398 ورقة بحثية
يقدم المؤلفون تقنية KAS-CUT&Tag، وهي طريقة مبتكرة تجمع بين وسم N3-kethoxal وتقنية CUT&Tag لرسم خرائط فقاعات النسخ لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي الثاني (RNA Polymerase II) مباشرة داخل الجسم الحي، مما يكشف عن توزيعها المتميز عبر الجينات وإثرائها النوعي في جينات الهيستون المعتمدة على التضاعف.
تقدم هذه الورقة SelHap، وهو مسار عمل قائم على النمط الفرداني يعمل على ترتيب الجينومات حسب الأولوية للتوسع التكراري للجينوم الشامل عبر استهداف المحتوى التسلسلي الجديد صراحةً بالنسبة لخلفية موجودة مسبقاً، مما يعظم إضافة المعلومات الوراثية غير المتكررة بشكل أكثر فعالية من الاستراتيجيات الحالية القائمة على التنوع.
تُظهر هذه الدراسة أن الاعتماد حصرياً على تشابه التسلسل لتحديد عائلات جينات البان-جينوم (pangenome) يُدخل تحيزات كبيرة في الاستنتاجات التطورية، وتوصي باستراتيجية مكونة من خطوتين تجمع بين التناظر القائم على الرسوم البيانية وتحسين التسلسل لضمان دقة النتائج.
تُظهر هذه الدراسة أن نموذج الذكاء الاصطناعي Evo 2 يحقق دقة عالية في التنبؤ بإمراضية المتغيرات المرتبطة باعتلال عضلة القلب، ويوضح آلياتها الجزيئية الكامنة من خلال تحديد السمات الهيكلية الرئيسية وزخارف ربط عوامل النسخ، مما يقدم أداة واعدة لحل المتغيرات ذات الأهمية غير المحددة في الوراثة القلبية الوعائية.
تستخدم هذه الدراسة أداة VAST-TOOLS لتكشف أن خلل تنظيم عملية تضفير الميكرو-إكسونات (microexon splicing) في الأنسجة البشرية المحيطية (الكبد، والرئة، والكلى، والقولون) يعمل كعلامة على انهيار أوسع في التوازن الداخلي لعملية التضفير الخلوي بدلاً من كونه مسبباً رئيسياً للمرض، مما يؤدي في النهاية إلى تقويض شبكات التفاعل البروتيني والمساهمة في الأنماط الظاهرية للأمراض المزمنة.
تقدم هذه الورقة نموذجاً جينياً لـلأرثولوج الخاص بـ *Lst8* في ذبابة *Drosophila yakuba*، والذي تم توصيفه كجزء من مشروع شراكة التعليم الجينومي لدراسة تطور مسار إشارات الأنسولين/عامل النمو الشبيه بالأنسولين عبر جنس *Drosophila*.
تستعرض هذه المراجعة تطور علم الجينوم الفطري على مدى العقود الثلاثة الماضية، مع تسليط الضوء على كيفية تحسين تقنية تسلسل القراءة الطويلة لجودة التجميع، وتحديد الفجوات التصنيفية المستمرة، ورسم الأولويات الرئيسية لتحقيق موارد جينومية شاملة وعالية الجودة عبر المملكة الفطرية.
تستخدم هذه الدراسة التنميط النسخي وتنميط الميكروبيوم المخاطي المقترن من الأنسجة المعوية غير الملتهبة لمرضى داء كرون للكشف عن أنه بينما تقود المسارات المناعية ومسارات الحاجز الارتباطات بين المضيف والميكروبيوم على مستوى الأمعاء، فإن اللفائفي النهائي يظهر تفاعلات متميزة خاصة بالمنطقة تشمل مسارات التمثيل الغذائي وصيانة الحاجز لا تُلاحظ في الأمعاء الغليظة.
تُنشئ هذه الدراسة أطلساً جينومياً للنسخ الخلوي أحادي الخلية متماثل المنشأ لأربعة عشر طفرة من طفرات مرض باركنسون العائلي للكشف عن كيفية التقاء العيوب الجينية المتنوعة في مسارات الميتوكوندريا، والجسيمات الداخلية الليزوزومية، والحديدية (ferroptosis) لدفع التحلل الانتقائي لعصبونات الدوبامين، مما يربط بين آليات المرض أحادي الجين والارتباطات العشوائية.
تستخدم هذه الدراسة تحليلاً تلوياً لـ 13 مجموعة من الأتراب مع فك التداخل بين أنواع الخلايا للكشف عن بصمات متميزة لمثيلة الحمض النووي في الخلايا الدبقية، حيث حددت التغيرات المرتبطة بالعمر بشكل أساسي في الخلايا النجمية في القشرة الجبهية الأمامية، والتغيرات النوعية لمرض ألزهايمر في الخلايا الدبقية قليلة التغصن في القشرة الشمية الداخلية.