Geometric early warning indicator from stochastic separatrix structure in a random two-state ecosystem model
该论文提出了一种基于随机分界线结构的几何早期预警指标，用于在强噪声或观测记录有限的情况下，有效预测北极冰下藻华爆发，弥补了传统临界慢化指标在快速转变场景下的不足。
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30 篇论文
The Black Death Anomaly: A Non-Abelian Field Theory of Epidemiological Safe Zones
该论文通过将 14 世纪黑死病的病原体动力学嵌入非阿贝尔规范场论框架，利用 环境规范场将进化漂移转化为空间输运现象，从数学上证明了历史上波兰和波希米亚等“安全区”并非统计异常或完美隔离的结果，而是突变波前相消干涉所形成的拓扑必然空洞。
Toda-like Hamiltonian as a probe for quantized prey-predator dynamics
本文通过分析受约束的 Toda 型哈密顿量的相空间特征，揭示了其在模拟经典 Lotka-Volterra 捕食者 - 猎物动力学时，不仅具有经典稳定性，还展现出由量子扭曲和非微扰修正所定义的量子稳定性，从而为描述竞争性微观生物系统中的量子模式提供了首个预测性理论框架。
Misspecification of the generation time distribution and its impact on Rt estimates in structured populations
该研究通过理论与模拟分析，揭示了在结构化人群中错误假设统一的代际时间分布会显著影响时变再生数（Rt）的估算结果，并提出了一种修正方法以在简化模型中准确捕捉群体差异，从而强调了收集详细流行病学数据对制定精准公共卫生政策的重要性。
Controllable Sequence Editing for Biological and Clinical Trajectories
该论文提出了 CLEF 模型，通过学习编码干预时机与作用范围的时间概念，实现了对生物及临床纵向轨迹中特定变量在特定时刻的可控编辑与反事实生成，显著优于现有最先进方法。
Generalizing matrix representations to fully heterochronous ranked tree shapes
本文通过将等时排名树形状与 F-矩阵的双射关系推广至全异时排名树形状，建立了一种利用矩阵约束高效枚举树形并构建概率模型的新框架。
A Class of Unrooted Phylogenetic Networks Inspired by the Properties of Rooted Tree-Child Networks
该论文指出识别树子可定向无根网络是 NP 难的，进而提出了-可切割网络这一新类，证明了其具有多项式时间可识别性，且在该类网络上树包含问题是多项式时间可解的。
Modeling the spillover risk of highly pathogenic avian influenza from wild birds to cattle in Denmark: A data-driven risk assessment framework
该研究利用美国 H5N1 高致病性禽流感病毒从野鸟传播至奶牛的实测数据，构建了一个数据驱动的风险评估框架，量化了丹麦野鸟向奶牛传播该病毒的时空风险，指出风险主要集中在沿海及德丹边境地区且冬季最高，从而为制定针对性监测策略提供了科学依据。
SDSR: A Spectral Divide-and-Conquer Approach for Species Tree Reconstruction
本文提出了一种基于谱图理论的物种树重建可扩展分治算法 SDSR，该算法在理论保证下，通过递归划分物种子集并合并子树，在保持与全数据方法相当的重建精度的同时，显著提升了计算效率。
Macroscopic Dominance from Microscopic Extremes: Symmetry Breaking in Spatial Competition
该论文提出了一种随机资源竞争模型，揭示了空间优势转化为宏观主导需经历由极值统计决定的对称性破缺，且仅有非互惠相互作用偏差才能将瞬态优势固化为鲁棒的吸收态。
Non-Monotone Traveling Waves of the Weak Competition Lotka-Volterra System
本文研究了弱竞争条件下两物种反应扩散 Lotka-Volterra 系统的行波解，通过构造精细的上下解并结合 Schauder 不动点定理，证明了所有波速 下行波的存在性，首次给出了非单调波出现的可验证充分条件（涵盖临界波速情形），并严格证明了临界弱竞争情形下前脉冲行波的存在性。
Conditionally Site-Independent Neural Evolution of Antibody Sequences
本文提出了 CoSiNE 模型，通过结合深度神经网络的表达能力与连续时间马尔可夫链的进化动力学，有效捕捉抗体序列中的上位效应并解耦选择与体细胞高频突变，从而在零样本变异效应预测及针对特定抗原的亲和力优化任务中超越了现有语言模型。
The Impact of Neglecting Vaccine Unwillingness in Epidemiology Models
该研究指出，在流行病学模型中忽视疫苗犹豫会导致关键结果出现显著误差，且这种误差在研究长期平衡态时无法通过调整接种率常数来消除，而在研究短期疫情爆发时误差同样可能很大。
Risk mapping novel respiratory pathogens with large-scale dynamic contact networks
该研究利用荷兰人口登记数据构建了大规模动态接触网络模型，揭示了人口密度与流动对新型呼吸道病原体传播的关键影响，并量化了自我隔离和旅行限制等干预措施的效果，强调了将细粒度人际接触现实与大规模人口特征相结合在流行病预测与控制中的必要性。
Can deleterious mutations surf deterministic population waves? A functional law of large numbers for a spatial model of Muller's ratchet
该论文通过建立空间穆勒棘轮模型的函数大数定律，证明了在适当缩放下该随机粒子系统收敛于偏微分方程组，并据此在单稳态及 Fisher-KPP 条件下严格确定了种群扩散速度及有害突变能否随种群波前“冲浪”的结论。
Extracting useful information about reversible evolutionary processes from irreversible evolutionary accumulation models
该研究通过模拟实验量化了忽略可逆动态所导致的误差，证明在特征获取的相对顺序和演化路径核心结构推断上，基于不可逆假设的演化积累模型（EvAMs）在多数情况下仍能提供可靠且具信息量的近似结果，尽管其在不确定性估计和特征交互分析方面存在较大误差。
abx_amr_simulator: A simulation environment for antibiotic prescribing policy optimization under antimicrobial resistance
该论文介绍了一个名为 abx_amr_simulator 的 Python 模拟工具包，旨在通过结合强化学习框架，在考虑观测噪声、偏差和延迟等不确定性的情况下，模拟抗生素处方决策并优化以平衡即时疗效与长期耐药性管理的用药策略。
Social Distancing Equilibria in Games under Conventional SI Dynamics
该论文通过引入新的变量变换，在经典 SI 流行病动力学框架下显式构建了社会距离博弈的纳什均衡，证明在特定条件下唯一的最优策略是“先观望后封锁”的 bang-bang 策略，且该策略在受限策略空间中构成演化稳定策略并与最优公共政策完全一致。
A mean-field theory for heterogeneous random growth with redistribution
该论文研究了大规模有限系统中随机乘性增长与再分配之间的竞争，发现静态随机增长率下迁移需足够强以防止局域化，而引入时间噪声后则会出现一种部分局域化的新相态，从而为理解人口增长和财富不平等提供了理论视角。
A hybrid discrete-continuum modelling approach for the interactions of the immune system with oncolytic viral infections
本文提出了一种结合随机个体基模型与连续偏微分方程的混合建模方法，用于研究免疫系统与溶瘤病毒在肿瘤中的相互作用，揭示了免疫反应时机对疗法疗效的关键影响，并强调了根据肿瘤特征和患者免疫能力进行临床免疫调节的重要性。