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Protenix-v1: Toward High-Accuracy Open-Source Biomolecular Structure Prediction
本文介绍了首个在训练数据、模型规模及推理预算严格对标 AlphaFold3 的前提下实现更优性能且完全开源的 Protenix-v1 模型，该模型不仅具备推理时扩展性、模板整合及 RNA 支持等关键能力，还发布了基于更新数据的增强版本并提出了更可靠的评估基准，为生物分子结构预测领域奠定了坚实基础。
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1018 篇论文
生物信息学宛如一座连接生物学与计算机科学的桥梁，利用强大的算法和数据分析技术，将海量的生命遗传信息转化为可理解的科学发现。这一领域不再依赖显微镜下的观察，而是通过代码挖掘基因组的秘密，帮助科学家理解疾病机制、追踪病毒变异并推动精准医疗的发展。
作为 Gist.Science 的专属栏目，我们持续追踪来自 bioRxiv 的最新预印本论文，确保您能第一时间接触前沿动态。团队对每一篇新上传的预印本进行深度处理，不仅提供详尽的技术总结，更精心撰写通俗易懂的科普解读，让复杂的生物数据变得清晰易懂。
以下为您呈现该领域最新发表的几项重要研究成果，带您探索生命数字化的最新进展。
💻 bioinformatics
Paired oral clinical specimens reveal the underlying ecology supporting the emergence of inflammophilic microbiome communities
这项研究通过对配对口腔临床样本的分析，揭示了宿主炎症环境通过重塑微生物代谢和群落结构，驱动口腔微生物组从共生状态向适应炎症的致病菌群转变的生态机制。
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Disentangling the Impacts of Incomplete Lineage Sorting and Gene Tree Estimation Error on Species Tree Inference
该研究通过模拟实验系统解耦了不完全谱系分选（ILS）与基因树估计误差（GTEE）对物种树推断的影响，发现即使在整体分歧度相当的情况下，GTEE 对推断准确性的负面影响通常强于 ILS，且两者在基因树分布结构上表现出截然不同的特征。
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Structural motif search across the protein-universe with Folddisco
本文介绍了 Folddisco，一种基于位置无关几何特征索引和稀有度评分系统的工具，能够以比现有方法快 20 倍且存储效率高 4 倍的速度，在数秒内从包含 5300 万种结构的庞大数据库中高效搜索蛋白质结构模体。
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On Deriving Synteny Blocks by Compacting Elements
本文提出了一种直接从序列数据推导共线性区块的通用形式化框架，通过定义不跨越断点的区块来避免掩盖真实变异，并证明了在特定约束下存在能同时最小化区块总长度和数量的线性时间算法。
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ProteoMapper: Alignment-Aware Identification and Quantitative Analysis of Contextual Motif-Domain Patterns in Protein Families
ProteoMapper 是一个无需编程的集成计算框架，它通过结合 HMMER 结构域注释与用户自定义基序检测，量化基序 - 结构域的空间关系并评估其进化保守性，从而为解析蛋白质功能、疾病突变及亚功能化机制提供高效工具。
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A New Sparse Bayesian Quantile Neural Network-based Approach and Its Application to Discover Physiological Sweet Spots in the Canadian Longitudinal Study on Aging
本文提出了一种结合分位数回归与特征选择的稀疏贝叶斯神经网络框架（Q-FSNet 和 Q-DirichNet），利用加拿大纵向衰老研究数据识别出 25 种具有特定稳态范围、能最小化生物学年龄加速的代谢物，从而为精准医学中的生理“甜蜜点”发现提供了可扩展且可解释的新工具。
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OT-knn: a neighborhood-aware optimal transport framework for aligning spatial transcriptomics data
本文提出了一种名为 OT-knn 的邻域感知最优运输框架，通过整合局部空间邻域信息来增强基因表达表征的鲁棒性，从而有效解决了空间转录组数据在跨切片、跨个体及跨发育阶段对齐中面临的稀疏性、异质性和几何形变等挑战。
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wavess 1.2: Presenting an HLA-aware within-host virus sequence simulation framework
本文介绍了 wavess 1.2 框架，该框架通过引入 HLA 特异性细胞毒性 T 淋巴细胞（CTL）反应和可变重组率机制，显著提升了模拟宿主内病毒序列进化及免疫选择压力的能力。
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Chemical Probes in Scientific Literature: Expanding and Validating Target-Disease Evidence
本研究通过大规模文献分析首次系统评估了化学探针在药物发现中的价值，发现其不仅能比现有知识库提前 1-7 年提供靶点证据，还揭示了数百个未被记录的新靶点 - 疾病关联，从而显著推动了早期治疗靶点的优先排序与药物重定位。