💻 Category

bioinformatics

770 artículos

La bioinformática es el puente vital entre la biología y los datos, transformando secuencias genéticas complejas en conocimiento comprensible que impulsa la medicina moderna y la investigación. En Gist.Science, hacemos que estos avances sean accesibles para todos, eliminando las barreras del lenguaje técnico para que cualquier persona pueda seguir el ritmo de los descubrimientos más recientes.

Cada nuevo preimpreso en esta categoría proviene directamente de bioRxiv, la plataforma líder donde los científicos comparten sus hallazgos antes de la publicación formal. Nuestro equipo procesa cada uno de estos documentos para ofrecer tanto resúmenes técnicos detallados como explicaciones en lenguaje sencillo, garantizando que la información fluya sin complicaciones. A continuación, encontrará los últimos artículos publicados en bioinformática seleccionados para su lectura.

Systematic contextual biases in SegmentNT potentially relevant to other nucleotide transformer models

Este trabajo identifica y caracteriza sesgos contextuales sistemáticos en el modelo de transformador de nucleótidos SegmentNT, específicamente en relación con la longitud de la secuencia de entrada, la posición del nucleótido y una oscilación periódica de 24 nucleótidos vinculada a la tokenización, y propone métodos de estandarización para mejorar la consistencia de las predicciones y orientar el uso de modelos genómicos similares.

Ebbert, M. T. W., Ho, A., Page, M. L., Dutch, B., Byer, B. K., Hankins, K. L., Sabra, H., Aguzzoli Heberle, B., Wadsworth, M. E., Fox, G. A., Karki, B., Hickey, C., Fardo, D. W., Bumgardner, C., Jakub (…)2026-05-05💻 bioinformatics

MilliMap: interactive closed-loop analysis for spatial omics

MilliMap es un marco interactivo que unifica el cálculo estadístico y la exploración espacial para permitir un análisis iterativo de bucle cerrado de datos de ómicos espaciales, permitiendo a los investigadores refinar parámetros y validar hallazgos dentro de un único entorno para aplicaciones que van desde la neuroanatomía hasta los microentornos tumorales.

Feng, Q., Qian, S. B., Wan, J., Starr, Z. R., Asif, S., Han, H.-S.2026-05-05💻 bioinformatics

SenNet Portal: Build, Optimization and Usage

Este artículo presenta el Portal de Datos de SenNet, una plataforma híbrida escalable en la nube que ofrece acceso abierto a conjuntos de datos multimodales y multitejido armonizados y herramientas analíticas para caracterizar sistemáticamente la senescencia celular en modelos humanos y murinos para la investigación del envejecimiento.

Borner, K., Blood, P. D., Silverstein, J. C., Ruffalo, M., Satija, R., Gehlenborg, N., Honick, B., Bueckle, A., Jain, Y., Qaurooni, D., Shirey, B., Sibilla, M., Metis, K., Bisciotti, J., Morgan, R. S. (…)2026-05-04💻 bioinformatics

Do Larger Models Really Win in Drug Discovery?A Benchmark Assessment of Model Scaling in AI-Driven Molecular Property and Activity Prediction

Este estudio de referencia desafía la suposición de que los modelos de IA más grandes superan universalmente a los más pequeños en el descubrimiento de fármacos, demostrando que los modelos compactos y especializados a menudo logran una precisión predictiva superior o comparable en diversas tareas de propiedades y actividad molecular en comparación con los grandes modelos fundamentales.

Guo, J.2026-05-04💻 bioinformatics

AnnotateMissense: a genome-wide annotation and benchmarking framework for missense pathogenicity prediction

AnnotateMissense es un marco escalable que integra diversas características genómicas y de modelos de lenguaje de proteínas para evaluar y generar predicciones de patogenicidad de alto rendimiento para más de 90 millones de variantes de sentido erróneo, logrando una precisión superior con un modelo XGBoost entrenado en 132.714 variantes etiquetadas por ClinVar.

Muneeb, M., Ascher, D. B.2026-05-04💻 bioinformatics

AI-guided discovery of atypical protein assemblies

Los autores desarrollaron el Índice de Novedad Estructural (SNI), un marco impulsado por inteligencia artificial que identificó y validó experimentalmente con éxito un ensamblaje undecamérico inesperado de receptores inmunitarios NRC, demostrando un método escalable para descubrir complejos proteicos atípicos más allá de las arquitecturas canónicas.

Toghani, A., Seager, B. A., Sugihara, Y., Roijen, L.-M., Azcue, J. M., Garro, M., Sargolzaei, M., Morianou, I., Harant, A., Gallop, S., Kourelis, J., MacLean, D., Contreras, M. P., Kamoun, S., Lüdke (…)2026-05-04💻 bioinformatics

A 37-million-particle dataset from over 250 experiments to accelerate data-driven cryo-EM analysis

El artículo presenta cryoPANDA, un conjunto masivo de datos de más de 37 millones de partículas de criomicroscopía electrónica anotadas procedentes de 252 experimentos diversos, diseñado para superar las limitaciones actuales de datos y acelerar el desarrollo de métodos basados en datos para la biología estructural.

Zamanos, A., Kyrilis, F. L., Koromilas, P., Kastritis, P. L., Panagakis, Y.2026-05-03💻 bioinformatics

Modeling healthy proteomic profiles for anomaly detection using subspace learning based one-class classification

Este trabajo presenta un marco de clasificación de una sola clase en subespacio totalmente basado en datos que modela perfiles proteómicos plasmáticos sanos para detectar de manera robusta diversas enfermedades sin requerir muestras de entrenamiento de pacientes enfermos, superando así los desafíos del desequilibrio de clases en datos clínicos de alta dimensión.

Sohrab, F., Kumar, A., Ahola, V., Magis, A., Hautamaki, V., Heinaniemi, M., Huang, S.2026-05-01💻 bioinformatics

Hierarchical Breakdown of RNA Structure Prediction in CASP16: From Reliable Local Features to Speculative Multimer Assembly

Este artículo presenta un estudio de caso CASP16 de LCBio que demuestra que, si bien los flujos de trabajo guiados por expertos pueden lograr clasificaciones competitivas en la predicción de multímeros de ARN, los métodos actuales exhiben un declive jerárquico en la precisión donde las características locales fiables no se traducen en arquitecturas globales precisas debido a desafíos persistentes en el modelado de uniones de múltiples hélices e interacciones no canónicas.

Nithin, C., Pilla, S. P., Kmiecik, S.2026-04-30💻 bioinformatics