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Integrating Mechanistic Modeling and Machine Learning to Study CD4+/CD8+ CAR-T Cell Dynamics with Tumor Antigen Regulation

Este trabajo presenta un marco matemático extendido que integra la dinámica de las subpoblaciones CD4+ y CD8+ de las células CAR-T con la regulación de antígenos tumorales, demostrando cómo la combinación de modelado mecanicista y redes neuronales puede superar las limitaciones de incertidumbre paramétrica para predecir la eficacia del tratamiento y generar hipótesis biológicas.

Saranya Varakunan, Melissa Stadt, Mohammad KohandelWed, 11 Ma🧬 q-bio

Understanding the temperature response of biological systems: Part I -- Phenomenological descriptions and microscopic models

Esta primera parte de una revisión examina modelos fenomenológicos y microscópicos para describir las respuestas de las tasas biológicas a la temperatura, destacando sus formas funcionales y conceptos operativos clave, mientras que la segunda parte abordará cómo surgen estas respuestas a nivel sistémico.

Simen Jacobs, Julian Voits, Nikita Frolov, Ulrich S. Schwarz, Lendert GelensWed, 11 Ma🧬 q-bio

Domain-aware priors stabilize, not merely enable, vertical federated learning in data-scarce coral multi-omics

Este estudio demuestra que el uso de prios basados en el dominio, específicamente la selección de características guiada por la saliencia de gradientes, estabiliza significativamente el aprendizaje federado vertical en escenarios de escasez extrema de datos para la clasificación de estrés térmico en corales, superando a los métodos convencionales y de vanguardia en rendimiento y consistencia.

Sam VictorWed, 11 Ma🧬 q-bio

Exploring Strategies for Personalized Radiation Therapy Part IV: An Interaction-Picture Approach to Quantifying the Abscopal Effect

Este estudio presenta un enfoque basado en la imagen de interacción, adaptado de la mecánica cuántica, para cuantificar el efecto abscopal en el contexto de la radioterapia estereotáctica ultra-faccionada y adaptativa personalizada (PULSAR), permitiendo medir la interacción entre tumores primarios y secundarios a nivel individual y tratar el fenómeno como un proceso continuo y estocástico en lugar de binario.

Hao Peng, Laurentiu Pop, Kai Jiang, Faya Zhang, Debabrata Saha, Raquibul Hannan, Robert TimmermanWed, 11 Ma🧬 q-bio

Sequential learning theory for Markov genealogy processes

Este artículo introduce un marco basado en filtraciones para la inferencia filodinámica secuencial que descompone la reducción de varianza al añadir taxones en componentes de aprendizaje, discrepancia y covarianza, demostrando que existe una brecha fundamental e irreducible entre un oráculo que conoce el estado de absorción latente y el analista, lo que establece un límite teórico sobre lo que los datos de secuencia pueden revelar por sí solos.

David J PascallWed, 11 Ma🧬 q-bio

Association of Radiologic PPFE Change with Mortality in Lung Cancer Screening Cohorts

Este estudio demuestra que la progresión radiológica de la fibroelastosis pleuroparenquimatosa (PPFE) en poblaciones de cribado de cáncer de pulmón se asocia independientemente con un mayor riesgo de mortalidad y morbilidad respiratoria, lo que sugiere su utilidad como biomarcador de imagen para identificar a individuos de alto riesgo.

Shahab Aslani, Mehran Azimbagirad, Daryl Cheng, Daisuke Yamada, Ryoko Egashira, Adam Szmul, Justine Chan-Fook, Robert Chapman, Alfred Chung Pui So, Shanshan Wang, John McCabe, Tianqi Yang, Jose M Brenes, Eyjolfur Gudmundsson, The SUMMIT Consortium, Susan M. Astley, Daniel C. Alexander, Sam M. Janes, Joseph JacobWed, 11 Ma🧬 q-bio

When Many Trees Go to War: On Sets of Phylogenetic Trees With Almost No Common Structure

Este artículo demuestra que, para conjuntos de árboles filogenéticos con poca estructura común, el número de reticulaciones necesario para construir una red que los muestre todos es esencialmente la suma de las reticulaciones individuales, estableciendo límites inferiores que coinciden con las cotas superiores conocidas.

Mathias Weller, Norbert ZehTue, 10 Ma🔢 math

Double projection for reconstructing dynamical systems: between stochastic and deterministic regimes

Este artículo presenta un nuevo método de doble proyección basado en autoencoders variacionales dinámicos que estima trayectorias de estado y series temporales de ruido para reconstruir sistemas dinámicos, permitiendo una evolución multietapa eficiente en un espacio de estado de baja dimensión y facilitando la comparación entre regímenes estocásticos y deterministas.

Viktor Sip, Martin Breyton, Spase Petkoski, Viktor JirsaTue, 10 Ma🤖 cs.LG

RadDiff: Retrieval-Augmented Denoising Diffusion for Protein Inverse Folding

El artículo presenta RadDiff, un nuevo método de plegamiento inverso de proteínas que combina un mecanismo de recuperación de conocimiento actualizado con un modelo de difusión denoising para superar las limitaciones de los enfoques existentes y lograr una tasa de recuperación de secuencias superior.

Jin Han, Tianfan Fu, Wu-Jun LiTue, 10 Ma💻 cs

Three-Dimensional Volumetric Reconstruction of Native Chilean Pollen via Lens-Free Digital In-line Holographic Microscopy

Este estudio presenta una metodología robusta para la reconstrucción volumétrica tridimensional y caracterización morfológica de granos de polen nativos chilenos mediante microscopía holográfica digital sin lentes, demostrando su eficacia para la obtención de "huellas digitales" digitales sin marcadores en el ámbito de la melisopalinología y la evaluación de viabilidad.

J. Staforelli-Vivanco, V. Salamanca-Levi, R. Jofré-Cerda, M. Rondanelli-Reyes, I. LamasTue, 10 Ma🔬 physics.optics

Optical Manipulation of Erythrocytes via Evanescent Waves: Assessing Glucose-Induced Mobility Variations

Este estudio demuestra que las ondas evanescentes pueden utilizarse como herramienta no invasiva para cuantificar la disminución significativa en la movilidad de los eritrocitos inducida por concentraciones elevadas de glucosa.

T. Troncoso Enríquez, J. Staforelli-Vivanco, I. Bordeu, M. González-OrtizTue, 10 Ma🔬 physics.optics

CryoNet.Refine: A One-step Diffusion Model for Rapid Refinement of Structural Models with Cryo-EM Density Map Restraints

CryoNet.Refine es un modelo de difusión de un solo paso que automatiza y acelera el refinamiento de estructuras moleculares a partir de mapas de densidad de criomicroscopía electrónica, superando en velocidad y precisión a los métodos tradicionales como Phenix y Rosetta.

Fuyao Huang, Xiaozhu Yu, Kui Xu, Qiangfeng Cliff ZhangTue, 10 Ma💻 cs

HarmonyCell: Automating Single-Cell Perturbation Modeling under Semantic and Distribution Shifts

HarmonyCell es un marco de agente automático que resuelve la heterogeneidad semántica y estadística en estudios de perturbación de células individuales mediante un unificador de metadatos impulsado por LLM y un motor de búsqueda adaptativa, logrando un rendimiento superior al de los diseños expertos sin necesidad de ingeniería específica por conjunto de datos.

Wenxuan Huang, Mingyu Tsoi, Yanhao Huang, Xinjie Mao, Xue Xia, Hao Wu, Jiaqi Wei, Yuejin Yang, Lang Yu, Cheng Tan, Xiang Zhang, Zhangyang Gao, Siqi SunTue, 10 Ma💻 cs

Distilling and Adapting: A Topology-Aware Framework for Zero-Shot Interaction Prediction in Multiplex Biological Networks

Este artículo presenta un marco novedoso para la predicción de interacciones en redes biológicas multiplex que, mediante el aprendizaje de representaciones conscientes del contexto, la destilación de conocimiento y el uso de modelos fundacionales, supera a los métodos actuales al lograr una generalización robusta en escenarios de cero disparos para entidades no vistas.

Alana Deng, Sugitha Janarthanan, Yan Sun, Zihao Jing, Pingzhao HuTue, 10 Ma🤖 cs.LG

ViroGym: Realistic Large-Scale Benchmarks for Evaluating Viral Proteins

El artículo presenta ViroGym, un benchmark integral que evalúa modelos de lenguaje de proteínas en proteínas virales mediante la integración de datos experimentales a gran escala para mejorar la predicción de variantes y la selección racional de candidatos a antígenos.

Yichen Zhou, Jonathan Golob, Amir Karimi, Stefan Bauer, Patrick SchwabTue, 10 Ma💻 cs

Minority-Triggered Reorientations Yield Macroscopic Cascades and Enhanced Responsiveness in Swarms

El artículo propone un mecanismo biológicamente plausible en el que una minoría de agentes desencadena reorientaciones en cascada, lo que explica cómo los enjambres logran una cohesión mantenida junto con una respuesta colectiva rápida y amplificada ante cambios ambientales.

Simon Syga, Chandraniva Guha Ray, Josué Manik Nava-Sedeño, Fernando Peruani, Andreas DeutschTue, 10 Ma🔬 physics

Hydrodynamic origins of symmetric swimming strategies

Este artículo demuestra que la simetría espacial en los movimientos de natación en fluidos viscosos no es solo una restricción biológica, sino un principio físico de optimización que garantiza la máxima eficiencia locomotora mediante una dualidad hidrodinámica entre giros simétricos y antisimétricos.

Takahiro Kanazawa, Kenta Ishimoto, Kyogo KawaguchiTue, 10 Ma🔬 physics

Modeling the spillover risk of highly pathogenic avian influenza from wild birds to cattle in Denmark: A data-driven risk assessment framework

Este estudio presenta un marco de evaluación de riesgos basado en datos que, al calibrarse con brotes en EE. UU., estima la probabilidad semanal de transmisión de la influenza aviar altamente patógena de aves silvestres al ganado bovino en Dinamarca, identificando periodos y zonas costeras de mayor riesgo para fortalecer la vigilancia y la preparación.

You Chang, Jose L. Gonzales, Erik Rattenborg, Mart C. M. de Jong, Beate ConradyThu, 12 Ma🧬 q-bio

Multi-factor modeling of chlorophyll-a in South China's subtropical reservoirs using long-term monitoring data for quantitative analysis

Este estudio utiliza datos de monitoreo a largo plazo de tres embalses en Guangdong, China, para desarrollar un modelo hidroecológico dinámico que demuestra que el nitrógeno total es un impulsor más influyente que el fósforo total en el crecimiento de clorofila-a, el cual se ve potenciado significativamente por temperaturas superiores a 25 °C.

Haizhao Guan, Yiyuan Niu, Chuanjin Zu, Ju KangThu, 12 Ma🧬 q-bio

Alignment conditions of the human eye for few-photon vision experiments

Este estudio utiliza un modelo ocular tridimensional y simulaciones de trazado de rayos para determinar que la alineación óptima para experimentos de visión con pocos fotones consiste en presentar los estímulos bajo un ángulo inferior de 12,6 grados respecto al eje visual, estableciendo además que la precisión angular requerida debe ser superior a 0,90 grados para mantener la estimulación en la zona más sensible de la retina.

T. H. A. van der Reep, W. LöfflerThu, 12 Ma🔬 physics.optics