1243 articles
La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.
Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.
Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.
Cet article présente un cadre robuste et intégré permettant d'adapter de manière fiable les horloges épigénétiques conçues pour les puces à ADN aux données de séquençage à haut débit de l'ADN libre circulant, en comblant le fossé technologique grâce à des paramètres optimisés et à l'apprentissage par transfert.
Cette étude révèle que l'auto-immunité d'organe spécifique est souvent déclenchée par un remodelage du traitement des antigènes qui expose des auto-antigènes cryptiques normalement invisibles, distinguant ainsi ce mécanisme de la rupture de tolérance envers des antigènes déjà présentés.
Cet article présente une nouvelle méthode computationnelle basée uniquement sur les génotypes et l'analyse de l'ADN haplotypique qui permet de distinguer avec une précision quasi parfaite les demi-frères et sœurs des oncles/tantes et neveux/nièces dans les grandes biobanques, sans nécessiter d'informations généalogiques ni de parents génotypés.
Cet article établit un cadre formel démontrant que, sous le modèle des sites infinis, l'ordonnancement des génomes bactériens par la méthode du voisinage le plus proche (Neighbor Joining) permet de résoudre de manière optimale et polynomiale le problème de compression phylogénétique, expliquant ainsi l'efficacité empirique des heuristiques basées sur les arbres dans ce domaine.
GYDE est une plateforme collaborative open-source et web qui simplifie l'accès des chercheurs de laboratoire aux outils d'intelligence artificielle pour la conception et l'ingénierie de protéines, favorisant ainsi la découverte de médicaments grâce à une interface visuelle intuitive et des fonctionnalités de partage.
Cet article présente TattleTail, un outil bioinformatique innovant conçu pour distinguer avec précision les pyocines des prophages chez *Pseudomonas aeruginosa* en exploitant des marqueurs génétiques spécifiques et l'absence de gènes viraux canoniques, permettant ainsi d'identifier et de valider expérimentalement ces éléments bactéricides essentiels à la compétition bactérienne et au développement d'antimicrobiens ciblés.
KyDab est une base de données complète et soigneusement curated présentant des données de sélection d'anticorps générées sur la plateforme Kymouse, conçue pour soutenir le développement et l'évaluation de modèles d'intelligence artificielle dans la découverte d'anticorps.
Le papier présente MEIsensor, un cadre d'apprentissage profond qui détecte et classe directement les insertions d'éléments mobiles à partir de données de séquençage long-read, surpassant les outils existants en précision et en efficacité, notamment pour les insertions complexes et les régions génomiques hautement répétitives.
Cet article présente un cadre d'apprentissage par renforcement qui permet d'affiner les modèles de diffusion pour le docking moléculaire, améliorant ainsi la validité physique et la précision des poses prédites sans augmenter le coût computationnel à l'inférence.
SAPTICoN est un pipeline robuste sans code conçu pour permettre aux biologistes d'analyser de manière reproductible des données de transcriptomique en cellule unique, même pour des espèces non modèles et des tissus peu caractérisés, en automatisant la génération d'annotations génomiques et l'ensemble du flux de travail d'analyse.