biophysics 篇论文 | Gist.Science

生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。

Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。

以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。

该研究利用大规模全原子分子动力学模拟，揭示了硫酸化模式（特别是 2-O-硫酸化和富含硫酸化区域）通过稳定 L-艾杜糖醛酸的 1C4 构象来驱动糖胺聚糖螺旋结构的形成，并引入了一种双参数结构指标以定量分类其二级结构。

该研究利用多色单分子荧光显微镜技术揭示，细菌核糖体 RNA 转录与加工的高效协调依赖于转录因子复合物（rrnTAC）从瞬时结合向由 SuhB 介导的稳定结合的转变，这种稳定组装对于减少 RNA 聚合酶暂停并促进共转录加工至关重要。

该研究提出了一种利用均值漂移超分辨率（MSSR）技术生成强度掩膜以在相量分析前剔除点扩散函数（PSF）引起的时空信号混合的 FLIM 工作流程，有效消除了因光学混叠产生的伪中间寿命信号，从而在保持荧光寿命测量准确性的同时提升了空间分辨率。

该研究通过结合粗粒化模拟与四态动力学模型，揭示了 PETase 酶在 PET 表面的催化效率主要受限于吸附后的重排步骤，指出过度灵活的构象会导致酶陷入非生产性的“过锚定”状态，并据此提出了通过削弱非特异性锚定或增强产物态接触来优化酶设计的新策略。

该研究通过冷冻电镜技术解析了大肠杆菌 AcrAB-TolC 外排泵及其亚复合物的高分辨率结构，揭示了此前未被表征的脂蛋白 YbjP 以 3:3 化学计量比结合 TolC 并协助其膜定位及构象变化的关键机制。

该研究开发了一个结合有限元模拟与生化模型的预测框架，揭示了纳米拓扑结构通过调节核纤层变形与重组进而影响核质运输及 YAP/TAZ 定位的机制，并通过实验证实了核纤层含量降低会增加核膜破裂风险。

该研究利用生物物理和计算方法揭示了泛素连接酶（UBQLNs）中折叠结构域与内在无序区域之间的分子内相互作用如何调控其构象（如酵母 Dsk2 的闭合状态）及功能多样性，并指出这种相互作用在不同真核生物同源物中的存在差异可能反映了其功能的根本不同。

本研究通过全原子分子动力学模拟和自由能计算，揭示了病毒胰岛素/IGF 样肽（VILPs）与斑马鱼受体的结合模式，在确认其与人类受体相互作用相似性的同时，发现了独特的非保守相互作用位点，并提出了可能增强结合亲和力的突变策略。

该研究通过体外实验证实，鱿鱼反射蛋白（Reflectins）在模拟磷酸化条件下可发生液 - 液相分离形成多隔室凝聚体，其内部空间组织由不同亚型的电荷密度和比例调控，这一机制揭示了神经元信号如何通过调节蛋白相变来驱动鱿鱼皮肤虹彩细胞中布拉格层的光学结构重组。

该研究利用分子动力学模拟绘制抗体与受体 JAM-A 的结合能景观，揭示了膜取向接触拓扑及特定静电相互作用是驱动抗体内吞的关键机制，从而建立了超越传统结合亲和力、能够预测并优化治疗性抗体内吞功能的计算筛选框架。