Systematic mutational mapping reveals optimal amyloid formation for RIPK function
该研究通过系统突变图谱分析揭示了 RIPK1 和 RIPK3 依赖保守疏水四联体形成功能性淀粉样蛋白以驱动坏死性凋亡的分子机制，并发现进化已将 RHIM 结构域的淀粉样形成倾向精确优化至一个既能有效启动信号传导又避免过度聚集的“最佳平衡点”。
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biophysics
617 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Ratiometric signaling produces robust temporal integration for accurate cellular gradient sensing
该研究通过理论与模拟揭示，比率信号机制通过让 G 蛋白记忆并整合过往受体状态，实现了对时空变化信号的无偏时间平均，从而使细胞在受体数量少且存在噪声的条件下，能够超越瞬时信息检测的理论极限，实现更精准的化学梯度感知。
Lipid gating of BK channels and mechanism of activation by negatively charged lipids
本研究通过原子级和粗粒度分子动力学模拟，揭示了脂质分子经膜侧孔进入大电导钙激活钾（BK）通道孔道是阻断离子通透的关键机制，并阐明了带负电脂质通过减少脂质侵入、增加钾离子占据及稳定开放构象等多模态机制激活 BK 通道的过程。
HXMS: a standardized file format for HX-MS data
该论文介绍了 HXMS，这是一种旨在解决氢/氘交换质谱（HX-MS）数据格式不统一及信息丢失问题的标准化、轻量级文件格式，并配套开发了名为 PFLink 的 Python 工具包以实现现有软件数据的转换，从而推动 HX-MS 数据的定量分析、共享及机器学习应用。
Bifunctional Architecture Enables Substrate Catalysis and Channeling in Paracoccus TMAO Demethylase
该研究通过解析副球菌 TMAO 去甲基酶（TDM）的多种状态冷冻电镜结构，揭示了其作为双功能酶将不稳定的甲醛中间体从催化核心经通道定向输送至远端四氢叶酸结合位点的机制，从而阐明了其在代谢效率提升与毒性物质解毒中的关键作用。
In-cell cryo-electron tomography reveals differential effects of type I and type II kinase inhibitors on LRRK2 filament formation and microtubule association
该研究利用原位冷冻电子断层扫描技术揭示，I 型激酶抑制剂（MLi-2）会促进 LRRK2-I2020T 突变体在细胞内形成微管相关纤维束并构建出全长闭合激酶结构模型，而 II 型抑制剂（GZD-824）则几乎不诱导此类纤维组装，从而阐明了两类抑制剂对 LRRK2 纤维形成及微管结合的差异化调控机制。
Modeling the spatial organization of replicated chromosomes in yeast reveals a loose asymmetric cohesion between sister chromatids
该研究通过聚合物建模与实验数据结合，揭示了酵母中复制染色体的空间组织特征，表明共凝聚蛋白稀疏分布导致姐妹染色单体呈现轻度压缩且松散的非对称排列，并发现这种非对称的共凝聚作用倾向于连接非同源的共凝聚蛋白富集区。
Cellular Chemical Dynamics Governing Signal Transduction and Adaptive Gene Expression: Beyond Classical Kinetics
该研究提出了一种基于反应时间分布的新一代细胞化学动力学模型，通过推导精确解析解，揭示了基因激活与翻译后成熟过程对蛋白质瞬态及稳态变异的差异化影响，从而为理解细胞适应机制及构建细胞数字孪生提供了统一的定量框架。
Bringing calorimetry (back) to life
本文构建了非平衡量热学的概念框架，并通过计算纤毛运动和分子马达等生物物理模型的热容，揭示了生物活性可导致热容呈现负值等独特依赖关系，从而展示了微量热法在研究生物系统结构与功能方面的巨大潜力。
A Goldilocks zone of DNA flexibility defines stable yet plastic nucleosomes, tuned by histone chemistry
该研究利用近原子尺度粗粒化模型，揭示了组蛋白化学修饰与 DNA 序列共同作用，通过界定一个“适中”的 DNA 柔性“金发姑娘区”及非加和性的组蛋白调控机制，确立了染色质核小体兼具热力学稳定性与机械可塑性的物理框架。