🧬 biology
A Meta-analysis of Host Transcriptomic Responses to Tuberculosis Infection
这项针对六个血液转录组数据集的荟萃分析确定了一个高度可重复的活动性结核病宿主特征，其特点是强烈的先天免疫激活和翻译抑制，同时发现没有一致的基于血液的特征能将潜伏结核病与健康对照组区分开来。
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q-bio
4404 篇论文
🧬 biology
Segment-resolved codon usage and host-adaptation signals in piscine orthoreovirus 1
本研究建立了鱼类正向呼肠孤病毒1（Piscine orthoreovirus 1）可重复的、片段解析的参考标准，揭示了其十个基因组片段之间显著的异质性，以及相对于鲑鱼宿主编码偏好性的不同适应或失配模式。
🧬 biology
Optimization of two-step asymmetric PCR protocol to prepare single-strand DNA for aptamer screening
本研究通过系统地优化对称 PCR 条件和关键不对称参数，优化了一种用于适配体筛选的两步不对称 PCR 方案，最终确定引物比例、循环数和反应组分是提高单链 DNA 产量和纯度的关键因素。
🧬 biology
Simulation-Based Evaluation of Clustering Performance and Allele Frequency Classification in Spatially Structured Populations
本研究评估了各种基于模型和基于图的聚类算法在不同空间及预处理条件下的性能，旨在为准确推断基因组数据集中的群体结构和等位基因频率提供实践指导。
🧬 biology
BEAM-1: A Biophysics-Informed Multiscale Mathematical Framework for CNS Pharmaceutical Permeability
本文介绍了 BEAM-1，这是一个结合了菲克定律（Fick's laws）和爱因斯坦-史托克斯定律（Einstein-Stokes laws）的生物物理启发式多尺度数学框架，用于预测并对 25 种中枢神经系统（CNS）药物的血脑屏障通透性进行排序，成功地将左旋多巴（Levodopa）和替莫唑胺（Temozolomide）识别为通透性最高的药物，同时为传统的体外测试提供了一种具有成本效益的替代方案。
🧬 biology
Integrated Bioinformatics Characterization of the Hypothetical Protein RvY_05612 from Ramazzottius varieornatus
本研究采用整合生物信息学方法对来自变色缓步动物（*Ramazzottius varieornatus*）的假定蛋白 RvY_05612 进行表征，将其鉴定为一种由 98 个氨基酸组成、具碱性、定位在内质网的 Sec61β 家族跨膜蛋白，且可能促进细胞内蛋白质运输。
🧬 biology
Coordinated suppression of photosynthesis and nitrogen acquisition underlies Citrus bark cracking viroid stunting in hop
这项研究表明，柑橘皮裂病毒诱发的啤酒花矮缩是由光合作用与氮素吸收持续且协同的抑制所驱动的，这种抑制始于春季并导致不可逆的生物量损失，而非由占主导地位的免疫信号反应所驱动。
🧬 biology
A Virtual Doctor for ADHD Based on Fully Automated EEG Reading
本研究介绍了一种全自动的“虚拟医生”，它利用深度学习流水线来识别传统统计方法所忽略的（特别是 150-300 毫秒窗口内的）具有诊断意义的神经生理模式，从而在无需专家干预的情况下，通过标准的 128 通道脑电图（EEG）记录对 ADHD 进行诊断，进而消除了脑电图解读中人类专家的瓶颈。
🧬 biology
Machine learning-assisted SHG morphometry reveals distinct collagen microarchitectures of trabecular bone and fibrosis in bone marrow biopsies
本研究建立了一种可重复的机器学习辅助 SHG 显微成像工作流，该工作流揭示了骨髓活检中纤维化与小梁骨之间截然不同的胶原微结构，并证明了特定的注释策略对于组织重塑的准确定量形态测量分析至关重要。
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Evolution of the SARS-CoV-2 main protease under fitness constraints imposed by folding stability and activity
这项研究表明，自奥密克戎时代以来，SARS-CoV-2主蛋白酶（Mpro）受结构和功能需求的限制而保持了进化上的约束，从而保留了其底物识别能力，并支持了其作为一种稳健、长期抗病毒靶点的可行性。