💻 生物信息学
CoTRA: an integrated R/Shiny framework for transparent bulk and single-cell RNA-seq analysis
CoTRA 是一个开源、模块化的 R/Shiny 框架，它统一了针对大体量（bulk）和单细胞 RNA-seq 分析的透明且可重复的工作流，提供了广泛的功能性、跨平台兼容性，以及媲美或超越现有工具的验证性能。
💻 Category
bioinformatics
1188 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
💻 生物信息学
spatialMET: an open and scalable framework for spatial metabolomics analysis
该论文介绍了 spatialMET，这是一个开源、可扩展的框架，它提供了一个端到端的空间代谢组学分析工作流——包括预处理、领域检测和统计检验——同时通过高性能计算能力和可复现的 Docker 部署，克服了现有工具的局限性。
💻 生物信息学
An annotation-overlap-flagged rare-disease gene-prioritisation benchmark and PMC index recipe
本文介绍了一个包含 1,047 个罕见病病例的分层基准测试，旨在通过标记与来源文献的注释重叠来衡量并缓解基因优先级评估中的循环性，并提供了一个用于在 225 万篇 PMC 开放获取文章上构建混合检索索引的版本锁定配方。
💻 生物信息学
Bravais Lattice Sampling: Geometry-Guided Sparse Probing for Connected-Component Detection in 3D Discretized Spaces
本文介绍了布拉维点阵采样（Bravais Lattice Sampling, BLS），这是一种几何引导的两阶段算法，通过利用稀疏点阵探测和定向扩展来取代详尽的栅格扫描，从而高效地检测三维离散空间中的连通高密度区域，在实现100%召回率的同时，其计算成本与现有方法相当甚至更低。
💻 生物信息学
Interactive downstream proteomics analysis with MiraProt using Mueller cell proteomes from equine recurrent uveitis
本文介绍了 MiraProt，一个用于交互式下游蛋白质组学分析的模块化且具备元数据感知能力的 R Shiny 平台，并通过重新分析患有马反复性葡萄膜炎的马的 Mueller 细胞蛋白质组，揭示了一种干扰素响应、细胞周期相关以及 MHC II 类分子相关的蛋白质特征，从而展示了其应用价值。
💻 生物信息学
Mural-VISTA: A tool for mural cell-vessel interaction assessment and multiscale single-cell topo-morphological analysis
作者开发了 Mural-VISTA，一种用于壁细胞-血管相互作用及多尺度拓扑形态学指标进行 3D 分析的半自动化 Python 工作流，该工作流揭示了由 RhoA 活性改变驱动的周细胞和血管平滑肌细胞中具有细胞类型特异性的结构变化。
💻 生物信息学
EXTRARNAS: A Framework for Extracting RNA Structures with Multiple Tools
EXTRERNAS 是一个基于 Docker 的可重复 Java 框架，它通过多种工具自动提取 RNA 结构注释，并将这些异构输出标准化为 BPSEQ 和新的 BPSEQE 格式，以促进对规范和非规范相互作用的一致性比较。
💻 生物信息学
dnoise: Fast Native Data Reduction for Bruker timsTOF
本文介绍了 dnoise，这是一款快速的开源 Rust 工具，它通过在保留 DDA 和 DIA 工作流中分析准确性的同时去除冗余点，显著降低了 Bruker timsTOF 原生数据的存储占用。
💻 生物信息学
MetaDome 2027: a comprehensively updated resource for aggregating missense variant evidence across homologous human protein domains
本文介绍了 MetaDome 2027，这是一个经过全面更新的资源，它汇总了具有 GRCh38 支持的同源人类蛋白质结构域中的错义变异证据，显著扩大了结构域覆盖范围，并为临床遗传学中临床意义不明变异的重新分类提供了关键的致病性证据。
💻 生物信息学
scPyviewer: a Python-native interactive viewer from AnnData single-cell data
scPyviewer 是一个基于 Python 原生的 Web 端交互式查看器，它使非编程人员无需进行 Seurat 转换即可直接探索 AnnData 单细胞数据集，在提供与现有 R Shiny 工具功能对等性的同时，展示了更优越的渲染速度、更低的内存占用，以及处理会导致 R 语言替代方案失败的大规模数据集的能力。