💻 bioinformatics
The Paipu framework enables creation of a large-scale mammalian cancer transcriptomics atlas
Paipu 框架通过简化从 NCBI SRA 跨物种检索和处理 RNA-seq 数据，克服了基因组和注释障碍，从而能够构建大规模、协调一致的全哺乳动物癌症转录组图谱。
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bioinformatics
860 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
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Mantis-Delta: Mass-Action Network Theory and Steady-State Characterization for Chemical Reaction Networks
本文介绍了 mantis-delta，这是一个开源 Python 库，它将化学反应网络理论（CRNT）的结构分析、符号常微分方程生成以及混合数值求解器相结合，从而在不单纯依赖仿真的情况下，对质量作用系统中的稳态、稳定性及分岔现象进行严格表征。
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Combining amino acid frequency and 1D convolutional neural network embeddings for the identification of protein-protein interactions using a random forest classifier
本研究提出了一种两阶段框架，将氨基酸频率特征与由一维卷积神经网络自编码器学习到的潜在表示相结合，结果表明，基于该混合特征集训练的随机森林分类器在预测蛋白质 - 蛋白质相互作用方面的准确性显著优于仅使用频率特征的方法。
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Genome-wide computational prediction of miRNAs encoded by influenza A virus (H3N2) predicts target genes involved in pulmonary and antiviral innate immunity
本研究采用全基因组计算流程预测甲型流感病毒（H3N2）编码的微小 RNA 及其靶基因，揭示了一个涉及肺部及抗病毒先天免疫的宿主基因网络，该网络可能阐明病毒致病机制并提出治疗靶点。
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KaryoScope: rapid, alignment-free sequence annotation for the pangenome era
KaryoScope 是一种快速且无需比对的工具，能够在数分钟内对整个泛基因组组装进行碱基分辨率的多样化基因组特征注释，有效表征此前难以获取的变异区域（如着丝粒和亚端粒），从而支持比较分析与临床分析。
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A comparative analysis of urinary microbiome identifies putative probiotics
本研究通过分析尿液微生物组数据，证实与健康个体相比，尿路感染患者中卷曲乳杆菌显著减少，从而将其确定为预防和管控尿路感染的有前景的益生菌候选物。
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Hidden State Genomics: Graph-Based Analysis of Sparse Auto-Encoder Feature Activity in Genomic Language Models
本研究利用稀疏自编码器和基于图的分析揭示，核苷酸转换器 v2 基因组语言模型编码的是精细的序列语法和局部生物物理约束，而非复杂的调控逻辑，这解释了其在特定分子任务上的优异表现以及在更广泛的调控推断中能力较弱的现象。
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TAMIPAMI: Software and methods for PAM/TAM identification for CRISPR and OMEGA gene editing systems
本文介绍了 TAMIPAMI，这是一个简化的实验与计算框架，通过仅需单个对照文库、利用新颖算法定义最小简并基序，并提供易于使用的网页及命令行工具以实现快速表征，从而简化了 CRISPR 和 OMEGA 系统中 PAM/TAM 的鉴定。
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PrEditR: A protein-centric platform for CRISPR-mediated base editor sgRNA design
PrEditR 是一款开源的、以蛋白质为中心的工具，旨在通过生成适用于 CRISPR 碱基编辑器筛选的高通量且兼容质谱的向导 RNA，来克服现有以 DNA 为中心的 sgRNA 设计软件的局限性，从而针对特定的蛋白质翻译后修饰位点开展研究。
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BTEXgenie: A curated and user-friendly tool for profile HMM-based substrate-specific annotation of BTEX degradation genes
BTEXgenie 是一个经过精心策划且用户友好的工具，它利用自定义的谱系隐马尔可夫模型，在检测涉及好氧和厌氧 BTEX 降解的底物特异性基因方面，实现了比现有数据库显著更高的灵敏度，同时为环境基因组学和比较基因组学研究提供集成的代谢途径与基因组可视化功能。