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316 पेपर

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In-source fragmentation in mass spectrometry-based proteomics: prevalence, impact, and strategies for mitigation

यह अध्ययन प्रकट करता है कि इन-सोर्स फ्रैगमेंटेशन (ISF) पेप्टाइड पहचान को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ा देता है और प्रोटिओमिक्स में डेटा की गलत व्याख्या का जोखिम पैदा करता है, विशेष रूप से सेमी-ट्रिप्टिक और लघु पेप्टाइड्स के लिए, और डेटा की सटीकता सुनिश्चित करने के लिए इन आर्टिफैक्ट्स का पता लगाने और उन्हें फ़िल्टर करने हेतु एक क्रोमैटोग्राफिक रिटेंशन टाइम-आधारित दृष्टिकोण प्रस्तावित करता है।

Schramm, T., Gillet, L., Reber, V., de Souza, N., Gstaiger, M., Picotti, P.2026-03-30
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Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with its co-receptor the neuronal cell adhesion protein contactin 1

यह अध्ययन वायरल स्पाइक प्रोटीन और न्यूरोनल सह-रिसेप्टर कॉन्टैक्टिन 1 के बीच नैनोमोलर आत्मीयता (affinity) अंतःक्रिया को परिमाणित करके और क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचना को हल करके SARS-CoV-2 न्यूरोट्रोपिज्म के आणविक तंत्र को स्पष्ट करता है, जो यह प्रकट करता है कि वायरस एक अद्वितीय इंटरफेस के माध्यम से तंत्रिका तंत्र से कैसे जुड़ता है जो न्यूट्रलाइजिंग एंटीबॉडी एपिटोप्स के साथ ओवरलैप करता है।

Krepel, S. T., Hurdiss, D. L., Bosch, B. J., Snijder, J., Janssen, B. J. C.2026-03-29
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Bile-mediated ToxS homodimerization provides a model for ToxRS periplasmic interactions

यह अध्ययन प्रकट करता है कि पित्त लवण ग्लाइकोकोलेट (glycocholate) एक स्ट्रैंड-स्वैप्ड (strand-swapped) तंत्र के माध्यम से ToxS होमोडाइमेराइजेशन (homodimerization) को प्रेरित करता है, जो इस बात का एक संरचनात्मक मॉडल प्रदान करता है कि कैसे ToxRS प्रणाली *Vibrio* रोगजनकों में विषाक्तता को नियंत्रित करने के लिए पित्त को महसूस करती है।

Kim, M., Balasubramanian, D., Kull, F. J., Salvador Almagro-Moreno, S., Midgett, C. R.2026-03-28
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Hydrogen-bonding changes cause differences in imipenem breakdown activity in OXA-48 variants

यह अध्ययन यह प्रकट करने के लिए मल्टीस्केल सिमुलेशन का उपयोग करता है कि β\beta5-β\beta6 लूप में उत्परिवर्तन (mutations) द्वारा संचालित सक्रिय स्थल (active site) के भीतर हाइड्रोजन-बॉन्डिंग परिवर्तन, इमिपेनम डीएसिलेशन (imipenem deacylation) और बाइंडिंग की गतिशीलता और दक्षता को बदलते हैं, जिससे OXA-48 वेरिएंट्स के बीच देखे गए विशिष्ट हाइड्रोलिटिक गतिविधियों की व्याख्या होती है।

Wang, D., Mulholland, A. J., Spencer, J. J., van der Kamp, M. W.2026-03-28
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Catalytic Efficiency of Conserved Metabolic Enzymes Across Evolutionary Complexity

यह अध्ययन प्रकट करता है कि संरक्षित चयापचय एंजाइमों की उत्प्रेरक दक्षता जीव संबंधी जटिलता के आधार पर किसी सार्वभौमिक प्रवृत्ति का पालन नहीं करती है, बल्कि इसके बजाय चयापचय संबंधी मांग और नियामक आवश्यकताओं से संबंधित विशिष्ट संदर्भ-विशिष्ट चयन दबावों द्वारा संचालित एंजाइम-विशिष्ट और पथ-निर्भर विविधताओं को प्रदर्शित करती है।

Chauhan, V., Pan, L.2026-03-28
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Non-fibrillar prion protein oligomers transmit structural information during early assembly

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि गैर-तंतुमय प्रियन प्रोटीन ओलिगोमर्स (non-fibrillar prion protein oligomers) और क्षणिक असेंबली मध्यवर्ती, एक β\beta-शीट-समृद्ध स्कैफोल्ड (scaffold) से जुड़ी एक मॉड्यूलर प्रक्रिया के माध्यम से संरचनात्मक फोल्डिंग सूचना को संग्रहीत और प्रसारित कर सकते हैं, जिससे शास्त्रीय मॉडल के तंतु-अंत-मध्यस्थ टेम्पलेटिंग (fibril-end-mediated templating) से परे प्रियन प्रतिमान (prion paradigm) का विस्तार होता है।

Rezaei, H., Prigent, S., Deniset Besseau, A., Mathurin, J., Igel, A., Klute, H., Bohl, J., van der Rest, G., Lecomte, S. (…)2026-03-27
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Impact of viral membrane oxidation on SARS-CoV-2 spike protein transmembrane anchoring stability

यह अध्ययन आणविक गतिशीलता सिमुलेशन (molecular dynamics simulations) का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि जबकि SARS-CoV-2 झिल्ली लिपिड का आंशिक ऑक्सीकरण स्पाइक प्रोटीन एंकरिंग पर नगण्य प्रभाव डालता है, व्यापक ऑक्सीकरण लिपिड क्रम और कोलेस्ट्रॉल क्लस्टर को बाधित करके इस स्थिरता को महत्वपूर्ण रूप से कमजोर कर देता है, जो यह सुझाव देता है कि लिपिड पेरोक्सीडेशन यांत्रिक बलों के साथ मिलकर वायरल निष्क्रियता को सुगम बनाने के लिए सहक्रियात्मक रूप से कार्य करता है।

Ghasemitarei, M., Gyursanszky, C., Karttunen, M., Ala-Nissila, T.2026-03-27
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Uncovering Functional Distant Mutations by Ultra-High-Throughput Screening of Dehalogenases

एक भारी फ्लोरोजेनिक सबस्ट्रेट के साथ अल्ट्राहाई-थ्रूपुट फ्लोरेसेंस-एक्टिवेटेड ड्रॉपलेट सॉर्टिंग का उपयोग करते हुए, शोधकर्ताओं ने सफलतापूर्वक एंजाइम LinB में उन डिस्टल उत्परिवर्तनों (distal mutations) की पहचान की जो कन्फर्मेशनल डायनेमिक्स और सबस्ट्रेट एक्सेस को नियंत्रित करके उत्प्रेरक दक्षता को बढ़ाते हैं और विशिष्टता को बदलते हैं, जो तर्कसंगत डिजाइन (rational design) के माध्यम से अनुमान लगाने में कठिन कार्यात्मक अनुकूलन को उजागर करने के लिए एक शक्तिशाली दृष्टिकोण का प्रदर्शन करता है।

Faldynova, H., Kovar, D., Jain, A., Slanska, M., Martinek, M., Jakob, A., Sulova, M., Vasina, M., Planas-Iglesias, J., M (…)2026-03-26
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Chiral methionine oxidation reagents reveal stereospecific proteome modifications

यह अध्ययन प्रोटिओम में स्टीरियोस्पेसिफिक मेथियोनाइन ऑक्सीकरण स्थलों को मैप करने के लिए एनैन्टीओमेरिक ऑक्साज़िडाइन अभिकर्मकों (enantiomeric oxaziridine reagents) को पेश करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि इन संशोधनों का काइरल विनियमन (chiral regulation) प्रोटीन कार्यों को एलोस्टेरिक रूप से बाधित कर सकता है और विशिष्ट ऑक्सीडेटिव स्ट्रेस प्रतिक्रियाओं को बढ़ा सकता है।

Gonzalez-Valero, A., Page, A. C. S., Bertoch, J. M., Alsarhan, F., Kim, J., Alazali, A. A., Srinivas, R. R., Xie, X., Re (…)2026-03-26
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Integrative Structural Modeling of Intrinsically Disordered Regions in a Human HDAC2 Chromatin Remodeling Complex

यह अध्ययन मानव HDAC2:MIER1:MHAP1 क्रोमैटिन रिमॉडलिंग कॉम्प्लेक्स के संरचनात्मक संयोजन को स्पष्ट करने के लिए प्रयोगात्मक क्रॉसलिंकिंग को कई मॉडलिंग तकनीकों के साथ संयोजित करने वाले एक एकीकृत दृष्टिकोण का उपयोग करके, अंतर्निहित रूप से अव्यवस्थित क्षेत्रों (intrinsically disordered regions) को मॉडल करने में अल्फाफोल्ड (AlphaFold) जैसे मानक कम्प्यूटेशनल उपकरणों की सीमाओं को दूर करता है।

Nde, J., Kempf, C., Zimmermann, R., Cesare, J., Zhang, Y., Workman, J., Florens, L., Washburn, M.2026-03-25