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Retention, not flux: endpoint confounding caps computational prediction of peptide skin penetration, with a delivery-aware reframing
本文认为，肽类皮肤渗透建模预测性能停滞不前的原因在于，其对混淆了递送载体与终点指标的经皮通量标签存在病态依赖，并据此提出了一种重构方法，旨在将内在的屏障跨越潜力与特定递送相关的滞留及风险区分开来。
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858 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
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Function-guided design of active enzymes
该论文介绍了 EnzymeArt，这是一个以功能为条件的生成式框架，它成功地将功能描述转化为经过实验验证的、在多个蛋白质家族中具有定量催化活性的酶，其性能往往达到或超过了野生型和商业参考标准。
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Homology-aware cross-validation strategies for generalization assessment in RNA structure prediction
本文批判性地回顾并提出了同源性感知交叉验证策略，旨在解决数据泄露问题，并确保针对经典及基于深度学习的 RNA 二级结构预测方法的泛化评估具有公平性。
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Bamsnap-LRS: an automated batch visualization tool for long-read sequencing alignments
Bamsnap-LRS 是一款自动化的命令行工具，旨在通过实现支持长读段特定特征、相位 SNP 检测及多样化基因组分析的高通量、出版级批量可视化，来克服现有可视化软件在可扩展性和优化方面的局限性。
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Development of Deep-Learning Models that Predict Quantitative Protein-Ligand Interac-tions in Glycobiology as a part of a Capstone Course
作为阿尔伯塔大学毕业设计课程的一部分，本文介绍了三种基于约一百万个蛋白质-配体对混合数据集训练的深度学习模型（ProMax、APEX 和 UltraMax），用于预测定量糖链-蛋白质结合强度，同时强调了长尾数据分布和手性特征利用不足所带来的挑战。
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ComplexDesign: sequence-hallucination design of protein binders bridging multiple proteins
ComplexDesign 是一种基于幻觉的方法，它利用结构预测引导的序列优化和一种专门的掩码机制，成功设计出多链蛋白质复合物以及连接多个靶点的柔性结合剂，在无条件多聚体设计和三元复合物生成方面均优于现有方法。
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fastQpick: scalable bootstrap and subsampling of FASTQ reads
fastQpick 是一个开源的命令行工具和 Python 库，它能够对 FASTQ 读取进行高效、可扩展的自助重采样（bootstrap resampling），以量化原始测序数据中的不确定性，并为处理大型库提供了多种内存优化模式。
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HoloCell: A Generative Foundation Model for Holistic Cellular Modeling
HoloCell 是一个拥有 8.6 亿参数的生成式基础模型，通过层次化分词和迭代扩散技术，将表观基因组学、转录组学和蛋白质组学数据统一在海量多组学语料库中，从而实现整体性的细胞表示学习与灵活的跨模态生成。
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Comorbidity structure as an inductive bias: Comparing output-head designs for multi-label prediction of diabetes and myocardial infarction complications
本文表明，多标签预测的输出头设计应被明确选择以反映共病性的潜在生物学结构，这可以从对称条件随机场在 2 型糖尿病微血管相关并发症中优于复杂的替代方案中得到证实，而在心肌梗死的异质性电生理并发症中，没有单一架构被证明是稳定的。
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Drug-Prot: A query system for statistical inference of drug effects and interactions in dynamic proteomic networks
Drug-Prot 是一个公开的计算框架和 Web 应用程序，它利用来自乳腺癌细胞系的大规模扰动蛋白质组学数据，在统计学上推断因果药物效应、药物-药物相互作用以及动态蛋白质依赖网络，从而实现对单药及联合疗法在蛋白质水平响应的针对性分析。