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Understanding the temperature response of biological systems: Part II -- Network-level mechanisms and emergent dynamics

Esta segunda parte del artículo examina los mecanismos a nivel de red y las dinámicas emergentes que transforman la dependencia de la temperatura de las reacciones individuales en respuestas sistémicas complejas, como la compensación térmica y los límites térmicos, utilizando modelos deterministas y estocásticos para vincular la organización molecular con las curvas empíricas de respuesta térmica.

Simen Jacobs, Julian B. Voits, Nikita Frolov, Ulrich S. Schwarz, Lendert GelensWed, 11 Ma🌀 nlin

Duality in mass-action networks

Este artículo propone que en las redes de acción de masa, las cantidades conservadas son duales a los ciclos internos, y conjetura una relación de dualidad entre los preagrupamientos y los soportes poliedrales invariantes maximales, así como entre los preagrupamientos y los sifones.

Alexandru IosifWed, 11 Ma🧬 q-bio

Automated Classification of Homeostasis Structure in Input-Output Networks

Este artículo presenta un algoritmo en Python que automatiza la identificación y clasificación de los mecanismos de homeostasis en redes biológicas complejas, superando las limitaciones computacionales y teóricas de los métodos anteriores al extender el marco teórico a redes con múltiples entradas y salidas.

Xinni Lin, Fernando Antoneli, Yangyang WangWed, 11 Ma🧬 q-bio

Stochastic Reaction Networks Within Interacting Compartments with Content-Dependent Fragmentation

Este artículo establece nuevas condiciones suficientes para la recurrencia positiva y la no explosividad en redes de reacción estocásticas dentro de compartimentos dinámicos cuya tasa de fragmentación depende del contenido interno, demostrando que los criterios previos son insuficientes en este contexto.

David F. Anderson, Aidan S. Howells, Diego Rojas La LuzTue, 10 Ma🔢 math

A cocktail of chemical reaction networks and mathematical epidemiology tools for positive ODE stability problems

Este artículo integra la teoría de redes de reacciones químicas y las herramientas de epidemiología matemática para abordar problemas de estabilidad en ecuaciones diferenciales ordinarias positivas, presentando una generalización del teorema de la matriz de la siguiente generación y revisando un enfoque simbólico-numérico para el análisis de bifurcaciones.

Florin Avram, Rim Adenane, Andrei-Dan HalanayTue, 10 Ma🔢 math

ATP Level and Phosphorylation Free Energy Regulate Trigger-Wave Speed and Critical Nucleus Size in Cellular Biochemical Systems

Este estudio demuestra que el nivel de ATP y la energía libre de fosforilación regulan la velocidad de las ondas disparadoras y el tamaño del núcleo crítico en sistemas bioquímicos celulares, vinculando así el estado energético intracelular con la dinámica espacial de procesos como la entrada mitótica.

Jianwei Li, Kai Meng, Xuewen Shen, Fangting LiThu, 12 Ma🧬 q-bio

drGT: Attention-Guided Gene Assessment of Drug Response Utilizing a Drug-Cell-Gene Heterogeneous Network

El modelo drGT es una herramienta de aprendizaje profundo basada en grafos heterogéneos que predice la respuesta a fármacos con alta precisión e interpretabilidad biológica, identificando biomarcadores y asociaciones genéticas respaldadas por literatura mediante el análisis de coeficientes de atención.

Yoshitaka Inoue, Hunmin Lee, Tianfan Fu, Rui Kuang, Augustin LunaFri, 13 Ma🧬 q-bio

Scalable DNA Ternary Full Adder Enabled by a Competitive Blocking Circuit

Este artículo presenta un sumador ternario de ADN escalable que, mediante un innovador circuito de bloqueo competitivo y una estrategia de ajuste dinámico de concentración, supera las limitaciones de los sumadores binarios existentes para lograr operaciones de hasta 17 bits.

Enqiang Zhu, Peize Qiu, Xianhang Luo, Chanjuan Liu, Jin XuFri, 13 Ma🧬 q-bio

Inferring the dynamics of quasi-reaction systems via nonlinear local mean-field approximations

Este artículo propone un método de aproximación de campo medio no lineal que, mediante una solución analítica basada en una aproximación de Taylor de primer orden, mejora la estimación de tasas cinéticas en sistemas de cuasi-reacciones estocásticos, ofreciendo mayor eficiencia computacional y robustez ante la rigidez en comparación con los enfoques existentes, especialmente cuando los intervalos de tiempo entre observaciones son grandes.

Matteo Framba, Veronica Vinciotti, Ernst C. Wit2026-03-10🧬 q-bio

HIDDENdb: Co-dependency database reveals a plethora of genetic and protein interactions

El artículo presenta HIDDENdb, una base de datos integral que integra múltiples conjuntos de datos heterogéneos para mapear y visualizar interacciones genéticas y de co-dependencia proteica, revelando módulos funcionales y correlaciones estructurales potenciales mediante un modelo estadístico robusto y una interfaz web interactiva.

Iresha De Silva, Shantha Pathma Bandu, Rune T. Kidmose + 3 more2026-03-10🧬 q-bio

Relay transitions and invasion thresholds in multi-strain rumor models: a chemical reaction network approach

Este artículo utiliza el paquete simbólico EpidCRN y la teoría de redes de reacciones químicas para analizar modelos de propagación de rumores en redes sociales, demostrando que las transiciones de estabilidad entre equilibrios ocurren mediante un mecanismo de "relé" gobernado por desigualdades de invasión que unifica conceptos de epidemiología matemática y ecología.

Florin Avram, Andrei-Dan Halanay2026-03-06🔢 math

The Dynamics of Inducible Genetic Circuits

Este artículo propone un enfoque basado en modelos mecánico-estadísticos para analizar la dinámica de circuitos genéticos inducibles, centrándose en concentraciones de efectores endógenos en lugar de parámetros sintéticos tradicionales y contrastando las funciones de Hill con modelos termodinámicos detallados para revelar cómo se ajustan realmente los parámetros biológicos en células vivas.

Zitao Yang, Rebecca J. Rousseau, Sara D. Mahdavi + 2 more2026-03-05🔬 physics

Dominant vertices and attractors' landscape for Boolean networks

Este artículo presenta un método de reducción para redes booleanas basado en los vértices dominantes, que permite construir un sistema inducido asintóticamente equivalente que preserva la estructura de atractores y facilita el análisis de sus propiedades dinámicas, como periodos y cuencas de atracción.

Andrea España, William Funez, Edgardo Ugalde2026-03-05🔬 physics

Quantifying Ranking Instability Across Evaluation Protocol Axes in Gene Regulatory Network Benchmarking

Este estudio presenta un marco diagnóstico sistemático que cuantifica la inestabilidad de las clasificaciones en la inferencia de redes de regulación génica bajo cambios en los protocolos de evaluación, revelando que las inversiones en el ranking se deben principalmente a variaciones en la capacidad de discriminación de los métodos y no a efectos de tasa base, lo que subraya la necesidad de prácticas de reporte más robustas.

Ihor Kendiukhov2026-03-05🤖 cs.LG

Ising Models of Cooperativity in Muscle Contraction

Este estudio introduce un modelo unidimensional de Ising que, utilizando solo dos parámetros relacionados con la concentración de calcio y la fuerza del motor de miosina, explica la cooperatividad en la activación de los filamentos delgados del músculo y predice con éxito los efectos experimentales, incluyendo la anti-cooperatividad inducida por el fármaco Omecamtiv Mecarbil.

Elaheh Saadat, Matthieu Caruel, Stefano Gherardini + 6 more2026-03-05🔬 cond-mat.mes-hall