🧬 biology

Computational Simulations of Trigger-and-Inhibit Control Rules in Intussusceptive Pillar Morphogenesis

本研究は、計算流体力学を用いて、内挿的な柱状形態形成が、急峻な壁面せん断応力勾配が柱の形成を開始させる一方で、高い絶対的な壁面せん断応力がそれを抑制するという「トリガー・アンド・インヒビット(誘発と抑制)」メカニズムによって支配されており、それによってせん断応力の空間分布が微小血管リモデリングの主要な駆動力として定義されることを実証するものである。

Nenad Filipovic, Akira Tsuda, Jennifer M. Pan, Jae Cho, Hassan A. Khalil, Maximilian Ackermann, Steven J. Mentzer2026-09-18
🧬 biology

Regulatory Evolution of TEM β-lactamases through Large-Scale Genomic Analysis Reveals Promoter Diversity and its Impact on β-lactam Resistance in Escherichia coli

本研究は、6万件を超える大腸菌(*Escherichia coli*)ゲノムの大規模なゲノム解析を、因果推論および構造モデリングと統合することにより、コーディング配列の変異を超えた*bla*<sub>TEM</sub>プロモーター領域における多様性が、β-ラクタム耐性表現型に有意な影響を与えることを実証するものである。

Srimathy Ramachandran, Snekha Arumugam Chandran, Suma Mohan S.2026-09-18
🧬 biology

spaGFM is a scalable graph foundation model for spatial transcriptomics analyses

本論文は、ランダムウォークと自己教師あり学習を活用することで、空間トランスクリプトームデータの堅牢かつ転移可能な表現を生成し、多様な生物学的コンテキストにおける複雑な組織構成と機能的帰結の解析を可能にする、スケーラブルなグラフ基盤モデルであるspaGFMを導入するものである。

Juexin Wang, Yu Zhong, Fei He, Xiaojie Jin, Yang Yu, Ricardo Melo Ferreira, Andrew Gunderson, Jordan Krull, Guangyu Wang (…)2026-09-18
🧬 biology

Uncovering Anti-Cancer Potential of Clausena anisata Bioactives via Network Pharmacology-Based Target Prediction, Virtual Screening, Docking, ADMET Analysis, and Molecular Dynamics Simulation

本研究は、ネットワーク薬理学と計算科学的アプローチを統合的に活用することで、潜在的な抗がん治療のためのEGFR標的化合物として、*Clausena anisata*由来のアニソラクトンおよびトリファシオールの有望かつ安定した、薬物様特性を有するリード化合物を特定している。

Priyanka Nath Mazumdar, Kaushik Kalita, Partha Pratim Dutta, Dhrubajyoti Gogoi, Nikhita Nina Bora, Manash Pratim Sarma2026-09-18
🧬 biology

Rethinking aerobic glucose metabolism in Saccharomyces cerevisiae: is glucose completely fermented to ethanol at high concentrations?

本論文は、高濃度グルコース下における*Saccharomyces cerevisiae*の好気的グルコース代謝には直接的な呼吸と発酵が同時に起こるという従来の見解に異を唱え、代わりにグルコースは最初にエタノールへと完全に発酵された後にエタノール酸化が起こると提唱し、この仮説を検証するための定量的同位体トレーシング実験のデザインの概要を述べるものである。

David Barreras Martínez2026-09-18
🧬 biology

An Immuno-informatics Pipeline for Identification of Low-Risk Peptide Immunotherapy Candidates Across the Childhood Food Allergy Triad

本研究は、HLA結合能およびアレルゲン性が低い配列を計算科学的に優先順位付けすることにより、ピーナッツ、牛乳、および卵のアレルゲンにわたる23個の低リスク・ペプチド候補を特定することに成功した統合的な免疫情報学パイプラインを提示し、既存の臨床候補に対する手法の妥当性を検証するとともに、実験的な検証の必要性を強調するものである。

Aditya Narayan, Ruchi Jain, Manish Kumar2026-09-18
🧬 biology

CAST as a Tumor-Specific Suppressor in Colorectal Cancer: Discovery Through Integrative Analysis of Unannotated Isoforms, Proteomics, and Epigenetic Regulation

単一細胞ロングリードシーケンシング、プロテオミクス、およびエピジェネティックデータの統合的な解析を通じて、本研究は、プロモーターの脱メチル化を介して再活性化され、miR-200ファミリーによって制御される大腸癌における腫瘍特異的な抑制因子としてのCASTを同定し、注釈のないアイソフォームから治療標的を発見するための汎用可能な枠組みを確立している。

alireza ebadi, Maryam Hashemi2026-09-18
🧬 biology

Molecular Targeting of UBR2 in Melasma Using Natural Compounds from Scutellaria baicalensis through Integrated Computational Approaches

本研究では、統合的な計算科学的手法を用いて、色素沈着(メラスマ)の潜在的な治療薬として、黄芩(Scutellaria baicalensis)由来のフェルラ酸およびスクテラフラボンIIが、UBR2標的に対する有望かつ安全で安定した阻害剤であることを特定している。

Akhtar Veg, Faria Saleem, Romana Ishrat2026-09-18
🧬 biology

A Computational Cancer GWAS Screen Highlights Structural Variation at the 7q22.1 Locus Near STAG3

本研究は、ショートリードおよびロングリードシーケンシングデータを統合した計算機的スクリーニングにより、がんのGWASシグナルと重複する減数分裂特異的遺伝子座において構造変異が有意に濃縮されていることを示しており、具体的には、ショートリードシーケンシングのみでは見逃されていたであろう、7q22.1大腸がん感受性遺伝子座における*STAG3*遺伝子近傍の新規な442 bpの欠失を候補ドライバーとして特定している。

Koushik Chowdhury2026-09-18
🧬 biology

The Changing Landscape of Genetic Risk: Age-Related Effects of Polygenic Scores for Suicidal Behaviors

Add Healthコホートを用いたこの研究は、自殺念慮および自殺企図に関するポリジェニック・リスク・スコアが、思春期ではなく青年期および成人期前期においてのみ、アウトカムとの緩やかではあるが有意な関連を示すことを明らかにしており、これは現在の成人データに基づく遺伝的リスクモデルが発達段階特有のリスクを捉えきれていない可能性を示唆するとともに、標的を絞った予防戦略を改善するために年齢層別化されたゲノムワイド関連解析の必要性を強調している。

Nathan Gillespie, Severine Lannoy, Mallory Stephenson, Robert Kirkpatrick, Zuriel Ceja, Miguel Renteria, Alexis C. Edwar (…)2026-09-17