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Esta segunda parte do estudo examina mecanismos em nível de rede e dinâmicas emergentes que explicam como a dependência térmica de reações individuais se transforma em respostas não-Arrhenius, limites térmicos e compensação de temperatura em sistemas biológicos complexos, estabelecendo uma ponte entre curvas empíricas e a organização molecular.
O artigo propõe que, em redes de massa-ação, as quantidades conservadas são duais aos ciclos internos e conjectura uma relação de dualidade entre pré-aglomerados e suportes poliedrais invariantes máximos, estendendo essa dualidade também aos sifões.
Os autores desenvolveram um algoritmo em Python que automatiza a identificação e classificação de mecanismos de homeostase em redes biológicas complexas, superando as limitações computacionais e teóricas de métodos anteriores ao generalizar a análise para redes com múltiplos nós de entrada.
Este artigo investiga redes de reação estocásticas em compartimentos dinâmicos onde a taxa de fragmentação depende do conteúdo interno, estabelecendo novas condições suficientes para a não-explosividade e recorrência positiva que superam as limitações de modelos anteriores que assumiam independência do conteúdo.
Este artigo integra conceitos de Redes de Reações Químicas (CRNT) e Epidemiologia Matemática para resolver problemas de estabilidade em EDOs positivas, apresentando uma generalização do Teorema da Matriz de Próxima Geração e aplicando uma abordagem simbólico-numérica para análise de bifurcações.
Este estudo demonstra que o estado energético intracelular, especificamente a concentração de ATP e a energia livre de fosforilação, regula a velocidade de propagação e o tamanho crítico do núcleo de ondas de gatilho em sistemas bioquímicos celulares, conectando assim as condições metabólicas à dinâmica espacial de processos de decisão celular.
O artigo apresenta o drGT, um modelo de aprendizado profundo em grafos heterogêneos que utiliza coeficientes de atenção para prever a resposta a medicamentos e identificar biomarcadores com alta precisão e interpretabilidade biológica, validado em grandes conjuntos de dados de câncer.
Este artigo apresenta um somador ternário de DNA escalável, baseado em um circuito inovador de bloqueio competitivo e uma estratégia de ajuste dinâmico de concentração, que supera as limitações dos somadores binários anteriores e demonstra experimentalmente a capacidade de realizar adições de até 17 bits.
Este artigo propõe um método de aproximação de campo médio não linear, baseado em uma expansão de Taylor de primeira ordem da taxa de hazard, para estimar parâmetros cinéticos em sistemas de reação quase estocásticos com maior precisão e eficiência computacional, especialmente em dados com grandes intervalos de tempo e rigidez, superando as limitações das abordagens lineares e demonstrando aplicabilidade em dados biológicos de diferenciação celular.
O artigo apresenta o HIDDENdb, uma base de dados abrangente e acessível via web que integra diversos conjuntos de dados de alto rendimento para mapear e explorar interações genéticas e de co-dependência proteica, revelando módulos funcionais e correlações estruturais em diversos contextos biológicos.
Este artigo aplica a abordagem de Redes de Reações Químicas, utilizando a ferramenta EpidCRN, para analisar modelos de propagação de rumores em redes sociais, demonstrando como a estrutura de sifões e os números de invasão governam as transições de estabilidade entre equilíbrios através de um mecanismo de "relé" distinto das bifurcações transcricionais clássicas.
Este artigo propõe uma abordagem baseada em modelos mecânico-estatísticos para analisar circuitos genéticos induzíveis, focando em concentrações endógenas de efetores e em modelos termodinâmicos detalhados em vez das funções de Hill e parâmetros sintéticos convencionais, revelando assim novas perspectivas sobre a estabilidade e o controle desses circuitos em células vivas.
Este artigo estende o conceito de vértices dominantes a redes booleanas, definindo um sistema reduzido dinamicamente equivalente que preserva a estrutura dos atratores e permite estabelecer limites sobre o número, período e bacias de atração, ilustrado através de redes "clover" e exploração numérica.
Este artigo apresenta um quadro diagnóstico sistemático para quantificar a instabilidade das classificações de métodos de inferência de redes reguladoras gênicas sob diferentes protocolos de avaliação, revelando que as reversões de ranking são impulsionadas por mudanças na capacidade discriminativa relativa dos métodos e não por efeitos de taxa base, o que desafia suposições comuns na área.
Este estudo apresenta um modelo unidimensional de Ising que, utilizando apenas dois parâmetros relacionados à concentração de cálcio e à força do motor de miosina, explica a cooperação na ativação dos filamentos finos do músculo estriado e descreve o efeito anti-cooperativo do fármaco Omecamtiv Mecarbil, com previsões validadas por dados experimentais.