301 ورقة بحثية
تُظهر هذه الدراسة أن مركب PI(3,4,5)P3 الفجوي في الخميرة، والذي يتم تصنيعه بواسطة Vps34، ضروري لاندماج الفجوات من خلال تنسيق تجميع القمة والاحتفاظ ببروتين SNARE المسمى Vam7 لتسهيل اقتران trans-SNARE.
تحدد هذه الدراسة وتُوصّف بروتيناً مرتبطاً بالتجرثم لم يُصنف سابقاً في بكتيريا *Clostridium pasteurianum* بوصفه إنزيم "فيريدوكسين-NADP+ ريدوكتاز" وظيفياً، كاشفةً عن سماته الهيكلية الفريدة، وكفاءته التحفيزية المنخفضة، ودوره المحتمل في تنظيم الأكسدة والاختزال أثناء تكوين الأبواغ من خلال تحليلات بيو-معلوماتية وحركية وهيكلية مشتركة.
تكشف هذه الدراسة عن الآلية الهيكلية التي يثبط بها بروتين روبيكونكون (Rubicon) بشكل انتقائي معقد (PI3KC3-C2) من خلال تغيير تشكلي في نطاق (BARA) الخاص ببروتين (BECN1) ناتج عن بروتين (UVRAG)، مما يثبت أن تعطيل هذا التفاعل المحدد كافٍ لاستعادة وظائف الالتهام الذاتي والوظيفة الليزوزومية إلى مستويات مماثلة لحذف جين روبيكون.
تقدم هذه الورقة أول تنفيذ لنموذج الديناميكا الجزيئية المعززة بـ "غوسيان" (GaMD) المدعوم بوحدات معالجة الرسومات (GPU) في إصدار GROMACS 2025.4، مما يثبت فعاليتها في تعزيز أخذ العينات لطي البروتين وارتباط اللجين من خلال الاسترداد الناجح للطاقة الحرة عبر أربعة أنظمة مرجعية دون الحاجة إلى متغيرات جمعية محددة مسبقاً.
تُظهر هذه الدراسة أن الصعوبة في هندسة أنظمة نسخية قوية قابلة للكبح المشترك مقارنة بالأنظمة القابلة للاستحثاث تنبع من قيود ثرموديناميكية جوهرية على آفاق الطاقة الحرة الخيفية، مما يشير إلى أن السقالات الطبيعية القابلة للكبح المشترك مثل PurR توفر أسساً متفوقة لإنشاء منظمات منشطة بالرابط.
تُوصّف هذه الدراسة الآليات الوظيفية لبروتينات STIM و ORAI في بكتيريا (Schistosoma mansoni)، حيث تُثبت أدوارها المحفوظة في إشارات الكالسيوم مع تحديد الاختلافات الهيكلية والداروائية المحددة عن نظائرها البشرية والتي يمكن استغلالها للاستهداف العلاجي الانتقائي.
تقدم هذه الدراسة "NanoPilot"، وهو منصة بروتينية اندماجية معيارية تعمل على التثبيط التنافسي لامتصاص الكبد للجسيمات النانوية الدهنية بوساطة البروتين الدهني (ApoE) لتمكين التوصيل الفعال للعلاجات الجينية خارج الكبد وبشكل محدد للخلايا.
تكشف هذه الدراسة عن بنية المجهر الإلكتروني بالتبريد (cryo-EM) لمعقد حلقة غاما-توبولين (-tubulin) في دودة *C. elegans*، موضحةً كيف يحل تجميع وحدات فرعية فريد ذو أربعة أذرع محل مكونات محفوظة ليكون نموذجاً للأنابيب الدقيقة غير التقليدية ذات الـ 11 بروتوفيلامنت، مع الاحتفاظ بالقدرة على تكوين بنيات متماثلة ذات 13 جانباً في المختبر.
تُظهر هذه الدراسة أن المثبط فوق الجيني SP2509 يمكن تحويله إلى مؤقت بصري لمصير الخلية من خلال استغلال مفتاح "أورثو-هيدروكسي أسيل هيدرازون" الكامن فيه، مما يسمح بتعديل عكسي محكوم بالضوء لنشاط إنزيم LSD1 لتنظيم العمليات المعتمدة على الكروماتين بدقة مثل الشيخوخة وموت الخلايا المبرمج.
تقدم هذه الورقة نموذجاً قائماً على الحركية يفسر دقة تضاعف الحمض النووي (DNA) المعتمدة على التسلسل من خلال الجمع بين الديناميكا الحرارية لتراص الجيران الأقرب واللاتماثل الحركي الاتجاهي، متنبئاً بنجاح بأطياف الطفرات التجريبية وكاشفاً عن اعتماد غير رتيب على درجة الحرارة.