🧬 biology
Extremophilic Adaptations Across the Archaeal Domain Are Governed by Lineage Clustering
本研究表明，古菌极端嗜性特征（如嗜盐性和产甲烷作用）之间表象上的不相容性，主要是由于谱系聚类和系统发育伪重复所导致的伪像，而非内在的生化限制，这一点已通过在利用经过系统发育校正的方法进行分析时，这些适应性特征在非盐杆菌纲谱系中频繁共现得到了证实。
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q-bio
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🧬 biology
GPCR mechanical pivots are packed closer to the membrane center than pivots in other polytopic membrane protein folds
这项研究表明，由最紧密局部原子堆积所定义的 G 蛋白偶联受体（GPCR）机械枢轴点，比其他多拓扑膜蛋白折叠的枢轴点更显著地靠近膜中心，这表明这种中心位置定位是 GPCR 超家族的一个独特特征，而非跨膜束的普遍属性。
🧬 biology
Drosophila Nepl15 controls glycogen and lipid storage by modulating insulin signaling
本研究确定了 *Nepl15* 是黑腹果蝇中调节糖原和脂质储存的关键性别特异性调节因子，其通过减弱受体下游的胰岛素信号传导发挥作用，从而将细胞内代谢途径与营养稳态联系起来，且该过程独立于食物摄入。
🧬 biology
Plastid codon evolution tracks phylogeny and reveals conserved CpG and TpA depletion in Platycerium
本研究表明，天鹅绒蕨属（*Platycerium*）质体密码子的演化是由广泛的系统发育历史与精细的序列约束共同塑造的，具体表现为在十八个物种的密码子边界处观察到保守的 CpG 和 TpA 缺失。
🧬 biology
MicroSC: A Tiny, Performant Single-Cell Foundation Model
本文介绍了 MicroSC，这是一个由微型、高性能单细胞基础模型（参数量为 1.5M–7.7M）组成的家族，通过高效的知识蒸馏，实现了与拥有 51M 参数的更大规模教师模型（如 scGPT）近乎相当的性能，从而能够在普通硬件上实现快速、低成本的部署，同时也证明了当前单细胞模型的实际效用是高度可压缩的。
🧬 biology
Differentiable subset binding: gradient-based cross-view itemset mining for heterogeneous data
本文介绍了可微子集绑定（Differentiable Subset Binding, DSB），这是一种可扩展的基于梯度的算法，它克服了传统基于 Apriori 的子集绑定的组合限制，能够高效地识别跨异构数据视图的最大共现项集，并在合成基准测试和真实生物应用中均优于现有基准方法。
🧬 biology
Automatic clustering of self-defined groups to minimize false disease associations and maximize within-group genetic similarity
本文介绍了 HAPLOCLUST，这是一种受规模限制的群体水平聚类方法，它根据 HLA 遗传相似性对个体进行分组，以最大限度地减少虚假疾病关联并最大化组内同质性，从而为改进移植匹配和遗传研究提供了一种替代自我报告种族分类的稳健方案。
🧬 biology
Generating and navigating single cell dynamics via a geodesic bridge between nonlinear transcriptional and linear latent manifolds
GeoBridge 是一个新颖的框架，它将细胞动力学建模为学习到的黎曼度量空间中的测地线轨迹，从而实现从稀疏、非配对的单细胞 RNA 测序数据中重建连续且具有噪声鲁棒性的转录程序，并实现不同细胞状态之间的受控导航。
🧬 biology
Sex-Specific Exploration Patterns and Noradrenergic Modulation in Object Recognition Memory: Role of the Perirhinal Cortex
本研究表明，通过周皮质中的 β2-肾上腺素受体对物体识别记忆进行的去甲肾上腺素能调节，通过基于熟悉度的机制促进了雌性小鼠的记忆形成，而雄性则表现出截然不同的、依赖于刺激的反应，从而突显了记忆神经基础中关键的性别差异。
🧬 biology
Empirical substitution models of SARS-CoV-2 protein evolution for phylogenetic inference
本研究开发并验证了专门针对 SARS-CoV-2 蛋白质的新型经验替代模型，证明了与现有的通用模型相比，这些模型能够产生更准确的系统发育推断和更具生物学真实性的进化预测。