398 ورقة بحثية
تكشف هذه الدراسة عن الوفرة والتنوع غير المسبوقين للفيروسات الآكلة للفيروسات (virophages) والفيروسات الشبيهة بالبولينتون (Polinton-like viruses) داخل جينوم الأوليات محبة الملوحة من نوع *Halocafeteria seosinensis*، مما يسلط الضوء على تبادلها الجيني المعقد، والتطفل الفائق بواسطة العناصر المتحركة، ومساهمتها الكبيرة في المشهد الجينومي للمضيف.
باستخدام تسلسل القراءات الطويلة وبيانات Omni-C، تحل هذه الدراسة التاريخ التطوري المعقد لزهرة الداليا المستزرعة من خلال تجميع جينوم رباعي الصيغة الصبغية لـ *Dahlia variabilis* 'Edna C' وتحديدها كجينوم رباعي الصيغة الصبغية جزئي مع وجود سمات لكل من التضاعف الصبغي الذاتي والخلوي.
تكشف هذه الدراسة أن بروتين الالتهام الذاتي Atg8/LC3 ينظم البرامج النسخية المستجيبة للإجهاد في كل من المناعة والتمثيل الغذائي عبر التفاعل المباشر مع عامل النسخ NF-κB المعروف باسم Dif من خلال زوائد محفوظة لتنظيم تراكمه النووي وإشغاله للكروماتين، مما يمكّن الخلايا من تنسيق الدفاع والتكيف الأيضي أثناء العدوى وفائض العناصر الغذائية.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل PRISMA، وهو إطار عمل جديد قائم على الموتّرات (tensor-based) يعمل على تفكيك إشارات دراسات الارتباط الجينومي الكامل (GWAS) للأمراض المعقدة إلى مسارات جينية محددة بالأنسجة من خلال دمج الإحصاءات الملخصة مع بيانات التعبير الجيني الكمي (eQTL) متعددة الأنسجة، مما كشف بنجاح عن محاور وعائية ومناعية وتنكس عصبي متميزة في اعتلال الشبكية السكري تعجز الطرق التقليدية عن رصدها.
تقدم هذه الدراسة مورداً شاملاً متعدد الأوميات، يتضمن بيانات تسلسل الجينوم الكامل، والبروتيوميات، والأيضيات من ثلاثة أجناس من المرجان في أتول أوليثي، للتحقيق في الآليات الجزيئية التي تؤثر بها الاضطرابات البشرية على صحة المرجان وقدرته على الصمود.
تُظهر هذه الدراسة أن مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) القياسية المخصبة بـ polyA يمكن إعادة توظيفها لتوصيف المجتمعات الفطرية النشطة أيضياً في الفيلوسفير كمياً، مما يكشف عن تحكم وراثي واسع النطاق ومنظم بيولوجياً من جانب المضيف على هذه التجمعات الميكروبية عبر أنواع متعددة من المحاصيل.
تُظهر هذه الدراسة أن التعلم النشط يحسن بشكل كبير من كفاءة البيانات لنماذج التسلسل إلى التعبير من خلال تحديد التسلسلات ذات المعلومات المتميزة ببصمات بيولوجية فريدة، مما يجعله أداة عملية للتحسين التكراري في حلقة المختبر والنموذج.
تُصنف هذه الدراسة بشكل منهجي الندوب الجينومية الناتجة عن عملية الربط الطرفي البديل والارتباط بالخيط المفرد عبر 2,157 ورماً، كاشفةً أنه في حين يُعد الربط الطرفي البديل هو آلية الإصلاح الاحتياطية السائدة في السرطانات التي تعاني من نقص إعادة التركيب المتماثل، فإن كلا المسارين يكونان نشطين بما يتجاوز نقص إعادة التركيب المتماثل ويتم تشكيلهما بواسطة سياقات جينومية ونسخية محلية متميزة.
تقدم الورقة البحثية "Carbon"، وهي عائلة من نماذج لغة الحمض النووي (DNA) التوليدية ذات الكفاءة والمكيفة خصيصاً للمجال، والتي تستخدم ترميز الـ 6-mer غير المتداخل وأهداف تدريب متخصصة لتحقيق أداء تنافسي واستدلال أسرع بكثير مقارنة بالنماذج الجينومية واسعة النطاق الحالية، مما يثبت أهمية مواءمة تصميم النموذج مع الخصائص الإحصائية والبيولوجية الفريدة للحمض النووي.
يتنبأ نموذج WaveSeekerNet بدقة بالأصول المضيفة لفيروس الإنفلونزا أ ويكشف عن أنماط تكيف جينومي متميزة بين المضيفين الطيور والثدييات، مما يقدم إطاراً كمياً لتقييم مخاطر انتقال الأمراض من الحيوان إلى الإنسان وتحديد الطفرات التكيفية الرئيسية.