LGTM: Gaussian Process Modulated Neural Topic Modeling for Longitudinal Microbiome
本文提出了 LGTM 框架,该框架通过结合灵活的非线性纵向建模与可解释的主题表示,有效解决了纵向微生物组数据的高维、组成性及不规则采样等挑战,能够同时识别稳定的微生物亚群并量化其与宿主及环境协变量的动态关联。
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微生物学探索着肉眼看不见的生命世界,从维持人体健康的肠道菌群到影响全球气候的海洋细菌,这些微小生命体塑造着地球运转的基石。在这里,我们聚焦于这一充满活力的领域,致力于揭示微观生命如何驱动宏观变化,让复杂的科学发现变得触手可及。
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本文提出了 LGTM 框架,该框架通过结合灵活的非线性纵向建模与可解释的主题表示,有效解决了纵向微生物组数据的高维、组成性及不规则采样等挑战,能够同时识别稳定的微生物亚群并量化其与宿主及环境协变量的动态关联。
本研究开发了一种基于大豆和豌豆组织的宿主模拟培养基,证实了其在促进大豆相关尾孢菌属真菌孢子形成方面比传统人工培养基(如 PDA 和 V8 琼脂)更有效且更可靠。
本研究成功开发了一种以植物乳杆菌和甜叶菊提取物为配料的合成益生菌酸奶,证实该产品在储存期间不仅保持了良好的微生物活性和理化特性,还显著提升了抗氧化能力、蛋白质含量及感官评分,是一种具有开发潜力的功能性乳制品。
该研究通过设计对宿主酪氨酸羟化酶代谢不敏感的二氟芳基衍生物,成功优化了肠道细菌L-多巴脱羧酶抑制剂AFMT,从而在保留抑制肠道细菌降解L-多巴活性的同时避免了其恶化帕金森病症状的潜在风险。
本研究鉴定出禽源支原体滑液囊支原体(*Mycoplasma synoviae*)膜结合血凝素 LAM HA 中 Ser83、Arg85、Tyr88、Asn124 和 Lys192 五个关键氨基酸残基,并证实这些残基通过维持酸性条件下的α-螺旋结构稳定性来调控其红细胞凝集活性。
该研究表明,在枯草芽孢杆菌中,即使缺乏传统的 RNA 引物移除酶 DNA 聚合酶 I(Pol I),复制酶 DnaE 仍能通过链置换合成高效完成冈崎片段修复,从而揭示了一种确保基因组稳定性的替代机制。
该研究发现,不动杆菌中的 PmrB 传感器通过镍辅因子感知亚致死氧化应激并诱导构象变化,从而激活 PmrA 启动抗氧化防御基因,这种在应激移除后仍持续存在的“响应记忆”机制显著增强了细菌对抗后续氧化应激和抗菌肽的能力,对临床多重耐药菌株的致病力至关重要。
该研究揭示了在鱼腥藻 PCC 7120 中,HenR 磷酸酶与激酶 Alr3423 通过磷酸化修饰调控 STAS 结构域蛋白 All4160 的活性,进而控制异形胞多糖层形成及固氮作用,拓展了伴侣开关系统从转录调控到直接调控生物合成酶的功能范畴。
该研究通过高分辨率空间调查揭示,瑞士阿勒河下游抗生素抗性基因(ARGs)的丰度显著增加主要受污水处理厂排放驱动,而湖泊则具有明显的稀释净化作用,从而为大型河流系统的抗微生物耐药性动态提供了首个详细基线数据。
该研究通过对 2022-2023 年冬季住院婴儿的呼吸道合胞病毒(RSV)分离株进行基因组和结构分析,发现特定氨基酸突变及 G 蛋白糖基化位点的增加与疾病严重程度及体外复制能力增强密切相关,揭示了病毒适应性突变在致病性中的作用。