🧬 生物学
A koala pangenome reveals hidden structural variation with implications for disease and fertility
本研究通过构建首个由13个考拉基因组组成的有袋类泛基因组，揭示了驱动疾病易感性、逆转录病毒生物学及繁殖力区域性差异的广泛隐藏结构变异，证明了泛基因组方法在理解受威胁野生动物适应性多样性方面的关键价值。
🧬 Category
q-bio
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🧬 生物学
Disclosed and Undisclosed GPU Hardware Exclusion Across the Modern Protein Structure Prediction and Design Toolchain: A Compute-Accessibility Audit
本文对现代蛋白质结构预测工具进行了计算可访问性审计，揭示了未披露的硬件需求——特别是旧款图灵架构 GPU 上的静默数据损坏问题——造成了研究领域的不平等障碍，并指出有必要建立一种新的故障模式分类法以及明确披露最低计算能力要求。
🧬 生物学
Relative contributions of reconstruction pipeline and MRI field strength to hippocampal shape variation
在一项针对健康成年人的研究中，重建方法对海马体形状变化的影响大于磁共振成像（MRI）场强（3T 与 7T），其中 FSL 显示出与手动分割最接近的一致性，并支持了使用 3T MRI 进行全海马体形态测量学分析的有效性。
🧬 生物学
Local Exclusion and Flux Loss Jointly Localize Ribosomal Traffic Jam Onset: The Exclusion Bottleneck Index in Synthetic TASEP Simulations
本文引入了排除瓶颈指数（Exclusion Bottleneck Index, EBI），这是一种结合了局部通量损失和条件阻塞概率的无参数指标，它能够准确且稳健地定位合成 TASEP 模拟中不同参数机制下核糖体交通拥堵的起始点，其性能优于标准观测指标和单组分指标。
🧬 生物学
Deco-9, a Decorin-Derived Leucine-Rich Repeat Nonapeptide That Promotes Skeletal Muscle Growth by Jointly Neutralizing TGF-β1 and GDF-8 in the Extracellular Matrix
本研究确定了 Deco-9（一种源自装饰素的合成九残基肽）作为一种双重中和剂，能够同时抑制 TGF-β1 和 GDF-8 信号传导，以促进骨骼肌生长并减少纤维化，为治疗肌肉萎缩性疾病提供了一种紧凑的治疗替代方案。
🧬 生物学
Copy aware deconvolution of Hi-C interactions in extrachromosomal DNA using CADET
本文介绍了 CADET，这是一种通过期望最大化算法直接推断染色体外 DNA (ecDNA) 拷贝特异性 Hi-C 相互作用矩阵的计算方法，从而在无需进行三维结构重建的情况下，解决了由重复基因组片段引起的歧义问题。
🧬 生物学
Multi-Layer Single-Cell Integration with Deep Embedded Clustering Reveals Metabolic Heterogeneity in Peripheral Blood Mononuclear Cells
本研究引入了一种多层深度嵌入聚类框架，该框架整合了转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，以揭示外周血单核细胞中此前未被发现的代谢异质性和线粒体细胞簇，其表现显著优于标准的两层聚类方法。
🧬 生物学
Game Theoretic Modeling of Cancer Healthy Cell Competition: A Population Dependent Nash Equilibrium Framework
本文引入了一种群体依赖型纳什均衡框架，该框架对动态的健康细胞与癌细胞竞争进行建模，展示了饮食和药物等因素如何调节肿瘤进展并保持全局稳定性，从而为个性化癌症治疗提供参考。
🧬 生物学
Systematic review and Meta-analysis of the effects of air pollution exposure on nasal mucosal immune-inflammatory markers in experimental animal models of AR
这项针对18项实验性动物研究的系统评价和荟萃分析表明，空气污染暴露通过破坏鼻上皮屏障、激活先天免疫以及促进Th2型炎症（表现为嗜酸性粒细胞浸润增加、促炎细胞因子水平升高以及ZO-1表达降低），显著加重了过敏性鼻炎。
🧬 生物学
AFRACT: Autocorrelation-Aware Fractal Dimension for Complex Networks
本文介绍了 AFRACT，一种具有自相关意识的球质量缩放算法，该算法通过基于空间自相关对节点进行加权，克服了传统盒覆盖方法中的中心节点敏感性和属性集成缺失问题，同时提供了一个严谨的公理化框架、一个具有 471 倍加速效果的精确基于快速傅里叶变换（FFT）的实现方式，以及一个通用的有限尺寸修正律，从而在各种复杂网络中实现高度精确且稳健的分形维数估计。