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Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings

这项实证研究表明,scGPT 生物基础模型在其静态基因嵌入几何结构与线性基因组邻近性之间表现出一种微小但可复现的关联,揭示了尽管在训练过程中并未显式提供此类空间信息,但位于同一染色体上且位置较近的基因在模型的表示中比距离较远的基因具有更高的相似性。

Liu Chen2026-07-27
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The effect of dietary fiber based on fermentability and viscosity on the gut microbiome composition in chronic kidney disease: a systematic review of experimental and clinical trials

这项针对22项实验性和临床试验的系统评价得出结论,认为单纯的膳食纤维干预对慢性肾脏病患者肠道微生物群组成的效应呈现出多变且很大程度上不一致的特征,且并未基于仅由纤维发酵性或粘性决定的因素显现出明确的模式。

Seyedeh Nooshan Mirmohammadali, Claudia Carrillo, Jason B. Reed, Brandon M. Kistler, Hannah E. Wilson, Bruce Hamaker, Sh (…)2026-07-27
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Compartment Mismatch Produces Near-Perfect Apparent Discrimination in Blood-Referenced DNA-Methylation Classifiers: A Public-Cohort Reanalysis of Hematologic-Malignancy Series

本研究表明,基于血液的 DNA 甲基化分类器在血液恶性肿瘤队列中经常实现近乎完美的表观判别,这并非源于疾病检测,而是由于健康对照组与患病样本之间的细胞成分存在未被解释的不匹配,从而导致此类未经校正的验证结果变得无法解释。

Frederic Scheer2026-07-27
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Evolving genetic landscapes of Plasmodium falciparum Kelch-13 polymorphisms in Nigeria: A systematic review and meta-analysis

这项系统评价和荟萃分析表明,尼日利亚疟原虫(*Plasmodium falciparum*)Kelch-13 多态性具有高度多样性,且呈现出独立演化的特征而非由单一突变主导,这强调了开展持续基因组监测以防止青蒿素抗性传播的紧迫性。

Aaron Onyebuchi Nwana, Emmanuel Afolabi Bakare, Isaac Segun Oyedeji, Happiness Oluwatosin Ismail2026-07-27