NeMO: a flexible R package for nested multi-species occupancy modelling and eDNA study optimization
本文介绍了 NeMO，这是一个灵活的 R 语言软件包，通过贝叶斯框架下的嵌套多物种占用模型，有效解决 eDNA metabarcoding 研究中检测不确定性问题，并帮助优化监测方案与资源分配。
🌿 Category
ecology
263 篇论文
生态学是一门探索生命如何与环境相互作用的宏大科学，它关注从微小的微生物群落如何影响土壤健康，到整个森林如何调节全球气候。这一领域不仅揭示了生物多样性的奥秘，更关乎人类如何与地球和谐共生。在这里，我们聚焦于那些正在重塑我们对自然世界认知的最新发现。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及，我们每日从 bioRxiv 抓取所有最新的生态学预印本，并经过专业处理，为每篇论文提供通俗易懂的科普解读与详尽的技术摘要。无论您是寻求灵感的科研人员，还是对自然充满好奇的读者，都能在这里轻松获取核心洞见。
以下是该领域近期发布的最新论文精选，它们将带您走进生态研究的最前沿。
The urban tree of life: synthesizing relationships between body size and urban affinity
这项研究通过对全球超过 3 万种动植物的大数据分析，揭示了物种对城市环境的适应模式（即“物种城市化分布”），并阐明了体型大小与城市亲和力之间在不同类群中呈现的异质性关系，从而为制定支持城市生物多样性的精细化规划策略提供了科学依据。
MetaBeeAI: an AI pipeline for structured evidence extraction from biological literature
本文介绍了 MetaBeeAI，这是一个开源、模块化的 AI 流程，通过结合多轮提取与专家人工审核机制，实现了从生物文献中透明、可审计且可扩展的结构化证据提取，显著提升了大规模生物研究数据合成的准确性与一致性。
Testing the Diffusion Limitation Hypothesis for Declining Methane Uptake in Forest Soils
该研究利用巴尔的摩生态系统研究和哈伯德布鲁克实验森林长达数十年的数据，否定了降水驱动扩散限制导致森林土壤甲烷吸收下降的假设，并指出长期生物退化（如氮抑制和入侵蚯蚓活动）可能是更主要的原因。
Dynamics and control of highly pathogenic H5 avian influenza in a threatened pelican population
该研究利用濒危卷羽鹈鹕种群的监测数据，揭示了 2022 年以来 H5N1 高致病性禽流感因病毒适应性增强（传播力更高、排毒时间更长）而引发大规模死亡，并指出传统的 carcass 清理措施效果有限且现有注射疫苗难以在野生动物中建立群体免疫。
Environmental impacts of Broiler chicken production in the North Eastern Himalayan region of India: Evaluation using the Life Cycle Assessment approach
该研究首次利用生命周期评估方法，对印度东北部喜马拉雅地区肉鸡养殖从摇篮到农场大门的环境影响进行了全面评估，发现饲料（尤其是玉米生产）是主要的环境热点，并提出了提升环境效率的改进建议。
High invasion risk of non-native fishes in the lower Tigris Basin (south-west Iran) with special reference to Shadegan International Wetland
该研究通过整合风险评估与物种分布模型，发现底格里斯河下游（特别是沙赫甘国际湿地）的 15 种非本地鱼类面临极高的入侵风险，其中红腹罗非鱼等物种在气候变化情景下适宜分布区将进一步扩大，亟需跨国协调管理以加强监测与防控。
Emerging invasion risks of non-native urban trees in continental Europe under a changing climate
该研究利用 TPS-ISK 评估工具，结合当前及未来气候情景，对欧洲大陆 34 种非本地城市树木的入侵风险进行了全面筛查，发现气候变化将显著增加高风险物种数量，从而强调了对其实施早期监测和主动管理的紧迫性。
Beyond Gloger's rule: multiple biogeographic drivers of dark and red colouration in ants
该研究利用全球 10,400 种蚂蚁的图像数据，首次证实了昆虫的体色并非由单一宏观生态法则决定，而是由紫外线辐射、降水、温度及林冠高度等环境因素独立驱动，分别影响其黑暗度和红色度。
Taxonomic filtering accompanies functional expansion during long-term soil restoration
该研究利用英国萨里斯伯里平原长达 143 年的土地利用演替序列发现，尽管植被多样性在恢复初期迅速回升，但土壤微生物群落表现出“分类收缩与功能扩张”的解耦特征，且受历史遗留效应影响，即便经过 67 年被动恢复，土壤生态系统仍未达到完全的功能平衡。