🧬 biology
Synthetic Phenotype Assisted Linear Mixed Models Improve Proteome-Wide Genetic Discovery in Incomplete Biobank Data
本文介绍了 Syn-PALM，这是一个稳健且可扩展的线性混合模型框架，该框架利用机器学习预测的合成蛋白质组学数据，在尽管生物样本库数据存在大量缺失的情况下，仍能显著增强全基因组关联研究中的统计效能和遗传发现能力。
🧬 Category
q-bio
1432 篇论文
🧬 biology
Interaction-Token Structural Alignment (ITSA): An Interpretable Framework for Protein Similarity Based on Residue-Level Chemical Interactions
本文介绍了相互作用-标记结构对齐（Interaction-Token Structural Alignment, ITSA），这是一个可解释的框架，它将蛋白质结构转换为残基层面的生化相互作用标记以进行局部对齐，证明了其在捕捉家族级相似性以及在传统基于几何的方法失效之处保留机制上下文方面的有效性。
🧬 biology
Quantum Biogenesis Driven by Methylated Colloidal Sulfur Within Diamagnetic Metal Matrices and Proto-Cell Self-Assembly
本文提出了一种量子生物发生模型，其中热甲基化硫配合物在抗磁性镁银基质中排列，以产生磁梯度，从而为原细胞膜的自组装和自主分裂提供模板。
🧬 biology
Transforming MRI volumes with Space-Filling Curves reveals Multifractal Signatures of Ageing and Dementia Progression
本研究引入了多重分形空间填充曲线分析（MFSCA），旨在证明通过 MRI 数据中的多重分形性所衡量的脑结构空间组织，随着年龄增长和痴呆症的进展，会从一种复杂的、异质的状态逐渐退化为一种更简单的、同质的状态。
🧬 biology
Exploring ubiquitination-related biomarkers in osteoarthritis based on single-cell and transcriptomic data
本研究整合了单细胞与大体转录组数据，鉴定了五个参与骨关节炎发病机制的泛素化相关生物标志物（MYC、TLR7、CX3CR1、PER1 和 GADD45B），揭示了它们在 TNF-alpha/NF-kappaB 通路中的富集、与特定免疫细胞群的关联以及在滑膜成纤维细胞中的高表达，从而为该疾病提供了新的治疗靶点。
🧬 biology
Transformed Callus of Panax vietnamensis: Promising In Vitro Platform for Majonoside R2 Production alongside Hairy Roots
本研究表明，由根瘤菌（*Agrobacterium rhizogenes*）诱导的越南人参（*Panax vietnamensis*）转化愈伤组织，作为毛状根的一种稳定、无激素且高产的替代方案，在通过茉莉酸甲酯（MeJA）诱导增强的情况下，对于稀有皂苷 majonoside R2 的可持续体外生产具有重要意义。
🧬 biology
Polarity-Registered Nuclear Mapping Reveals Discrete Topological Classes of Chromosome Organization
本研究引入了一种极性注册的核坐标系，通过将细胞核几何结构归一化，揭示了人类间充质干细胞中染色体组织的离散且可复现的拓扑类别，证明了机械与极性约束驱动了非对称且具有同源特异性的空间行为。
🧬 biology
BMP9 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression By Accelerating Cell Cycle through CKS1B Lactylation
本研究揭示了 BMP9 的高表达通过促进 CKS1B-K4 乳酸化修饰，增强 CKS1B 与 CDK1–3 的相互作用并促进 p27 降解，从而加速细胞周期进程，进而驱动肝细胞癌的进展。
🧬 biology
FuncDECODE Resolves Cell-Type-Specific Functional Heterogeneity across Biological States and Spatial Contexts
FuncDECODE 是一个利用单细胞参考数据集来解卷积混合的批量转录组和空间转录组数据的计算框架，从而能够在不同的生物状态、疾病背景和空间组织结构中，实现细胞类型特异性功能程序重塑的识别。
🧬 biology
Malaria parasites coordinate host cell remodeling through the AP2-HCR DNA-binding protein
本研究确定了 PfAP2-HCR 是恶性疟原虫（*Plasmodium falciparum*）中一种必需的 ApiAP2 转录因子，它通过直接调节关键出口蛋白的表达来协调宿主细胞重塑，从而确保寄生虫在无性及有性血液阶段的生存、发育与传播。