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La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.
Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.
Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.
Le papier présente MISSTE, un simulateur spatial multiscale modulaire qui intègre la logique intracellulaire, les interactions cellulaires et les signaux microenvironnementaux pour élucider les mécanismes régissant les écosystèmes tissulaires et optimiser la conception des thérapies cellulaires, comme démontré par son application à la thérapie CAR-T contre les tumeurs solides.
Le papier présente ProteomeScan, une boîte à outils informatique open source exploitant le calcul haute performance pour effectuer un criblage de docking moléculaire à l'échelle du protéome humain, permettant ainsi d'identifier et de valider des cibles protéiques pour des molécules thérapeutiques avec une précision supérieure aux méthodes existantes.
Cet article présente scDIVIDE, un cadre d'équations différentielles stochastiques neuronales qui infère les taux de division cellulaire et les dynamiques continues à partir de données de transcriptomique monocellulaire en intégrant le bruit de partitionnement, surpassant ainsi les méthodes existantes pour prédire les distributions cellulaires futures.
Le papier présente MICRON, un outil d'apprentissage automatique sans segmentation conçu pour identifier automatiquement les microenvironnements immunitaires spatiaux associés aux résultats cliniques à partir de données de protéomique par imagerie, comme démontré par son application réussie dans le cancer du cerveau.
Les auteurs présentent DigitalBrain, un atlas harmonisé de 16,35 millions de transcriptomes et un modèle fondation Transformer qui unifie les données transcriptomiques du cerveau humain à plusieurs échelles pour révéler son organisation hiérarchique et identifier les signatures moléculaires spécifiques du vieillissement.
L'article présente FlyPredictome, une base de données ouverte offrant un atlas structural de 1,5 million d'interactions protéine-protéine prédites chez la drosophile, validées par des données génétiques et utiles pour l'exploration des mécanismes cellulaires.
Le package R trackDJ propose une alternative conviviale et reproductible aux navigateurs génomiques interactifs pour la visualisation de données épigénomiques, permettant aux utilisateurs de générer facilement des figures de qualité publication via une interface haut niveau privilégiant les conventions aux configurations complexes.
Ce papier présente LinkLlama, un modèle de langage finement ajusté qui génère des connecteurs moléculaires chimiquement viables et géométriquement précis pour la découverte de médicaments en respectant des contraintes spatiales et physicochimiques via des prompts en langage naturel, surpassant ainsi les méthodes génératives 3D traditionnelles en termes de validité chimique.
Cette mise à jour 2026 du DIOPT présente l'amélioration de cet outil de prédiction d'orthologues intégrant plusieurs algorithmes, l'élargissement des espèces et des fonctionnalités, ainsi que le lancement d'une version dédiée aux arthropodes pour renforcer la recherche en génomique fonctionnelle.
Le papier présente DeepUMQA-Global, un cadre d'apprentissage profond qui estime avec une grande précision la fiabilité des modèles de repliement des protéines en surpassant les scores d'AlphaFold3 et les meilleures méthodes du CASP16, tout en démontrant une capacité unique à discriminer les états conformationnels alternatifs.