STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
STiLE 是一款仅基于细胞质心坐标、不依赖图像数据的自动组织微阵列解阵列工具，通过结合连通性检测与密度聚类等算法，有效解决了空间转录组学中组织核心分配的瓶颈问题，并在多种平台数据上实现了极高的聚类准确率。
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bioinformatics
1244 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
Semantic-Aware Energy-Efficient Operation inSmart Capsule Endoscopy
本文提出了一种基于深度学习的智能胶囊内窥镜分块能量高效异常检测方法，通过利用语义相似性特征，在显著降低传输功率和光照强度的同时保持高检测率，从而有效延长了设备电池寿命。
ABAG-Rank: Improving Model Selection of AlphaFold Antibody-Antigen Complexes by Learning to Rank
本文提出了 ABAG-Rank，一种基于 DeepSets 架构的深度学习模型，通过利用几何描述符和 AlphaFold 置信度分数，有效解决了从结构系综中筛选高精度抗体 - 抗原复合物预测模型的难题，显著优于现有评分方法。
PhyloRNA: a database of RNA secondary structures with associated phylogenies
本文介绍了 PhyloRNA，这是一个 curated 元数据库，它将 RNA 二级结构与其来自五个分类系统的系统发育注释及丰富的结构描述符相关联，以支持大规模的 RNA 比较与进化分析。
NOHIC: A PIPELINE FOR PLANT CONTIG SCAFFOLDING USING PERSONALIZED REFERENCES FROM PANGENOME GRAPHS
本文介绍了 noHiC 这一植物基因组支架构建流程，该流程利用泛基因组图生成与目标基因组高度匹配的合成参考序列（synref），从而在不依赖 Hi-C 测序数据的情况下，实现高效、准确的参考引导式 contig 支架组装。
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols
本文介绍了 RiboBA，这是一种能够校正不同核糖体图谱测序（Ribo-seq）实验方案引入的偏差、从而在多种数据集中实现更稳健且准确的新开放阅读框（ncORF）鉴定的概率框架。
ST-PARM: Pareto-Complete Inference-Time Alignment for Multi-Objective Protein Design
本文提出了 ST-PARM 框架，通过结合不确定性感知的奖励校准偏好损失、平滑切比雪夫标量化及潜在空间配对策略，实现了在噪声评估环境下对蛋白质多目标设计（如荧光与稳定性权衡）的帕累托完备推理时对齐，从而生成覆盖更广且可控性更强的非支配候选序列。
G-VEP: GPU-Accelerated Variant Effect Prediction for Clinical Whole-Genome Sequencing Analysis
本文介绍了 G-VEP，这是一种基于 CUDA 内核的 GPU 加速变异效应预测框架，它通过并行化数据库查询将临床全基因组测序中的注释瓶颈处理时间缩短了 3 倍，同时保持了与标准 VEP 输出完全一致的结果。
An AI-Driven Decision-Support Tool for Triage of COVID-19 Patients Using Respiratory Microbiome Data
该研究开发了一种基于呼吸道微生物组数据和机器学习（特别是 XGBoost 模型）的人工智能决策支持工具，能够利用微生物群落失调特征（如不动杆菌和葡萄球菌的富集）准确区分 COVID-19 患者的严重程度，从而实现高效的临床分诊。
plsMD: A plasmid reconstruction tool from short-read assemblies
本文介绍了 plsMD，这是一款旨在克服短读长测序数据中重复序列和组装碎片化挑战、通过整合多种数据库与组装工具来实现完整质粒重建并显著提升质粒分析精度与召回率的计算工具。