nVenn2: faster, simpler generalized quasi-proportional Venn diagrams
本文介绍了 nVenn2，这是一种能够根据非空区域数量而非集合总数来优化计算效率的算法，旨在为包含大量集合且存在大量空交集的情况生成更简洁、易读且可编辑的准比例维恩图。
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768 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
Towards Useful and Private Synthetic Omics: Community Benchmarking of Generative Models for Transcriptomics Data
该论文通过 CAMDA 2025 社区基准测试，系统评估了 11 种生成模型在合成转录组数据中效用、生物真实性与隐私风险之间的权衡，指出模型选择应依据具体数据集特征、下游用途及隐私需求进行优化。
Deciphering the links between metabolism and health by building small-scale knowledge graphs: application to endometriosis and persistent pollutants
本文提出了名为 Kg4j 的计算框架，通过从大规模知识图谱 FORVM 中构建针对特定研究问题的小型化子图并结合实验数据，成功揭示了内异症与持久性有机污染物暴露之间的潜在生物学机制，为生成可验证的医学假设提供了可扩展的策略。
Uncovering Latent Structure in Gliomas Using Multi-Omics Factor Analysis
本研究利用多组学因子分析（MOFA）整合基因组、表观基因组和转录组数据，揭示了胶质瘤亚型间的分子异质性并发现了具有预后价值的新生物标志物，为制定更个性化的治疗策略提供了依据。
T cell-Macrophage Interactions Potentially Influence Chemotherapeutic Response in Ovarian Cancer Patients.
该研究通过分析卵巢癌患者的单细胞测序数据中的双细胞（doublets），揭示了治疗抵抗患者中 M2 型巨噬细胞诱导 T 细胞耗竭、而治疗敏感患者中 M1 型巨噬细胞维持 T 细胞活性的物理相互作用机制，并指出这种 T 细胞 - 巨噬细胞相互作用可能影响化疗疗效。
Formalized scientific methodology enables rigorous AI-conducted research across domains
该论文通过将科学方法论形式化为包含程序工作流、完整性纪律和项目治理的三阶段门控协议，使通用语言模型能够在跨学科研究中生成可审计、证据充分且具备生物学验证能力的严谨成果，并证实了该约束机制在降低研究风险方面的有效性。
PopGenAgent: Tool-Aware, Reproducible, Report-Oriented Workflows for Population Genomics
本文介绍了 PopGenAgent，一个面向群体基因组学的报告导向型工作流系统，它通过将经过验证的工具链模板与可追溯的执行流程相结合，并利用分层语言模型辅助参数配置与报告生成，显著降低了分析脚本编写与协调的门槛，同时确保了研究结果的可复现性与可解释性。
MiGenPro: A linked data workflow for phenotype-genotype prediction of microbial traits using machine learning.
本文介绍了 MiGenPro，这是一种基于链接数据和机器学习的计算工作流，能够利用已注释的微生物基因组数据高效预测其表型特征（如运动性、革兰氏染色反应等），并具备高鲁棒性、可解释性及良好的互操作性。
MetaTree: an interactive web platform for hierarchical data visualization and multi-group comparison
MetaTree 是一个免安装的交互式 Web 平台，旨在通过共享参考层级结构实现微生物组等分层定量数据的多组对比可视化、统计检验及出版级图表的自动生成。
STCS: A Platform-Agnostic Framework for Cell-Level Reconstruction in Sequencing-Based Spatial Transcriptomics
本文提出了 STCS 框架，通过整合细胞核分割与转录组 - 空间距离模型，无需依赖真实标注即可将测序型空间转录组数据中的高密度空间单元重建为具有生物学一致性的单细胞转录组，从而有效解决了亚细胞分辨率下细胞中心分析的瓶颈问题。