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Evaluation Choices in Gene Regulatory Network Inference: An Empirical Analysis on DREAM4

Este estudio demuestra que en los bancos de pruebas de inferencia de redes de regulación génica de baja señal, las clasificaciones de rendimiento relativo de los métodos son altamente frágiles y se ven significativamente alteradas por las elecciones en los conjuntos de bordes candidatos y los tamaños de muestra, lo que subraya la necesidad crítica de informar los protocolos de evaluación junto con las puntuaciones de los bancos de pruebas.

Liu Chen2026-07-27
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The Ground-Truth Problem in Regulatory Genomics: An Empirical Analysis of Reference-Dependent Method Rankings

Este estudio demuestra que la clasificación de los métodos de inferencia de redes de regulación génica es altamente sensible a la elección de la red de referencia, revelando que más de la mitad de las comparaciones de métodos pueden invertirse dependiendo de la definición biológica y la cobertura de la verdad de campo, argumentando así que la selección de la referencia debe tratarse como una variable experimental crítica en lugar de un supuesto de fondo fijo.

Liu Chen2026-07-27
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How Much Does a Benchmark Weight Move a Leaderboard? An Empirical Analysis of Single-Cell Integration Rankings

Este análisis empírico del benchmark de integración de células individuales scIB revela que, si bien la clasificación publicada es localmente estable, el método ganador y el orden general son sensibles a cambios defendibles en las prioridades de peso y en la composición de las tareas, lo que sugiere que los informes de benchmarks deberían incluir curvas de sensibilidad y estimaciones de incertidumbre en lugar de depender únicamente de una única tabla de clasificación.

Liu Chen2026-07-27
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Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings

Este estudio empírico demuestra que el modelo fundacional biológico scGPT exhibe una asociación pequeña pero reproducible entre la geometría de su incrustación de genes estática y el vecindario genómico lineal, revelando que los genes ubicados cerca unos de otros en el mismo cromosoma son más similares en la representación del modelo que los genes distantes, a pesar de que esta información espacial no fue proporcionada explícitamente durante el entrenamiento.

Liu Chen2026-07-27
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The effect of dietary fiber based on fermentability and viscosity on the gut microbiome composition in chronic kidney disease: a systematic review of experimental and clinical trials

Esta revisión sistemática de 22 ensayos experimentales y clínicos concluye que las intervenciones de fibra dietética aislada producen efectos variables y en gran medida inconsistentes en la composición de la microbiota intestinal en pacientes con enfermedad renal crónica, sin que surja un patrón claro basado únicamente en la fermentabilidad o la viscosidad de la fibra.

Seyedeh Nooshan Mirmohammadali, Claudia Carrillo, Jason B. Reed, Brandon M. Kistler, Hannah E. Wilson, Bruce Hamaker, Sh (…)2026-07-27
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Regional sequence and embedding divergence among five grass OsNAC25-like proteins

Este estudio analiza cinco proteínas tipo OsNAC25 de gramíneas para demostrar que, si bien la identidad de secuencia y la confianza de la predicción estructural muestran consistentemente una mayor conservación en el dominio de unión al ADN N-terminal en comparación con la región C-terminal, los embeddings de los modelos de lenguaje de proteínas están significativamente influenciados por la identidad específica del candidato, destacando la secuencia de mijo de dedo como una prioridad para una mayor investigación filogenética.

Neil Sumanth2026-07-27
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A Curvature Guided Composite Kernel Framework for Differential Gene Selection in Cancer Transcriptomics

Este artículo propone un marco de núcleo compuesto guiado por la curvatura que aprovecha los principios de la mecánica cuántica para proyectar datos de RNA-seq en un espacio de Hilbert, utilizando un mecanismo de búsqueda gravitacional para identificar genes expresados diferencialmente mediante la minimización de la pérdida de representación en el colector latente.

Manan Gupta, Arka Prava Sarkar2026-07-27
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Natural Language Processing Psychometrics

Este artículo introduce la "Psicometría de PLN", un marco que aprovecha las personas de los Modelos de Lenguaje de Gran Tamaño y las técnicas de IA interpretable para vincular las puntuaciones de predicción psicológica con características lingüísticas específicas, demostrando que, si bien los datos sintéticos pueden exponer eficazmente los sesgos y predecir resultados de salud mental como la depresión y la satisfacción con la vida, no pueden reemplazar la validación humana.

Edoardo Sebastiano De Duro, Emma Franchino, Massimo Stella2026-07-27
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Comparative Transcriptomics Reveals a Conserved Antibacterial Immune Program with Pathogen-Specific Remodeling of Macrophage Cellular Functions

Este estudio utiliza la transcriptómica comparativa de cuatro infecciones bacterianas distintas para revelar que la inmunidad antibacteriana de los macrófagos se organiza en torno a un núcleo inflamatorio conservado, el cual está recubierto por una remodelación de las funciones celulares, como el metabolismo y la regulación del ciclo celular, específica de cada patógeno.

Umama Shahid, Sonia Dangi2026-07-27
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Compartment Mismatch Produces Near-Perfect Apparent Discrimination in Blood-Referenced DNA-Methylation Classifiers: A Public-Cohort Reanalysis of Hematologic-Malignancy Series

Este estudio demuestra que los clasificadores de metilación del ADN en sangre a menudo logran una discriminación aparente casi perfecta en cohortes de neoplasias hematológicas no debido a la detección de la enfermedad, sino a desajustes no contabilizados entre los compartimentos celulares de la referencia sana y las muestras enfermas, lo que hace que tales validaciones no corregidas sean ininterpretables.

Frederic Scheer2026-07-27