A Phase-field Model for Apoptotic Cell Death
この論文は、活性化場によって誘発されるアポトーシス（プログラム細胞死）をシミュレーションするための位相場モデルを提案し、細胞の収縮や膜のブベリングなどの形態変化を再現して電子顕微鏡画像と比較検証することで、治療法の開発への応用可能性を示しています。
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108 件の論文
Technological folie à deux: Feedback Loops Between AI Chatbots and Mental Illness
本論文は、社会的孤立や精神保健サービスの不足を背景に、AI チャットボットと精神疾患を有する個人との間に生じる「共倒れ（folie à deux）」的な危険性、特にボットの同調性や適応性がユーザーの信念を不安定化させ依存を助長するフィードバックループを指摘し、臨床・開発・規制の連携による包括的な対応の必要性を論じています。
Multi-factor modeling of chlorophyll-a in South China's subtropical reservoirs using long-term monitoring data for quantitative analysis
本研究は、広東省の 3 つの貯水池における長期モニタリングデータを用いて多因子モデルを構築し、水温と栄養塩（特に総窒素）の相乗効果がクロロフィル a の増加に重要な役割を果たすことを明らかにしました。
Trade-offs between structural richness and communication efficiency in music network representations
この論文は、ピアノ音楽のネットワーク表現において、単一特徴量による圧縮表現が学習容易な高い不確実性を示す一方で、多特徴量による豊かさは状態空間の拡大とモデル誤差の増大を招くという構造の豊かさと通信効率の間のトレードオフを明らかにし、聴衆の現実的な期待形成にどの表現が適しているかを論じています。
Uncovering Semantic Selectivity of Latent Groups in Higher Visual Cortex with Mutual Information-Guided Diffusion
この論文は、変分オートエンコーダと相互情報量に基づく拡散モデルを組み合わせた「MIG-Vis」という手法を提案し、マカク猿の側頭葉下側皮質（IT 野）の神経集団から抽出された潜在変数群が、物体の姿勢やカテゴリ間変換など明確な意味的特徴を選択的に符号化していることを実証したものである。
pHapCompass: Probabilistic Assembly and Uncertainty Quantification of Polyploid Haplotype Phase
この論文は、ポリプloidゲノムのハプロタイプアセンブリにおける配列リードの割り当て曖昧さを明示的にモデル化し、確率的なアプローチとグラフ理論を用いてハプロタイプ位相の分布と不確実性を定量化する「pHapCompass」というアルゴリズムを提案し、現実的なポリプloidシミュレーション環境でのベンチマークによりその有効性を示したものである。
Equivariant Asynchronous Diffusion: An Adaptive Denoising Schedule for Accelerated Molecular Conformation Generation
この論文は、分子生成における階層的な因果関係と分子全体の視野を両立させるため、非同期なノイズ除去スケジュールと動的なスケジューリング機構を組み合わせた新しい等変性非同期拡散モデル（EAD）を提案し、3 次元分子生成において最先端の性能を達成したことを示しています。
Omics Data Discovery Agents
本論文は、大規模言語モデル（LLM）エージェントとツールを統合した自律型フレームワークを開発し、非構造化のバイオ医学文献からオミクスデータを自動抽出・再解析することで、静的な文献を計算機で再利用可能な実行可能リソースへと変換する手法を提案しています。
Single-cell directional sensing at ultra-low chemoattractant concentrations from extreme first-passage events
この論文は、極低濃度の走化性物質下でも、細胞が定常状態に達する前に起こる最初の結合事象（極端な初到達事象）の統計を利用することで、わずか数回の結合事象から迅速かつ正確に源の方向を推定できることを示しています。
SDSR: A Spectral Divide-and-Conquer Approach for Species Tree Reconstruction
本論文は、種間遺伝子不整合や大規模データ処理の課題に対処するため、スペクトルグラフ理論に基づく階層的分割統治法「SDSR」を提案し、理論的な回復保証と、CA-ML や ASTRAL などの既存手法と組み合わせることで、精度を維持しつつ最大 10 倍の高速化を実現することを示しています。
Discovery of a Hematopoietic Manifold in scGPT Yields a Method for Extracting Performant Algorithms from Biological Foundation Model Internals
この論文は、単細胞基礎モデル「scGPT」の内部機構を解明し、その注意機構から造血系に特化した高性能なコンパクトなアルゴリズムを抽出・実証した世界初の研究であり、既存手法を上回る精度と効率性を達成したことを報告しています。
How to make the most of your masked language model for protein engineering
本論文は、抗体治療薬の設計において、マスク言語モデルから目的の生物学的特性を最適化するための柔軟かつ効果的なサンプリング手法（確率的ビームサーチ）を提案し、その有効性を計算機シミュレーションおよび実際の抗体エンジニアリング実験を通じて実証したものである。
Module control in youth symptom networks across COVID-19
COVID-19 パンデミック期間中の米国若年成人を対象とした大規模分析により、精神症状ネットワークのモジュール構造は全体的に安定していたものの、ストレス関連症状を中心とした初期の制御パターンから、感情・認知・社会的領域にまたがる分散型の制御へと再編成されたことが示されました。
JEDI: Jointly Embedded Inference of Neural Dynamics
この論文は、異なるタスクや文脈にわたって神経ダイナミクスを共有埋め込み空間内で学習する階層モデル「JEDI」を提案し、限られた実験データから脳の状態やメカニズムをスケーラブルかつ汎用的に推論できることを示しています。
ATP Level and Phosphorylation Free Energy Regulate Trigger-Wave Speed and Critical Nucleus Size in Cellular Biochemical Systems
本研究は、反応拡散系におけるトリガー波の伝播速度や臨界核サイズが、ATP 濃度やリン酸化の自由エネルギーといった細胞内のエネルギー状態によって調節されることを明らかにし、代謝条件と空間的な波のダイナミクスを結びつけた理論的枠組みを提示した。
Packaging Jupyter notebooks as installable desktop apps using LabConstrictor
LabConstrictor は、DevOps 知識が不要な GitHub ベースの CI/CD パイプラインを活用して Jupyter ノートブックをワンクリックでインストール可能なデスクトップアプリケーションに変換し、生命科学分野における研究ソフトウェアの配布・導入・再利用の障壁を解消する。
SNPgen: Phenotype-Supervised Genotype Representation and Synthetic Data Generation via Latent Diffusion
本論文は、GWAS に基づく変異選択と条件付き潜在拡散モデルを組み合わせ、表現型情報を反映した合成遺伝子型データを生成し、プライバシーを保護しつつ下流の予測タスクで実データに匹敵する性能を発揮する「SNPgen」と呼ばれるフレームワークを提案するものである。
Continuous Diffusion Transformers for Designing Synthetic Regulatory Elements
この論文は、U-Net 基盤をトランスフォーマーと 2D CNN エンコーダーに置き換えたパラメータ効率の高い拡散トランスフォーマー（DiT）を提案し、細胞特異的な調節 DNA 配列の生成において、従来モデルよりもはるかに少ないエポック数で収束し、過学習を抑制するとともに、Enformer を報酬モデルとした DDPO 微調整により予測される調節活性を劇的に向上させたことを示しています。
Macroscopic Dominance from Microscopic Extremes: Symmetry Breaking in Spatial Competition
この論文は、空間的優位性が極値統計によって支配的な優位性へと転換されるメカニズムを明らかにし、局所的な揺らぎを抑制して強固な吸収状態へ至らせるためには、非対称な相互作用バイアスが不可欠であることを示しています。
Linear Readout of Neural Manifolds with Continuous Variables
この論文は、統計力学に基づく理論を構築し、神経マンフォールドの幾何学的性質と連続変数の線形読み出し効率との関係を解明することで、霊長類の視覚経路において物体の位置やサイズのデコード能力が増大することを実データから示しました。