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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings

Este estudio empírico demuestra que los embeddings de genes preentrenados del modelo scGPT codifican inherentemente estructuras físicas de interacción proteína-proteína, como lo evidencia una similitud de coseno significativamente mayor entre pares de genes que interactúan en comparación con controles no interactuantes emparejados a través de múltiples bases de datos.

Liu Chen2026-07-24
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry

Este artículo demuestra empíricamente que el espacio de incrustación estática de genes y tokens del modelo fundacional scGPT codifica información detectable, aunque moderada, sobre interacciones proteína-proteína conocidas, como lo evidencia la similitud de coseno y las métricas de predicción de interacción significativamente más altas para pares de genes que interactúan en comparación con los controles que no interactúan.

Liu Chen2026-07-24
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Un análisis empírico de datos de secuenciación de ARN de célula única del páncreas humano demuestra que, para tipos celulares canónicos y abundantes, los modelos de anotación de tipos celulares se generalizan de manera robusta entre donantes con solo caídas de rendimiento modestas cuando se evalúan mediante la exclusión de un donante (leave-one-donor-out) en comparación con la división aleatoria, lo que subraya la necesidad de declarar explícitamente el alcance poblacional y técnico al reivindicar conocimiento extraído de datos de célula única.

Liu Chen2026-07-24
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization

Este estudio basado en simulaciones demuestra que los modelos fundacionales de célula única superan significativamente a los procesos clásicos de PCA en tareas de anotación con escasez de etiquetas (1–5 células etiquetadas por clase), pero ofrecen poca o ninguna ventaja sobre las líneas base lineales simples cuando hay suficientes etiquetas disponibles o al predecir respuestas a perturbaciones novedosas.

Liu Chen2026-07-24
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss

Este estudio empírico demuestra que, en la secuenciación de ARN de célula única, el agrupamiento por valores de expresión fijos supera a la codificación por rango de la mediana del corpus para la clasificación de células bajo pérdida de profundidad de secuenciación, revelando que la invarianza a la multiplicación del tamaño de la biblioteca no garantiza la robustez ante la pérdida estocástica de moléculas.

Liu Chen2026-07-24
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology

Este análisis empírico demuestra que restringir los espacios de candidatos en las evaluaciones de redes de regulación génica desestabiliza significativamente las clasificaciones de métodos entre tejidos, lo que indica que las elecciones en la definición de candidatos pueden alterar las conclusiones comparativas y deben reportarse junto con los resultados en lugar de tratarse como neutrales.

Liu Chen2026-07-24
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Bacteria getting wired: The porin-cytochrome complex Om(abc)B kickstarts extracellular electron transfer and nanowire formation

Este estudio revela que *Geobacter sulfurreducens* utiliza una estrategia de transferencia de electrones extracelulares secuencial de dos etapas donde el complejo porina-citocromo Om(abc)B permite primero la síntesis de alto gasto energético de los nanofibras de OmcS, permitiendo que las células cambien de un modo inalámbrico a uno cableado que expande drásticamente su acceso al Fe(III) para la replicación.

Nikhil Malvankar, Joseph Erwin, Kejue Jia, Cong Shen, Vanessa Saldivar, Aldo Salazar Morales, Vasilije Pentalic, Fadel S (…)2026-07-24
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Integrative genomic and network analyses map horizontal gene transfer dynamics in Pantoea agglomerans

A través de análisis genómicos y de redes integrativos de 165 genomas, este estudio revela que *Pantoea agglomerans* posee un pangenoma abierto impulsado por la transferencia horizontal de genes, mediada principalmente por plásmidos e influenciada por la agrupación de nichos ecológicos con *Pantoea vagans* como un donante clave.

Muhammad Sulman, Antonet M. Svircev, James T. Tambong, Walid Ellouze2026-07-24
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Bacteroides acidifaciens derived pentadecanoic acid alleviates MAFLD by sensitizing senescent macrophages to ferroptosis via JNK-JUN-NCOA4 pathway

Este estudio demuestra que el ácido pentadecanoico, un metabolito derivado de *Bacteroides acidifaciens*, alivia la MAFLD al sensibilizar a los macrófagos senescentes a la ferroptosis mediante la activación de la vía de señalización JNK-JUN-NCOA4, promoviendo así su eliminación y reduciendo la esteatosis hepática.

Rui Kong, Huiyu Wang, Nan Wang, Chunli Zhou, Yuqing Zhou2026-07-24
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Fast-Paced Breathwork as a Workplace Microbreak Preserves Attentional Orienting and Neural Task Engagement

Este estudio demuestra que un microdescanso de 15 minutos de respiración acelerada ayuda a los trabajadores del conocimiento empleados a mantener la orientación de la atención y el compromiso de la tarea neuronal, a diferencia de un podcast de control, al prevenir el aumento post-descanso en la captura de la atención y el poder alfa indicativos de la desvinculación.

Nele Dael, Austin Lokey, H. Steven Scholte, Alyson Meister2026-07-24