🧬 biology

Shotgun-NF: A reproducible Nextflow pipeline for end-to-end shotgun metagenomics analysis

Shotgun-NF는 컨테이너화와 자동화된 프로비넌스 추적을 통해 다양한 컴퓨팅 환경 전반에서 실행 일관성을 보장하면서, 가공되지 않은 시퀀싱 데이터로부터 균주 수준의 비교 통찰에 이르기까지 엔드 투 엔드 샷건 메타게노믹스 분석을 위한 포괄적인 도구 모음을 통합한 휴대 가능하고, 모듈식이며, 재현 가능한 Nextflow 파이프라인입니다.

Fereshteh Izadi, Sepideh Mofidifar, Emily A. Wasson, Carla S. Möller-Levet, André P. Gerber2026-07-01
🧬 biology

Predicting Microbiologically Influenced Corrosion Risk from Quorum Sensing Biofilm Community Features: A Random Forest-SHAP Approach

본 연구는 새로운 쿼럼 센싱ing 바이오필름 커뮤니티 특징을 전통적인 환경 및 미생물 매개변수와 통합함으로써 미생물 부식 위험을 성공적으로 예측하는 Random Forest-SHAP 머신러닝 프레임워크를 소개하며, 0.762의 F1 스코어를 달성하고 부식 평가에 있어 박테리아 통신 신호의 예측 가치를 입증하였다.

Bipul Bhattarai, Naina Maharajan, Sulav Dahal2026-07-01
🧬 biology

AI-Based Pipeline for Vascularization Detection in Histological Images; low-cost solution Using Moderate Computing Resources

본 논문은 병리학자들이 적은 컴퓨팅 자원과 최소한의 수동 레이블링만으로 조직학적 이미지에서 혈관 형성을 신속하고 정확하게 탐지할 수 있도록, 단순한 이미지 처리와 상호작용형 자기 학습 유사도 검색 방법을 결합한 저비용의 사용자 친화적인 AI 파이프라인을 제시한다.

Jan Žídek, Bretislav Lipový, Veronika Pavliňáková, Martin Knoz, Jakub Holoubek, David Izsák, Vladimir Váňa, Jan Herudek (…)2026-07-01
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Ecological Inference Is Structured Empirical Risk Minimization: Generalization Across Space, Nested Units, and Niche Support

이 논문은 지리적 모델이 여러 지역에 걸쳐 일반화하는 데 빈번하게 실패하는 원인이 중첩된 조사 데이터 내의 근본적인 추정량 불일치에 있다고 주장하며, 생태적 추론이 도메인 일반화 하에서의 경험적 위험 최소화와 구조적으로 동일함을 입증하고, 신뢰할 수 있는 공간적 전이를 보장하기 위해 표준적인 개인 수준의 교차 검증보다는 인구 수준의 홀드아웃 검증이 필요함을 보여준다.

R. Craig Stillwell2026-07-01
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BioGPT-ClinVar: Parameter-Efficient Fine-Tuning of a Biomedical LLM for Genomic Variant Interpretation

본 연구는 1억 5천만 개의 파라미터를 가진 BioGPT 모델을 유전 변이 해석에 적응시키기 위해 저차원 적응(LoRA)을 사용하는 매개변수 효율적 미세 조정 프레임워크인 BioGPT-ClinVar를 제시하며, 이는 선별된 ClinVar 데이터셋에 대한 효과적인 수렴을 입증하는 동시에 향후 임상 및 감시 응용 분야를 위한 오픈 소스 기반의 재현 가능한 파이프라인을 제공한다.

Sepideh Moafi2026-07-01
🧬 biology

Trained quantum Kolmogorov--Arnold networks can dequantize, and a discrete-logarithm encoding need not: a measurement-based map of where quantum advantage can live

이 논문은 훈련된 양자 콜모고로프-아르놀트 네트워크가 낮은 결합 차원 텐서 네트워크를 통해 고전적으로 시뮬레이션 가능한 경우가 많지만, 이산 로그 인코딩을 채택함으로써 바렌 플래토(barren plateau)에 굴복하지 않으면서도 수론적 난해함을 내포하여 진정한 양자 우위를 보존하고 학습 가능하게 만들 수 있음을 입증한다.

Hikaru Wakaura2026-07-01
🧬 biology

Xkr regulates phosphatidylserine transport via ER-PM contact sites to promote apoptotic cell clearance

이 연구는 초파리 지질 스크램블레이즈인 Xkr이 소포를 거치지 않는 포스파티딜세린의 세포 표면 수송을 촉진하기 위해 소포체-세포막 접촉 부위에서 dORP9와 상호작용함으로써, "먹기(eat me)" 신호 노출을 위한 대안적인 카스파제 비의존적 경로로서 세포 사멸 세포 제거를 촉진한다는 것을 밝혀냈다.

Qian Zheng, Xinyu Ma, Fuqiao Liu, Tong Xiao, Lei Yuan, Qing Yan, Hui Wang, Hui Xiao2026-07-01
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Analysis of Human Physiology in Simulated Lunar and Martian Hypogravity With and Without Virtual Reality

이 연구는 모의 저중력이 보행 중 심혈관 요구량을 감소시키는 동시에 가상 현실이 심박수 증가를 지연시킴으로써 생리적 반응을 조절한다는 것을 입증하며, 이는 향후 달 및 화성 탐사 임무를 위한 승무원 준비를 위해 AlterG 트레드밀과 가상 현실을 결합하는 것의 안전성과 효능을 확인해 준다.

Rosirene Pantaleão Gessinger, Juliana Silva Herbert, João de Carvalho Castro, Joana Figueira Godinho, Adrian Alberto Fer (…)2026-07-01