EnzySeek: Efficient Exploration of Enzyme Reaction Pathways Using AI Agents

EnzySeek ist ein auf Large Language Models und Agenten-Technologie basierendes KI-System, das durch die Integration einer domänenspezifischen Wissensdatenbank, benutzerdefinierter MCP-Schnittstellen und einer menschlichen Validierungsschleife den gesamten Workflow der Enzymkatalyse-Simulation – von der Strukturvorhersage bis hin zu effizienten QM/MM-Berechnungen mit GFN2-xTB – automatisiert und kontinuierlich optimiert.

Kang, X., Yu, T., Xu, K. + 2 more2026-03-02⚗️ biochemistry

Serum Bile Acid Dysregulation in Polycystic Ovary Syndrome: Quantitative Insights from Mass Spectrometry-Based Profiling

Die Studie zeigt, dass Frauen mit dem polyzystischen Ovarialsyndrom (PCOS) signifikante Störungen im Gallensäurestoffwechsel aufweisen, die durch Massenspektrometrie identifiziert wurden und auf eine verknüpfte Dysregulation von Leberfunktion, Konjugation und Darmmikrobiota hinweisen, welche endokrine und metabolische Fehlfunktionen bei PCOS widerspiegeln.

Patel, J., Chaudhary, H., Panchal, S. + 2 more2026-03-01⚗️ biochemistry

Nitro Reduction-Based RNA Control and Ultrafast Release

Diese Studie stellt eine einfache, redox-responsive Strategie vor, bei der RNA durch eine Nitro-funktionalisierte Carbamat-Modifikation an der 2'-Hydroxylgruppe der Ribose reversibel deaktiviert und durch ein THDB-BIPY-Reduktionspaar innerhalb von Minuten gezielt reaktiviert wird, was eine präzise zeitliche Kontrolle der RNA-Aktivität für diverse Forschungs- und therapeutische Anwendungen ermöglicht.

Zhao, Y., Zhang, S., Guo, J. + 4 more2026-03-01⚗️ biochemistry

Structural basis of RNA-guided transcription by a dCas12f-σE-RNAP complex

Diese Studie entschlüsselt mittels Kryo-Elektronenmikroskopie den molekularen Mechanismus, durch den der dCas12f-{sigma}E-Komplex aus *Flagellimonas taeanensis* die RNA-geleitete Transkriptionsinitiation steuert, indem er die klassische Promoter-Erkennung durch CRISPR-Cas-Targeting ersetzt und eine neuartige Stabilisierung des -10-Elements ermöglicht.

Xiao, R., Hoffmann, F. T., Xie, D. + 4 more2026-02-28⚗️ biochemistry

The deubiquitinating enzyme Otu1 releases substrates from the conserved initiation complex of the Cdc48/p97 ATPase for proteasomal degradation

Die Studie zeigt, dass das Deubiquitinase-Enzym Otu1 (bzw. Yod1 bei Säugetieren) Substrate durch das Beschneiden ihrer Ubiquitin-Ketten vor dem Eintritt in den Cdc48/p97-ATPase-Kanal aus einem potenziell futilen Zyklus befreit und so deren effizienten Transfer zum Proteasom für den Abbau ermöglicht, wobei eine Cryo-EM-Struktur die gleichzeitige Bindung von Yod1 an p97 belegt und einen in allen Eukaryoten konservierten Mechanismus der Substratverarbeitung bestätigt.

Li, H., Guan, H., Rapoport, T.2026-02-28⚗️ biochemistry

Is Protein Quantification and Physical Normalization Always Necessary in Proteomics?

Die Studie zeigt, dass die Schritte der Proteinquantifizierung und physischen Normalisierung in bestimmten quantitativen Proteomik-Experimenten weggelassen werden können, ohne dass dies nach Anwendung computergestützter Normalisierungsstrategien zu einer unakzeptablen Zunahme der Messvariabilität führt, was erhebliche Zeit- und Kosteneinsparungen ermöglicht.

Zelter, A., Riffle, M., Merrihew, G. E. + 10 more2026-02-28⚗️ biochemistry

Interactions between Submicron Carbon Particles, Escherichia coli and Humic acid with Plastic Surfaces

Die Studie zeigt, dass die Anlagerung von submikronen Kohlenstoffpartikeln, Escherichia coli und Huminsäuren an pristine Thermoplaste trotz theoretischer Vorhersagen gering ist und primär durch partikelspezifische Eigenschaften statt durch die Oberflächeneigenschaften der Kunststoffe bestimmt wird, was auf die Notwendigkeit von Alterungsprozessen für eine signifikante Anreicherung in der Umwelt hindeutet.

Bossa, N., Talma, K., Dad, F. P. + 4 more2026-02-28⚗️ biochemistry

The structure and catalytic mechanism of new cellular and viral HDV ribozymes

Diese Studie bestimmt die Kristallstrukturen und den katalytischen Mechanismus neuer zellulärer und viraler HDV-Ribozyme aus *C. briggsae* und Ackermannviridae, die eine für die Klasse charakteristische Doppel-Pseudoknoten-Architektur aufweisen und durch eine allgemeine Säure-Katalyse über Cytosin 75 sowie eine Lewis-Säure-Aktivierung durch ein Metallion funktionieren, wodurch sie sich von den meisten anderen nukleolytischen Ribozymen unterscheiden.

Luo, Y., Chen, X., Lin, X. + 9 more2026-02-28⚗️ biochemistry

Membrane Proteome Remodeling in Female APP Mice Following Muscarinic Acetylcholine Receptor M1 Modulation Revealed by Peptidisc Enabled DIA-MS.

Diese Studie zeigt, dass die Aktivierung des muskarinischen Acetylcholinrezeptors M1 bei APP-Mäusen spezifisch krankheitsbedingte Membranproteine moduliert, was durch eine neuartige Peptidisc-gestützte DIA-MS-Methode zur umfassenden Analyse des Membranproteoms bei Alzheimer aufgedeckt wurde.

Bhattacharya, A., Antony, F., Aoki, H. + 4 more2026-02-27⚗️ biochemistry

A RAD18 SAP domain PIP motif enables PCNA mono-ubiquitination and USP1-BRCA1 synthetic lethality

Die Studie identifiziert ein SAP-Domänen-PIP-Motiv in RAD18 als entscheidende strukturelle Schnittstelle für die PCNA-Monoubiquitinierung und zeigt, dass die Störung dieser Interaktion die synthetische Letalität zwischen USP1-Inhibition und BRCA1-Mangel aufhebt, was einen neuen Mechanismus für therapeutische Resistenz aufdeckt.

Ashton, N. W., Ravindranathan, R., Korchak, E. J. + 6 more2026-02-27⚗️ biochemistry

Herring roe PLs promote SPM biosynthesis in macrophages and a keratinocyte/fibroblast co-culture as model of psoriasis

Die Studie zeigt, dass Phospholipide aus Heringseieröl die Biosynthese spezialisierter pro-resolvierender Mediatoren (SPM) in Makrophagen und einem Psoriasis-Modell aus Keratinozyten und Fibroblasten fördern, was einen möglichen Mechanismus für die Auflösung von Entzündungen bei Psoriasis darstellt.

Ringheim-Bakka, T. A., Saliani, A., Ostbye, T.-K. K. + 7 more2026-02-26⚗️ biochemistry

Synthesis and Assembly of a New-generation Bifunctional Lipid Nanoparticle for Selective Delivery of mRNA to Antigen Presenting Cells

Die Studie beschreibt die Synthese und den Nachweis, dass der neuartige bifunktionale Lipid-Nanopartikel mRNA-BLNP3 durch die gezielte Kombination von CD1d- und Mannose-Rezeptor-Liganden eine überlegene Selektivität für antigenpräsentierende Zellen, eine reduzierte Leberakkumulation und verstärkte humorale sowie zelluläre Immunantworten im Vergleich zu früheren Generationen (BLNP1 und BLNP2) ermöglicht.

Chen, C.-Y., Wang, S.-W., Wong, C.-H.2026-02-26⚗️ biochemistry