Bioprospecting cultivable microorganisms from the Pantanal reveals taxonomic and functional enzymatic diversity
تستكشف هذه الدراسة حيوياً البكتيريا والفطريات والخمائر القابلة للاستزراع من أراضي البانتانال الرطبة، مما يكشف عن تنوع تصنيفي وإنزيمي وظيفي كبير إلى جانب تحديد سلالات بكتيرية جديدة ذات تطبيقات تقنية حيوية محتملة.
المؤلفون الأصليون:Maria L. L. Motta, Gisele M. Martins, Bruno C. S. Coelho, Karenn G. F. Bastos, Diego C. Vasconcelos, Leandro Conceição, Layssa A. Okamura, Desireé S. Silva, Jéssica C. Medina-Gallardo, Kamila S. Gomes
المؤلفون الأصليون: Maria L. L. Motta, Gisele M. Martins, Bruno C. S. Coelho, Karenn G. F. Bastos, Diego C. Vasconcelos, Leandro Conceição, Layssa A. Okamura, Desireé S. Silva, Jéssica C. Medina-Gallardo, Kamila S. Gomes
تعد منطقة البانتانال عبارة عن أرض رطبة شاسعة ومتغيرة في قلب أمريكا الجنوبية، وهي مكان تتبادل فيه المياه واليابسة الأدوار باستمرار. فخلال موسم الأمطار، تغمر المياه مساحات هائلة، مما يربط الأنهار والبحيرات ببعضها؛ وخلال موسم الجفاف، ينحسر الماء، تاركاً وراءه بركاً وتربة رطبة وجذوراً مكشوفة. وتخلق هذه الدورة فسيفساء من البيئات، من المياه العذبة إلى البحيرات المالحة، ومن الغابات الكثيفة إلى الأراضي العشبية الجافة. وفي كل ركن من أركان هذا المشهد الطبيعي، تزدهر الحياة المجهرية. هذه الكائنات غير المرئية، بما في ذلك البكتيريا والفطريات، هي معيد تدوير الطبيعة؛ فهي تنتج أدوات خاصة تسمى الإنزيمات التي تعمل على تفكيك المواد المعقدة مثل الخشب والبروتينات والدهون إلى عناصر غذائية أبسط. وقد اشتبه العلماء منذ فترة طويلة في أن مثل هذه البيئات المتنوعة قد تحتضن ميكروبات فريدة قادرة على إنتاج إنزيمات قوية مفيدة للصناعة البشرية، مثل تنظيف التلوث أو معالجة النفايات. ومع ذلك، لا تزال منطقة البانتانال غير مستكشفة إلى حد كبير في هذا الصدد، ولا تزال أنواع الميكروبات التي تعيش هناك، إلى جانب الأدوات الكيميائية التي تحملها، لغزاً.
وللكشف عما يكمن تحت سطح هذه الأرض الرطبة، سافر فريق من الباحثين إلى عشرة مواقع مختلفة عبر البانتانال في نوفمبر 2025، خلال موسم الجفاف. قاموا بجمع عينات من الماء، والتربة، وجذور النباتات، وتلال النمل الأبيض، وحتى فضلات الحيوانات. وعند عودتهم إلى المختبر، قاموا باستزراع هذه العينات بعناية لنمو الميكروبات الحية التي يمكنها البقاء في أطباقهم. ومن خلال هذه الجهود، نجحوا في عزل 122 سلالة متميزة من الكائنات الدقيقة. وقد هيمنت البكتيريا على هذه المجموعة، حيث شكلت ما يقرب من 60 بالمائة من الإجمالي، تليها الفطريات الخيطية، وهي الكائنات الشبيهة بالعفن التي تنمو غالباً على الخشب المتحلل، وعدد قليل من الخمائر. مثلت هذه العينات الـ 122 51 مجموعة تصنيفية مختلفة، مما يعني أن الباحثين وجدوا تنوعاً واسعاً من أنواع الحياة المتميزة، بما في ذلك أجناس شائعة مثل Bacilus وPenicillium، بالإضافة إلى أجناس أخرى أقل شهرة.
بمجرد نمو الميكروبات، وضعها الباحثون لتعمل لمعرفة أنواع الإنزيمات التي يمكنها إنتاجها. واختبروا كل سلالة معزولة بحثاً عن سبعة أنواع مختلفة من النشاط الإنزيمي، حيث بحثوا عن القدرة على تفكيك البروتينات، والدهون، والنشويات، والألياف النباتية، وغيرها من المواد. وكشفت النتائج عن تنوع وظيفي غني. فبينما كانت القدرة على تفكيك البروتينات هي الأكثر شيوعاً بين البكتيريا، حيث وُجدت في أكثر من 70 بالمائة من السلالات المعزولة، كانت الفطريات بارعة بشكل خاص في تفكيك الألياف النباتية، إذ أظهرت كل سلالة فطرية معزولة القدرة على تفكيك السليلوز. وكانت بعض الميكروبات "عامة"، قادرة على أداء مهام متعددة؛ فعلى سبيل المثال، استطاعت بعض السلالات البكتيرية تفكيك خمسة أنواع مختلفة من المواد، بينما استطاعت بعض الفطريات التعامل مع ستة أنواع. كما بحث الباحثون أيضاً عن ارتباطات محددة، مثل ما إذا كانت الميكروبات القادمة من تلال النمل الأبيض أفضل في تفكيك الخشب، أو ما إذا كانت تلك القادمة من الماء أفضل في هضم البروتينات. وبينما ظهرت بعض الاتجاهات، مثل ارتفاع وتيرة نشاط تفكيك السليلوز في عينات النمل الأبيض، إلا أن هذه الأنماط لم تكن قوية بما يكفي لاعتبارها ذات دلالة إحصائية بعد الاختبارات الصارمة. وهذا يشير إلى أن القدرة على إنتاج إنزيم معين لا ترتبط ارتباطاً وثيقاً بمكان وجود الميكروب، بل تعتمد على التركيبة الجينية الفريدة لكل سلالة.
كما كشفت الدراسة عن بعض السلالات الميكروبية المثيرة للاهتمام بشكل خاص. فمن خلال التحليل الجيني، حدد الباحثون ثلاث سلالات بكتيرية لم تتناسب بدقة مع فئات الأنواع المعروفة. إحداها كانت مرتبطة بجنس Rothia ولكنها كانت متميزة بما يكفي لتمثل سلالة جديدة محتملة. وأخرى وُجدت ضمن مجموعة Pseudomonas ولكنها ظلت غير محددة على مستوى النوع. أما السلالة الثالثة فكانت تنتمي إلى مجموعة من البكتيريا تسمى Enterobacterales، لكنها كانت مختلفة جداً عن أقرب أقربائها المعروفة لدرجة أنها قد تمثل فرعاً جديداً تماماً في شجرة الحياة. وتبرز هذه النتائج أن البانتال لا يحتوي فقط على تنوع من الكائنات المعروفة، بل أيضاً على أنواع جديدة محتملة لم يتم وصفها بالكامل بعد.
خلص الباحثون إلى أن البانتال هو كنز دفين من التنوع الميكريوبي، حيث يوفر مجموعة واسعة من الأدوات البيولوجية التي يمكن أن تكون مفيدة للتكنولوجيا الحيوية. وحقيقة أن العديد من هذه الميكروبات يمكنها أداء مهام إنزيمية متعددة تجعلها قيمة بشكل خاص للعمليات الصناعية المعقدة. ومع ذلك، أشارت الدراسة أيضاً إلى وجود قيد: نظرًا لأنهم قاموا فقط بزراعة الميكروبات التي يمكنها البقاء في ظروف مختبرهم المحددة، فمن المحتمل أنهم فاتهم الكثير من غيرها التي توجد في البرية ولكن لا يمكن استزراعها بسهولة. وبالرغم من ذلك، فإن استعادة 122 سلالة متنوعة مع 37 ملفاً تعريفياً إنزيمياً مختلفاً يوفر أساساً متيناً لمزيد من الاستكشاف في المستقبل. وتشير الدراسة إلى أن مزيج البيئات الفريد في البانتال قد عزز مجتمعاً ميكروبياً مرناً ومتعدد الاستخدامات، وهو مجتمع بدأ للتو في الكشف عن إمكاناته لحل مشكلات العالم الحقيقي.
ملخص تقني: التنقيب الحيوي عن الكائنات الحية الدقيقة القابلة للاستزراع من منطقة البانتانال
بيان المشكلة تتمتع منطقة البانتانال، وهي أكبر الأراضي الرطبة المدارية في العالم، بتنوع بيولوجي عالٍ مدفوع بديناميكيات هيدرولوجية معقدة وبيئات متباينة، تشمل البحيرات المالحة، والمراعي المغمورة موسمياً، وتشكيلات غابية متنوعة. ورغم هذا الثراء الإيكولوجي، لا يزال التنوع الميكروبي القابل للاستزراع في البانتانال غير مستكشف بشكل كافٍ للتطبيقات التقنية الحيوية. قدمت الدراسات السابقة توصيفات جزئية فقط للإمكانات الإنزيمية للكائنات الدقيقة في هذه المنطقة، حيث كانت تفتقر غالباً إلى الفحص المتزامن لمجموعات ميكروبية متعددة (بكتيريا، فطريات خيطية، وخمائر) ضد طيف واسع من الأنشطة الإنزيمية. هناك حاجة لتقييم شامل للتنوع التصنيفي والوظيفي للكائنات الدقيقة القابلة للاستزراع من هذا المنطقة الحيوية لتحديد الموارد التقنية الحيوية الجديدة.
المنهجية استخدمت الدراسة نهج التنقيب الحيوي المعتمد على الاستزراع لعزل وتوصيف الكائنات الدقيقة من 10 مواقع أخذ عينات متميزة في منطقة ماتو غروسو دو سول في البانتانال، البرازيل. تمت عملية أخذ العينات خلال الموسم الجاف (نوفمبر 2025) لالتقاط الكائنات الدقيقة المتكيفة مع الظروف الفيزيوكيميائية المتباينة.
جمع العينات: شملت العينات البيئية المياه، وأنواعاً مختلفة من التربة (جافة، متوسطة، رطبة، ورملية)، وأسطح النباتات/الجذور، والأشنات، وعينات وعشاش النمل الأبيض، والفضلات البقرية، والخشب المتحلل/الفطريات.
العزل: تم عزل الكائنات الدقيقة عبر التخفيف المتسلسل. استُزرعت البكتيريا على آغار لوريا-بيرتاني (LB) المدعم بالنيستاتين، بينما استُزرعت الفطريات الخيطية والخمائر على آغار بطاطس ديكستروز (PDA) المدعم بالكانامايسين. تم الحصول على مستنبتات نقية من خلال الاستزراع الفرعي.
التحديد التصنيفي: تم تحديد العزلات عبر تسلسل سانجر. استخدم تحديد البكتيريا جين 16S rRNA، مع تسلسل إضافي لـ rpoB و gyrB للعزلات المحددة التي تتطلب دقة أعلى. استخدم تحديد الفطريات والخمائر منطقة الفاصل النسخي الداخلي (ITS). أُجري التحليل التطوري لبعض العزلات البكتيرية التي أظهرت هوية تسلسل منخفضة (<98.65%) مع السلالات النموذجية المعروفة أو نتائج بلاست (BLAST) غامضة.
الفحص الإنزيمي: تم فحص ما مجموعه 122 عزلة نوعياً لسبعة أنشطة إنزيمية خارجية باستخدام اختبارات تعتمد على الآغار: اليورياز، البروتياز، الليباز، اللاكاز، الأميلاز، السليولاز، والكيتيناز. تم تحديد التفاعلات الإيجابية من خلال تكوين الهالة، أو الترسيب، أو تغير الألوان.
التحليل الإحصائي: تم قياس التنوع التصنيفي بين العزلات الإيجابية للإنزيمات باستخدام مؤشر شانون-وينر (H′). كما تم تقييم الارتباطات بين الأنشطة الإنزيمية وبين أصل العينات والأنشطة باستخدام جداول توافق 2 × 2، واختبار فيشر الدقيق، ومعامل فاي (ϕ)، مع تصحيح الاختبارات المتعددة عبر إجراء بنجاميني-هوتشبيرج.
النتائج الرئيسية
استعادة العزلات: تم استعادة ما مجموعه 122 عزلة قابلة للاستزراع، تتكون من 73 بكتيريا (59.8%)، و46 فطراً خيطياً (37.7%)، و3 خمائر (2.5%). مثلت هذه العزلات 51 مجموعة تصنيفية متميزة. كانت الأجناس الأكثر تكراراً هي Penicillium (9.8%)، وBacillus (9.0%)، وPriestia (8.2%).
الملفات الإنزيمية: حددت الدراسة 37 ملفاً إنزيمياً ثنائياً متميزاً.
البكتيريا: كان نشاط البروتياز هو الأكثر تكراراً (71.2%)، يليه اليورياز (47.9%) والأميلاز (46.6%). تم اكتشاف الكيتيناز في 5 عزلات بكتيرية فقط (6.8%) وكان غائباً في الفطريات والخمائر.
الفطريات الخيطية: أظهرت جميع العزلات (100%) نشاط السليولاز. كما كان اليورياز (69.6%) والأميلاز (67.4%) منتشرين بشكل كبير أيضاً.
الخمائر: كان النشاط محدوداً، حيث أظهرت عزلة واحدة فقط نشاط اليورياز.
القدرة متعددة الإنزيمات: أظهرت الفطريات الخيطية قدرة أعلى في تعدد الإنزيمات مقارنة بالبكتيريا، بمتوسط ثلاثة أنشطة إيجابية لكل عزلة مقابل اثنين للبكتيريا. ومن الجدير بالذكر أن عزلات Aspergillus قسم Terrei و Fusarium sp. كانت إيجابية لستة من أصل سبعة أنشطة.
التنوع التصنيفي: تراوح مؤشر تنوع شانون-وينر (H′) للعزلات الإيجابية للإنزيمات من 0 إلى 2.86. لوحظ أعلى تنوع في العزلات الإيجابية للبروتياز من التربة (H′=2.86) والعزلات الإيجابية لليورياز من عينات النبات/الجذور (H′=2.73).
الارتباطات: وُجدت ارتباطات إيجابية معنوية بين أزواج إنزيمية محددة: بروتياز-ليباز، ولاكاز-أميلاز، وبروتياز-أميلاز. لم يتبق أي ارتباط معنوي بين أصل العينة والأنشطة الإنزيمية المحددة بعد تصحيح الاختبارات المتعددة، مما يشير إلى أن أصل العينة وحده لا يتنبأ بالقدرة الإنزيمية.
الرؤى التطورية: سلط التحليل التطوري الضوء على ثلاث سلالات بكتيرية ذات أهمية:
P_1.1_002 (ضمن Rothia): أظهرت هوية بنسبة 97.44% مع Rothia aerolata ولكنها شكلت فرعاً شقيقاً مدعوماً جيداً، مما يشير إلى سلالة متميزة.
P_13.1_002 (ضمن Pseudomonas): وضعت في فرع مدعوم بقوة ولكن مع موقع غير محدد على مستوى النوع بالنسبة لـ Pseudomonas panipatensis.
P_10.3_001 (ضمن Enterobacterales): أظهرت هوية أقل من 98% مع أقرب السلالات النموذجية وافتقرت إلى انتماء قوي لأي جنس معروف، مما يشير إلى سلالة قد تكون جديدة.
الأهمية والادعاءات تدعي الورقة أن البانتانال تضم جزءاً ميكروبياً قابلاً للاستزراع متنوعاً يتمتع بتغاير وظيفي كبير، مما يعزز إمكانات المنطقة الحيوية كمصدر للكائنات الدقيقة ذات الصلة بالتقنية الحيوية. توضح الدراسة أن التنقيب الحيي المعتمد على الاستزراع يمكن أن يستعيد عزلات ذات ملفات تصنيفية وإنزيمية متميزة، بما في ذلك الأنماط الظاهرية متعددة الإنزيمات التي تعد قيمة لتطبيقات المصفوفات المعقدة مثل معالجة النفايات أو المعالجة الحيوية.
يؤكد المؤلفون أن العزلات المستردة تمثل "الجزء القابل للاستزراع" تحت ظروف تجريبية محددة وليس المجتمع الميكروبي الكامل. ويشيرون إلى أنه بينما تطابقت بعض الأنواع إيكولوجياً مع مواقع أخذ العينات (مثل الأنواع المتحملة للملوحة في البحيرات المالحة)، فإن عدم وجود ارتباط إحصائي معنوي بين أصل العينة والنشاط الإنزيمي يشير إلى أن التنوع الوظيفي مدفوع بمزيج من التركيب التصنيفي، والتباين على مستوى السلالة، والفيزيولوجيا الخاصة بكل عزلة بدلاً من الأصل البيئي وحده.
إن تحديد العزلات ذات الأنشطة الإنزيمية الموثقة بشكل ضعيف (مثل اللاكاز في Glutamicibacter endophyticus) وتلك ذات التشابه التسلسلي المنخفض مع السلالات النموذجية المعروفة يدعم منح الأولوية لهذه السلالات لعمليات التوصيف التصنيفي والكيميائي الحيوي والتقني الحيوي في المستقبل. وتخلص الدراسة إلى أن التنقيب الحيي على مستوى السلالة أمر ضروري، حيث يمكن أن تُظهر الكائنات الدقيقة من نفس النوع قدرات إنزيمية متميزة، مما يوسع إمكانات اكتشاف أنماط ظاهرية جديدة.