランキングに与える不安定性を定量化し、その変動が手法の識別能力の違いに起因することを示す診断フレームワークを提案しています。
この論文は、カルシウム濃度と筋力という 2 つのパラメータを用いた 1 次元イジングモデルを提案し、筋収縮におけるフィラメントの協同性とオメカントビル（OM）による阻害のメカニズムを説明するとともに、実験データとの整合性を示したものである。