Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings
这项实证研究表明,scGPT 生物基础模型在其静态基因嵌入几何结构与线性基因组邻近性之间表现出一种微小但可复现的关联,揭示了尽管在训练过程中并未显式提供此类空间信息,但位于同一染色体上且位置较近的基因在模型的表示中比距离较远的基因具有更高的相似性。