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1197 Arbeiten

Die Bioinformatik verbindet Biologie und Informatik, um riesige Mengen an biologischen Daten verständlich zu machen. Statt sich nur auf einzelne Experimente zu konzentrieren, nutzen Forscher hier computergestützte Methoden, um Muster im Leben selbst zu entschlüsseln, von der DNA bis zu komplexen Krankheitsverläufen. Diese Schnittstelle ermöglicht es, die Sprache des Lebens in Zahlen und Algorithmen zu übersetzen und neue Erkenntnisse schnell zu gewinnen.

Auf Gist.Science durchsuchen wir täglich die neuesten Vorab-Veröffentlichungen auf bioRxiv in diesem Bereich. Für jedes neu eingereichte Preprint erstellen wir nicht nur eine detaillierte technische Zusammenfassung für Fachleute, sondern auch eine einfache Erklärung in Alltagssprache, damit jeder den Kern der Forschung verstehen kann. So wird komplexes Wissen für ein breites Publikum zugänglich, ohne dass wichtige Details verloren gehen.

Unten finden Sie die aktuellsten Artikel aus dem Bereich der Bioinformatik, die wir kürzlich für Sie aufbereitet haben.

💻 Bioinformatik

Integrative computational toxicology reveals PFOS and PFHxS associated inflammatory keratinocyte niches in psoriasis through exposure transcriptomics, single-cell spatial mapping and token-aware virtual perturbation

Diese Studie verwendet ein integratives computergestütztes toxikologisches Framework, um zu demonstrieren, dass die Exposition gegenüber PFOS und PFHxS entzündliche Keratinozyten-Programme vorantreibt, die mit der Psoriasis-Pathologie konvergieren, wobei spezifische molekulare Effektoren und räumliche Nischen durch Multi-Omics-Integration und virtuelle Perturbation identifiziert werden.

Ma, J., Yu, Q.2026-07-15
💻 Bioinformatik

Computational design of a multi-epitope vaccine against M. tuberculosis

Diese Studie präsentiert das computergestützte Design und die Validierung eines neuartigen Multi-Epitop-Impfstoffkandidaten, der auf drei bisher unerschlossene Virulenzproteine von *Mycobacterium tuberculosis* (EccB3, MycP und Polyketidsynthase) abzielt und durch eine umfassende Reverse-Vakzinologie-Pipeline eine starke strukturelle Stabilität, effektive TLR-Bindung sowie robuste Immunantworten nachweist.

Buhari, A., Okutu, P., Oyeleke, U. A., Sivakumar, A., Hameed, S. A.2026-07-15
💻 Bioinformatik

Taxonomic profilers and their influence on metagenomic diversity analyses

Diese Studie zeigt, dass die Wahl des taxonomischen Profilers, der Referenzdatenbank und der Parametrisierung die Schätzungen der Alpha-Diversität sowie die statistischen Schlussfolgerungen in metagenomischen Analysen signifikant beeinflusst, was die kritische Notwendigkeit unterstreicht, dass Forscher Sensitivitätsanalysen durchführen, um robuste und zuverlässige wissenschaftliche Ergebnisse zu gewährleisten.

Rondeau-Leclaire, J., Blanchet, G., Jacques, P.-E., Laforest-Lapointe, I.2026-07-14
💻 Bioinformatik

Improved 3D Radial Phyllotaxis Trajectories for Uniform Density Distribution of Readout Directions and Sequential Binning

Dieses Paper führt verbesserte 3D-radiale Phyllotaxis-Trajektorien ein, spezifisch UPhy und FlexiPhy, die eine gleichmäßige Ausleserichtungsdichte erreichen und eine randomisierte Interleave-Anordnung nutzen, um Ringing-Artefakte signifikant zu reduzieren und die Robustheit der retrospektiven sequentiellen Binning-Verfahren in der dynamischen MRT zu verbessern.

Leidi, M., Delitroz, J., Peper, E., Jia, Y., Barranco, J., Ledoux, J.-B., Romanin, L., Bastiaansen, J. A. M., Schneider (…)2026-07-14
💻 Bioinformatik

SSUplex: fast, both-strand extraction and origin-sorting of small-subunit rRNA for environmental DNA metabarcoding

SSUplex ist ein schnelles, Open-Source-basiertes Rust-Tool, das vollständige kleine Untereinheit-rRNA-Reads von beiden DNA-Strängen erkennt, extrahiert und nach ihrem Ursprung in fünf Kategorien (Bacteria, Archaea, Eukaryota, Mitochondria und Chloroplast) sortiert und somit eine hochgeschwindigkeitsfähige, speichereffiziente Alternative zu Metaxa2 für eDNA-Metabarcoding-Workflows bietet.

O'Brien, A., Vargas, J., Acuna, I., Restovic, F., Martinez, P., Parada, P.2026-07-13
💻 Bioinformatik

TEDlm: domain-centric protein language models with optional structural pre-training

Das Paper stellt TEDlm vor, ein domänenzentriertes Protein-Sprachmodell, das auf strukturell definierten Domänensegmenten vortrainiert wurde und größere Full-Sequence-Modelle bei der Detektion von Fernhomologie sowie der Vorhersage molekularer Funktionen übertrifft, was zeigt, dass die Konzentration auf domänenspezifische Signale kompakte, strukturell informierte Repräsentationen liefert.

Wei, T., Kandathil, S. M., Buchan, D. W. A., Jones, D. T.2026-07-13
💻 Bioinformatik

amR: an R package suite to predict antimicrobial resistance in bacterial pathogens

Die amR R-Package-Suite bietet ein umfassendes, interpretierbares Framework zur Vorhersage von Antibiotikaresistenzen in bakteriellen Pathogenen, indem sie multi-skalige genomische Merkmalsextraktion, maschinelles Modelltraining und interaktive Visualisierung integriert, um Mechanismen der artspezifischen und Multiresistenz aufzudecken.

Ghosh, A., Brenner, E. P., Boyer, E. A., McKim, A. P., Vang, C. K., Wolfe, E. P., Mayer, D. A., Lesiyon, R. L., Ravi, J.2026-07-13
💻 Bioinformatik

Capabilities, specificity gaps and training-data dependence of AlphaFold3 across diverse application areas

Diese Arbeit bewertet die Leistungsfähigkeit von AlphaFold3 über verschiedene biomolekulare Anwendungen hinweg und stellt fest, dass es zwar leistungsstarke All-Atom-Modellierungskapazitäten bietet, seine Genauigkeit und Zuverlässigkeit jedoch ungleichmäßig sind und stark von der Überschneidung mit dem Trainingsdatensatz abhängen, was eine vorsichtige Interpretation im Vergleich zu seinem Vorgänger erforderlich macht.

Follonier, O., Liu, Y., Campomanes, P., Lafrenaye, L., Racle, J., Alvarez, D., van Gerwen, J., Heinzmann, R., Jänes, J. (…)2026-07-13
💻 Bioinformatik

Genomic Annotation Infrastructure (GAIn): Pipelines and Resource Repositories for Annotating Variants, Positions, and Regions

Die Genomic Annotation Infrastructure (GAIn) ist eine Plattform, die eine transparente, reproduzierbare und skalierbare Annotation genomischer Varianten durch deklarative Pipelines, öffentliche Ressourcen-Repositories sowie flexible Web- und Befehlszeilenschnittstellen ermöglicht, welche benutzerdefinierte Erweiterungen und automatisierte Re-Annotationen unterstützen.

Cokol, M., Chorbadjiev, L., Lee, Y.-h., Jamsandekar, M., Gergova, I., Todorov, I., Iossifov, I.2026-07-12
💻 Bioinformatik

A geometric atlas of how ESM3 organizes modalities across depth

Diese Studie zeigt auf, dass im multimodalen Protein-Sprachmodell ESM3 die verschiedenen physikalischen Modalitäten (Sequenz, Struktur, Sekundärstruktur und Lösungsmittelzugänglichkeit) anfangs getrennte Subräume besetzen, bevor sie zwischen den Schichten 25 und 35 zu einer gemeinsamen niederdimensionalen Repräsentation verschmelzen, während funktionale Annotationen währenddessen orthogonal bleiben, wobei dieser Fusionsprozess eine gelernte, universelle Eigenschaft ist, die unabhängig von der Proteinlänge auftritt, jedoch durch strukturelle Unordnung verzögert wird.

Steenwyk, J. L.2026-07-12