🧬 Category

q-bio

108 artículos

Integrating Mechanistic Modeling and Machine Learning to Study CD4+/CD8+ CAR-T Cell Dynamics with Tumor Antigen Regulation

Este trabajo presenta un marco matemático extendido que integra la dinámica de las subpoblaciones CD4+ y CD8+ de las células CAR-T con la regulación de antígenos tumorales, demostrando cómo la combinación de modelado mecanicista y redes neuronales puede superar las limitaciones de incertidumbre paramétrica para predecir la eficacia del tratamiento y generar hipótesis biológicas.

Saranya Varakunan, Melissa Stadt, Mohammad KohandelWed, 11 Ma🧬 q-bio

Understanding the temperature response of biological systems: Part I -- Phenomenological descriptions and microscopic models

Esta primera parte de una revisión examina modelos fenomenológicos y microscópicos para describir las respuestas de las tasas biológicas a la temperatura, destacando sus formas funcionales y conceptos operativos clave, mientras que la segunda parte abordará cómo surgen estas respuestas a nivel sistémico.

Simen Jacobs, Julian Voits, Nikita Frolov, Ulrich S. Schwarz, Lendert GelensWed, 11 Ma🧬 q-bio

Domain-aware priors stabilize, not merely enable, vertical federated learning in data-scarce coral multi-omics

Este estudio demuestra que el uso de prios basados en el dominio, específicamente la selección de características guiada por la saliencia de gradientes, estabiliza significativamente el aprendizaje federado vertical en escenarios de escasez extrema de datos para la clasificación de estrés térmico en corales, superando a los métodos convencionales y de vanguardia en rendimiento y consistencia.

Sam VictorWed, 11 Ma🧬 q-bio

Exploring Strategies for Personalized Radiation Therapy Part IV: An Interaction-Picture Approach to Quantifying the Abscopal Effect

Este estudio presenta un enfoque basado en la imagen de interacción, adaptado de la mecánica cuántica, para cuantificar el efecto abscopal en el contexto de la radioterapia estereotáctica ultra-faccionada y adaptativa personalizada (PULSAR), permitiendo medir la interacción entre tumores primarios y secundarios a nivel individual y tratar el fenómeno como un proceso continuo y estocástico en lugar de binario.

Hao Peng, Laurentiu Pop, Kai Jiang, Faya Zhang, Debabrata Saha, Raquibul Hannan, Robert TimmermanWed, 11 Ma🧬 q-bio

The Black Death Anomaly: A Non-Abelian Field Theory of Epidemiological Safe Zones

Este artículo propone una teoría de campo gauge no abeliana que, al modelar la dinámica del patógeno como un transporte covariante acoplado a la mutación, demuestra que las zonas de seguridad geográfica durante la Peste Negra, como Polonia y Bohemia, son vacíos topológicos matemáticamente necesarios resultantes de la interferencia destructiva de ondas de mutación viajeras.

Jose de Jesus Bernal-Alvarado, David DelepineWed, 11 Ma🧬 q-bio

Sequential learning theory for Markov genealogy processes

Este artículo introduce un marco basado en filtraciones para la inferencia filodinámica secuencial que descompone la reducción de varianza al añadir taxones en componentes de aprendizaje, discrepancia y covarianza, demostrando que existe una brecha fundamental e irreducible entre un oráculo que conoce el estado de absorción latente y el analista, lo que establece un límite teórico sobre lo que los datos de secuencia pueden revelar por sí solos.

David J PascallWed, 11 Ma🧬 q-bio

Compact Dynamical Mean-Field Theory of Oscillator Networks

Este artículo presenta una teoría de campo medio dinámica compacta para redes de osciladores de fase acoplados que, al preservar la periodicidad $2\pi$ y promediar sobre el desorden, reduce la dinámica de la red a una ecuación estocástica de un solo oscilador capaz de recuperar reducciones conocidas y predecir umbrales de sincronización en modelos neuronales biológicos a partir de sus curvas de respuesta de fase.

Kanishka ReddyWed, 11 Ma🧬 q-bio

Association of Radiologic PPFE Change with Mortality in Lung Cancer Screening Cohorts

Este estudio demuestra que la progresión radiológica de la fibroelastosis pleuroparenquimatosa (PPFE) en poblaciones de cribado de cáncer de pulmón se asocia independientemente con un mayor riesgo de mortalidad y morbilidad respiratoria, lo que sugiere su utilidad como biomarcador de imagen para identificar a individuos de alto riesgo.

Shahab Aslani, Mehran Azimbagirad, Daryl Cheng, Daisuke Yamada, Ryoko Egashira, Adam Szmul, Justine Chan-Fook, Robert Chapman, Alfred Chung Pui So, Shanshan Wang, John McCabe, Tianqi Yang, Jose M Brenes, Eyjolfur Gudmundsson, The SUMMIT Consortium, Susan M. Astley, Daniel C. Alexander, Sam M. Janes, Joseph JacobWed, 11 Ma🧬 q-bio

Curvature Blindness from Polarity Breaks and Orientation Channel Fragmentation in V1

Este artículo presenta un modelo matemático que explica la ilusión de ceguera a la curvatura mediante dos mecanismos complementarios en V1: la separación de canales de polaridad que fragmenta el contorno en segmentos de media longitud de onda, y la fragmentación de los canales de orientación que hace que cada segmento se perciba como recto, generando así la percepción de zigzags en lugar de sinusoides.

Michael MenkeWed, 11 Ma🧬 q-bio

Joint Geometric-Chemical Distance for Protein Surfaces

El artículo presenta IFACE, un marco de correspondencia basado en acoplamiento probabilístico que alinea superficies proteicas integrando su geometría intrínseca y campos químicos distribuidos para definir una distancia conjunta que supera a los métodos tradicionales en la separación de variabilidad conformacional y divergencia estructural, permitiendo así identificar con mayor precisión parches de interacción funcionalmente relacionados.

Himanshu Swami, John M. McBride, Jean-Pierre Eckmann, Tsvi TlustyWed, 11 Ma🧬 q-bio

Modeling the spillover risk of highly pathogenic avian influenza from wild birds to cattle in Denmark: A data-driven risk assessment framework

Este estudio presenta un marco de evaluación de riesgos basado en datos que, al calibrarse con brotes en EE. UU., estima la probabilidad semanal de transmisión de la influenza aviar altamente patógena de aves silvestres al ganado bovino en Dinamarca, identificando periodos y zonas costeras de mayor riesgo para fortalecer la vigilancia y la preparación.

You Chang, Jose L. Gonzales, Erik Rattenborg, Mart C. M. de Jong, Beate ConradyThu, 12 Ma🧬 q-bio