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1197 Arbeiten

Die Bioinformatik verbindet Biologie und Informatik, um riesige Mengen an biologischen Daten verständlich zu machen. Statt sich nur auf einzelne Experimente zu konzentrieren, nutzen Forscher hier computergestützte Methoden, um Muster im Leben selbst zu entschlüsseln, von der DNA bis zu komplexen Krankheitsverläufen. Diese Schnittstelle ermöglicht es, die Sprache des Lebens in Zahlen und Algorithmen zu übersetzen und neue Erkenntnisse schnell zu gewinnen.

Auf Gist.Science durchsuchen wir täglich die neuesten Vorab-Veröffentlichungen auf bioRxiv in diesem Bereich. Für jedes neu eingereichte Preprint erstellen wir nicht nur eine detaillierte technische Zusammenfassung für Fachleute, sondern auch eine einfache Erklärung in Alltagssprache, damit jeder den Kern der Forschung verstehen kann. So wird komplexes Wissen für ein breites Publikum zugänglich, ohne dass wichtige Details verloren gehen.

Unten finden Sie die aktuellsten Artikel aus dem Bereich der Bioinformatik, die wir kürzlich für Sie aufbereitet haben.

💻 Bioinformatik

pastForward: a Snakemake pipeline for ancient and historical DNA with eukaryote-wide taxonomic screening and tracking of copy-number variation

Die Autoren präsentieren pastForward, eine vollautomatisierte Snakemake-Pipeline, die die Analyse von alter und historischer DNA durch die Integration von benutzerfreundlicher Verarbeitung, eukaryotenweiten taxonomischen Screening-Verfahren und der Verfolgung von Kopienzahlvariationen optimiert, um longitudinale genomische Studien über diverse Spezies hinweg zu ermöglichen.

Saadain, S., Kapun, M., Kofler, R.2026-08-13
💻 Bioinformatik

PARNET: A CLIP-SEQ-BASED FOUNDATION MODEL FOR RNA SEQUENCE REPRESENTATION LEARNING

PARNET ist ein neuartiges RNA-Foundation-Modell, das ausschließlich auf experimentellen CLIP-seq-Daten trainiert wurde, um Bindungsprofile von RNA-Bindeproteinen auf Basenauflösung vorherzusagen, und demonstriert im Vergleich zu herkömmlichen sequenzbasierten Sprachmodellen eine überlegene Leistung sowie mechanistische Interpretierbarkeit bei verschiedenen nachgelagerten Aufgaben.

Moyon, L., Tirabassi, A., Baranowskii, A., Capitanchik, C., Kuret Hodnik, K., Wilkinson, L., Londhe, S., Dumbovic, G., G (…)2026-08-13
💻 Bioinformatik

TriTower-m6Am: a triple-tower heterogeneous deep learning architecture integrating semantic, sequential, and structural information for mRNA N6,2'-O-dimethyladenosine site prediction

Das Papier stellt TriTower-m6Am vor, eine Triple-Tower-Deep-Learning-Architektur, die semantische, sequentielle und strukturelle RNA-Repräsentationen integriert, um die Genauigkeit und Interpretierbarkeit der m6Am-Stellen-Vorhersage im Vergleich zu bestehenden Methoden mit einer einzelnen Repräsentation signifikant zu verbessern.

Xiong, K., Jia, J.2026-08-13
💻 Bioinformatik

ASPIRE: the Amplicon Sequencing Profiler for Investigating Respiratory Ecosystems

Dieses Paper stellt ASPIRE vor, einen zugänglichen Nextflow-Workflow, der darauf ausgelegt ist, verknüpfte Daten von Amplikon-Sequenzvarianten (ASV) und flüchtigen organischen Verbindungen (VOC) zu verarbeiten, zu analysieren und zu interpretieren, um respiratorische mikrobielle Ökosysteme und deren Beziehung zur Gesundheit zu untersuchen.

McLaughlin, R. J., Chen, S., Nag, A., Noonan, A. J. C., Bartolomeu, C., Borden, S. A., Lam, S., Myers, R., Hallam, S. J.2026-08-12
💻 Bioinformatik

megaMine: a scalable, rule-based framework for mining gene-cancer-drug evidence from biomedical literature

Das Paper stellt megaMine vor, ein transparentes und skalierbares regelbasiertes Framework, das effektiv strukturierte Gen-Krebs-Arzneimittel-Evidenzen aus der biomedizinischen Literatur extrahiert und dabei eine hohe Genauigkeit bei der Unterscheidung therapeutischer Wirksamkeit sowie bei der Generierung interpretierbarer Daten für die nachfolgende Wissenssynthese demonstriert.

JUNAID, M., Prazanowska, K. H., Jeong, H.-E., Ryu, Y., Choi, J., An, J.-Y., Lim, S. B.2026-08-12
💻 Bioinformatik

DuplexFM: Transferable small-RNA target representations link miRNA interactions to siRNA efficacy prediction

DuplexFM ist ein biologisch fundiertes Framework, das übertragbare, aus miRNA abgeleitete Repräsentationen und experimentell fundierte Zugänglichkeitsmerkmale nutzt, um die Vorhersage der siRNA-Effizienz signifikant zu verbessern, wobei es einen parametereffizienten Ansatz zur einheitlichen Modellierung der Argonaute-vermittelten RNA-Regulation bietet.

Chen, B., Yin, J., Fei, J., Yang, M.2026-08-12
💻 Bioinformatik

STR-PG: A Topology-decoupled Pangenome Framework for Scalable Short-read Genotyping of Short Tandem Repeats

STR-PG führt ein topologie-entkoppeltes Pangenom-Framework ein, das die stabile Locus-Repräsentation durch ein externes Register von dynamischem Allel-Inhalt trennt und somit eine skalierbare sowie präzise Short-Read-Genotypisierung von Short Tandem Repeats ermöglicht, ohne dass eine Graph-Rekonstruktion erforderlich ist, wenn neue Allele hinzugefügt werden.

YUAN, J., XUE, Z., TANG, H., LIU, Y., WANG, J.2026-08-12
💻 Bioinformatik

SeqDesk: a sequencing-facility management system for standards-compliant and FAIR (meta)data submission

SeqDesk ist ein Open-Source-, FAIR-konformes Datenmanagementsystem, das für Sequenzierungseinrichtungen entwickelt wurde, um die Erfassung standardisierter Metadaten zu optimieren, die bioinformatische Analyse zu automatisieren und die direkte Einreichung beim European Nucleotide Archive zu erleichtern, indem diese Prozesse in routinemäßige betriebliche Arbeitsabläufe eingebettet werden, anstatt sie als retrospektive Aufgaben zu behandeln.

Muench, P. C., Robertson, G., McHardy, A. C.2026-08-11
💻 Bioinformatik

Mapping disease traits onto spatiotemporal domain landscapes through scalable multi-sample integration of spatial transcriptomics

STUltra ist ein skalierbares, hypergraphbasiertes Framework, das großskalige räumliche Transkriptomikdaten integriert, um räumliche Domänen zu detektieren und krankheitsassoziierte genetische Merkmale über verschiedene Gewebekontexte hinweg abzubilden, wobei Batch-Effekte überwunden werden und die Entdeckung molekularer Architekturen ermöglicht wird, die komplexen Krankheiten wie angeborener Herzfehler und Alzheimer zugrunde liegen.

Zhang, S., Luo, S., Luo, Y., Su, S., Shi, Y., Liu, L., Li, W., Tian, T., Li, J.2026-08-10