🧬 genomics
Scalable genotyping in fixed transcriptomes resolves clonal heterogeneity via single-cell sequencing
저자들은 고정된 조직에서 전체 전사체와 표적 체세포 변이를 동시에 프로파일링하여 골수증식성 종양에서의 클론 이질성과 유전자형-표현형 관계의 해상도를 가능하게 하는 확장 가능한 단일 세포 분석법인 GIFT를 소개한다.
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genomics
345 편의 논문
유전체학은 생명체의 설계도인 유전 정보를 해독하고 그 작동 원리를 탐구하는 흥미로운 분야입니다. 이 영역에서는 DNA 서열 분석부터 유전자 발현의 복잡성까지, 우리 몸과 환경을 이해하는 데 핵심이 되는 다양한 연구가 이루어집니다. Gist.Science 는 생물의학 연구의 최전선에서 발표되는 최신 논문들을 누구나 접근할 수 있도록 노력하고 있습니다.
특히 이 섹션의 모든 논문은 bioRxiv 에서 새로 uploaded 된 예전들을 기반으로 합니다. 우리는 bioRxiv 의 최신 연구들을 지속적으로 수집하여, 전문 용어 없이 쉽게 설명하는 일반인용 요약과 함께 심층적인 기술적 분석을 함께 제공합니다. 아래는 최신 유전체학 연구 논문들입니다.
🧬 genomics
First chromosome-scale genome assemblies and comprehensive structural characterization of Tunisian durum wheat (Triticum turgidum subsp. durum) landraces Chili and Mahmoudi
본 연구는 PacBio HiFi 및 Hi-C 데이터를 활용하여 역사적으로 중요한 두 튜니지아 듀럼 밀 재래종인 Chili와 Mahmoud의 첫 번째 염색체 규모 게놈 어셈블리와 포괄적인 구조적 특성화를 제시하며, 기존 참조 서열을 능가하고 공공 플랫폼을 통해 접근 가능한 고품질의 재현 가능한 게놈 자원을 생성한다.
🧬 genomics
Positional grammar of transcription factor binding partitions developmental and stress-response regulation in plants
이 연구는 다종 전사 인자 결합 지도와 염색질 접근성 및 유전자 발현 데이터를 통합함으로써, 전사 인자 결합 부위의 특이적인 게놈 위치와 염색질 맥락이 식물의 발달, 스트레스 반응 및 억제 기능으로 유전자 조절을 분할하는 "위치적 문법"을 확립한다는 것을 밝혀냈다.
🧬 genomics
Nitrogen use efficiency in pigs is associated with transcriptomic signatures related to amino acid metabolism, immune activity, and nutrient partitioning
이 연구는 돼지의 질소 이용 효율이 간과 골격근에서의 조율된 조직 특이적 전사체 적응에 의해 결정되며, 고효율 개체는 단백질 합성, 지질 처리 및 제지방 성장을 위한 경로가 강화되는 동시에 아미노산 이화 작용과 염증이 감소한다는 것을 입증한다.
🧬 genomics
Pericystic brain transcriptomics reveals molecular signatures of immune activation and neurovascular remodelling in viable and post-treatment porcine neurocysticercosis
본 연구는 돼지 모델에서의 벌크 RNA 시퀀싱을 활용하여, 생존 단계와 치료 후 단계의 낭미충증 모두 면역 활성화를 수반하지만, 생존 단계의 감염은 혈뇌장벽(BBB) 재형성을 억제하는 반면 치료 후 단계의 파괴는 염증 신호 전달 및 활발한 신경혈관 재형성을 유도한다는 점에서 서로 구별되는 전사체 서명을 나타냄을 밝혀냈다.
🧬 genomics
simSOMA: a cell-lineage based simulator of the somatic VAF spectrum in plants
이 논문은 다양한 발달 시나리오와 샘플링 방법에 걸쳐 복잡한 체세포 변이 대립유전자 빈도(VAF) 스펙트럼을 모델링하고 해석하기 위해 식물 성장 토폴로지를 명시적인 세포 계보 역학에 연결하는 모듈형 시뮬레이터인 simSOMA를 소개한다.
🧬 genomics
Mammal placental phenotypes are predictable from microRNA repertoires.
이 연구는 포유류의 태반 표현형이 마이크로RNA 레퍼토리로부터 매우 예측 가능하다는 것을 입증하며, 복잡한 태반 구조의 수렴 진화가 보존된 miRNA 조절 네트워크에 의해 매개되는 특정되고 재현 가능한 유전적 경로로 제한된다는 점을 밝혀낸다.
🧬 genomics
A Highly Contiguous Reference Genome for Scalesia gordilloi (Asteraceae), a Critically Endangered Plant Endemic to the Galapagos Islands
본 연구는 갈라파고스 고유종이자 멸종 위기종인 *Scalesia gordilloi*에 대하여, 보존 유전학 및 *Scalesia* 방사 진화 내 비교 진화 연구를 위한 기초 자원을 구축하고자 Oxford Nanopore 시퀀싱을 통해 생성된 최초의 고품질, 고연속성 참조 게놈을 제시한다.
🧬 genomics
Visualizing Interchromosomal Interactions at Sub-Megabase Resolution Using Network Clustering Coefficients
이 논문은 Hi-C 데이터로부터 서브메가베이스(sub-megabase) 규모의 염색체 간 상호작용을 시각화하고 분석하기 위해 그래프 이론적 지표, 구체적으로는 우수한 C4 기술자를 활용하는 네트워크 기반 프레임워크를 소개하며, 이를 통해 핵막과 관련하여 염색체를 조직하는 공유된 상호작용 핫스팟과 구별되는 조절 패치를 밝혀낸다.
🧬 genomics
Gene model for the ortholog of DENR in Drosophila eugracilis
이 논문은 Drosophila 속 전반에 걸친 인슐린/인슐린 유사 성장 인자 신호 전달 경로의 진화를 연구하기 위한 유전체 교육 파트너십(Genomics Education Partnership) 프로젝트의 일환으로 규명된, Drosophila eugracilis 내의 Density regulated protein (DENR) 직계 존속에 대한 유전자 모델을 제시한다.