A leakage-aware benchmark for evaluating chemical and cellular generalization in single-cell perturbation-response prediction
本文引入了一个感知泄漏的基准测试框架,该框架通过明确定义训练-测试邻域,来严谨地评估单细胞扰动模型在化学和细胞语境下的泛化能力,并揭示了标准的随机划分由于保留了结构与机制上的重叠,往往会高估性能,而联合留出验证则成功消除了这些重叠。
4194 篇论文
本文引入了一个感知泄漏的基准测试框架,该框架通过明确定义训练-测试邻域,来严谨地评估单细胞扰动模型在化学和细胞语境下的泛化能力,并揭示了标准的随机划分由于保留了结构与机制上的重叠,往往会高估性能,而联合留出验证则成功消除了这些重叠。
这项研究表明,HSV-1 和 ZIKV 病毒感染均会下调 iPSC 衍生神经元细胞中的关键脂质代谢通路,包括鞘脂和甘油磷脂代谢,这暗示了病毒对宿主代谢的重编程如何促进神经退行性疾病的发病机制。
本文介绍了镜像对称药物设计(MSDD),这是一种新颖的计算框架,通过反转靶点蛋白口袋,在无需模型重训的情况下,规避了当前生成式人工智能的手性局限性,从而实现针对 Bcl-2 和 Mcl-1 的具有蛋白水解稳定性及高亲和力的 D-肽双重抑制剂的从头设计。
本文提出了一种统计力学模型,证明了“过度杀伤效应”以及由此产生的相对生物效应(RBE)最大值,源于有限的辐射敏感染色质域的渐进式占用,这限制了在高线性能量传递(LET)下额外致死事件的形成。
这项国际研究表征了由杂合 *HMGB1* 变异引起的神经发育障碍的表型和等位基因谱,通过确认尽管小头畸形很常见,但该疾病包含不产生与后者综合征相关的富含精氨酸的 C 端尾部的多样化编码和非编码突变,从而将其与 BPTAS 区分开来。
本研究阐明了杏残渣发酵过程中异常威克汉酵母(*Wickerhamomyces anomalus*)LY13 香气生物合成的时间动态,揭示了在早期基因诱导驱动下关键挥发性化合物在 48 小时达到峰值,并鉴定出一种负责将苯乙醛转化为 2-苯乙醇的特定短链醇脱氢酶(WICANDRAFT_98376)。
这项研究表明,在北大平原草原中,菌根响应性本身并不能决定正向植物-土壤反馈;相反,正向反馈遗产是由入侵性的叶状大戟通过天敌释放与互利共生生物积累的结合作用而独特生成的,而本土菌根响应物种则积累了由土壤病原体驱动的负向反馈。
通过利用一种新型的两阶段检测框架分析来自德国东北部的 3,360 个 SARS-CoV-2 基因组,本研究揭示了显著的未被识别的重组多样性,并证明虽然共感染频繁发生,但重组体向后的成功传播仍然是一个主要的进化约束。
本文介绍了一种基于剖面的分类框架,该框架利用经验行为剖面和自助法对动物 GPS 轨迹进行分段并对运动策略进行分类,从而提供带有不确定性估计的概率分配,仅需适度的训练数据,并在模拟实验及两种生态特征迥异的物种中展示了高准确度。
这项研究揭示了唐氏综合征 Ts65Dn 小鼠模型中显著的性别差异,即与雄性相比,雌性表现出更优越的识别记忆能力、更少的抑郁样行为以及更稳定的睡眠,凸显了在未来的研究和治疗策略中考虑性别特异性变化的至关重要性。