A Comprehensive Atlas and Machine-Learning Framework for Predicting IDR-Protein Binding Affinity
该研究构建了包含 1,785 个实验测得解离常数的 IDR-有序蛋白复合物数据集 IBPC-Kd，揭示了界面形状互补性等关键结合特征，并据此开发了结合图 Transformer 与蛋白质语言模型的预测框架 IDRBindNet，实现了对 IDR 结合亲和力的精准预测及在从头设计结合剂中的泛化验证。
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biophysics
613 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Process for Standardizing and Assessing the Parameters Governing MS2 Virus-Like Particle Reassembly around Nucleic Acid Cargo
本文提出了一套针对 MS2 病毒样颗粒（VLP）围绕核酸货物进行重组的标准化定量评估框架，通过实验设计确定了蛋白质浓度和离子强度是主导重组产率的关键因素，并据此制定了可推广的标准化操作指南以提升实验的可重复性和可比性。
Sloppiness and Action Constraint in Cell State Transitions: Are Single Cells Sloppy?
该研究利用费雪信息揭示单细胞在状态转变过程中表现出显著的“粗糙性”特征，即系统仅对少数“刚性”参数敏感而对众多“粗糙”参数鲁棒，且转变路径遵循最小作用量原理，从而为解析单细胞动力学提供了新的概念与计算框架。
Entropy Quantum Computing for Fixed-Backbone Protein Design
该研究将固定骨架蛋白质设计建模为二次哈密顿量，并利用混合光子熵计算平台 Dirac-3 进行求解，实验表明其在处理大规模实例时相比经典精确求解器展现出更优的扩展性，能够在变量数超过 1000 时提供接近最优的解，从而为超越经典方法瓶颈的蛋白质设计开辟了新途径。
Tensile Expansion Microscopy Applies Mechanical Force to Super-resolve Fixed and Image Live Cellular Samples
该研究开发了张力扩展显微镜（TExM）技术，通过机械拉伸双网络水凝胶实现对固定及活体细胞样本的可控、连续且高分辨率的实时成像，从而克服了传统渗透扩展显微镜在样品固定、形变控制及动态观测方面的局限。
Formation of a swelling gel underlies a morphological transition in Bacillus subtilis biofilms
该研究揭示了枯草芽孢杆菌生物膜通过亲水性聚谷氨酸吸水膨胀与胞外多糖交联的协同作用发生溶胶 - 凝胶相变，从而驱动生物膜从细胞群向具有特定宏观形态（如褶皱）的活体凝胶材料转变的物理机制。
The Untangle Challenge for accurate ensemble models
该论文揭示了一类被称为“密度失配势阱”的新型局部极小值严重限制了生物大分子模型的精度，并通过发布“解缠挑战”成功推动了能够突破此类陷阱、显著提升系综模型准确性的新算法与程序的诞生。
Discovery of MA48, a Small Molecule Inhibitor of CAPON (NOS1AP)-NOS1 Protein-Protein Interaction
该研究通过筛选与验证，首次发现并确认了小分子化合物 MA48 能够直接结合 CAPON 蛋白，并在细胞内有效抑制 CAPON 与 nNOS 的相互作用，为开发针对神经退行性疾病的 CAPON 靶向疗法奠定了基础。
Interactions of Phototropism and Gravitropism in Cyanobacteria
该研究首次揭示了原核生物蓝细菌（Synechococcus sp. PCC 7002）中存在一种依赖细胞内多聚磷酸体、通过调节叶绿素与藻胆素在细胞膜上的定向分布来感知重力并协同光向性反应的机制。
Sampling Mismatch and Correction for Ptychographic Single-Particle Analysis
该研究揭示了导致电子断层扫描单颗粒分析分辨率受限的采样失配问题，并提出了一种校正策略，通过消除由扫描步长和像素尺寸误差引起的信号畸变，成功将分辨率提升至约 1.5 埃。