1211 पेपर
थायरा (Thyra) एक आधुनिक पायथन लाइब्रेरी है जो डेटा विखंडन को दूर करने, इंटरऑपरेबिलिटी को बढ़ाने और स्थानिक ओमिक्स (spatial omics) इकोसिस्टम के भीतर एकीकृत बहु-मोडल विश्लेषण को सक्षम करने के लिए मास स्पेक्ट्रोमेट्री इमेजिंग को स्पेशियल डेटा (SpatialData) फ्रेमवर्क के साथ जोड़ती है।
यह शोध पत्र scTREND को प्रस्तुत करता है, जो एक एनोटेशन-मुक्त (annotation-free) कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो एकल-कोशिका ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (single-cell transcriptomics) को नैदानिक परिणामों के साथ एकीकृत करता है ताकि समय-परिवर्तनीय, स्थिति-निर्भर कोशिका-स्तरीय खतरों (cell-level hazards) को मॉडल किया जा सके, जिससे पूर्व-निर्धारित कोशिका-प्रकार लेबल की आवश्यकता के बिना विविध रोगों और स्थानिक या बल्क डेटा मोडैलिटीज में गतिशील जोखिम मूल्यांकन को सक्षम बनाया जा सके।
लेखक TLand प्रस्तुत करते हैं, जो RegulomeDB डेटाबेस पर आधारित एक नवीन मशीन-लर्निंग आर्किटेक्चर है, जो सेल- और ऑर्गन-विशिष्ट नॉन-कोडिंग रेगुलेटरी वेरिएंट्स की भविष्यवाणी करने और उन्हें प्राथमिकता देने में मौजूदा मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करता है, जिससे मानव जीनोम में GWAS-जुड़े SNPs की व्याख्या में सुधार होता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जनरेटिव मॉडल लॉग-लाइकलीहुड (log-likelihoods) और एंटीबॉडी बाइंडिंग एफिनिटी के बीच का सहसंबंध इसलिए उत्पन्न होता है क्योंकि ये मॉडल अंतर्निहित रूप से विकासवादी प्रायर्स (evolutionary priors) को सीखते हैं, जो एक ज्ञात पैरेंटल बाइंडर के विरुद्ध गणना किए गए सरल BLOSUM समानता स्कोर के समकक्ष प्रदर्शन करते हैं।
यह शोध पत्र एक नवीन PARAFAC2-आधारित विश्लेषणात्मक ढांचे को प्रस्तुत करता है जो अनुदैर्ध्य माइक्रोबायोम डेटा (longitudinal microbiome data) में विषय-विशिष्ट अस्थायी विविधताओं को स्पष्ट रूप से कैप्चर करके मानक CP मॉडलों की सीमाओं को दूर करता है, जिससे उन प्रतिलिपि योग्य, व्यक्तिगत विकासात्मक हस्ताक्षरों की खोज संभव हो पाती है जिन्हें पहले अनदेखा कर दिया गया था।
यह शोध पत्र SWARM को प्रस्तुत करता है, जो एक एआई-आधारित ढांचा है जो नैनोपोर अनुक्रमण (nanopore sequencing) में उच्च फाल्स-पॉजिटिव दरों पर विजय पाकर सिंगल-मॉलिक्यूल आरएनए मॉडिफिकेशन प्रोफाइलिंग की सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करता है, जिससे नवीन मॉडिफिकेशन साइटों की खोज संभव होती है और एपिट्रांसक्रिप्टोमिक समन्वय के मौजूदा मॉडलों को चुनौती देते हुए स्यूडोयूरिडिन (pseudouridine) जमाव के बारे में नई अंतर्दृष्टि प्रकट होती है।
यह शोधपत्र OptMini प्रस्तुत करता है, जो एक कुशल एल्गोरिदम है जो ब्रूट-फोर्स सर्च और इंटीजर लीनियर प्रोग्रामिंग की सीमाओं को पार करके बड़े विंडो साइज़ के लिए न्यूनतम-घनत्व वाले मिनीमाइज़र (minimum-density minimizers) की गणना करता है, और साथ ही मिनीमाइज़र घनत्व और यूनिवर्सल हिटिंग सेट्स के बीच के संबंध में नए अंतर्दृष्टि भी प्रदान करता है।
यह शोध पत्र AniAnn को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स, अलाइनमेंट-मुक्त एल्गोरिदम है जो विविध यूकेरियोटिक जीनोमों में टैंडम रिपीट एरेज़ और सैटेलाइट डीएनए के बड़े ब्लॉकों को मौजूदा विधियों की तुलना में काफी कम रनटाइम के साथ तेजी से और सटीक रूप से एनोटेट करने के लिए फास्ट एवरेज न्यूक्लियोटाइड आइडेंटिटी अनुमानों का लाभ उठाता है।
यह शोध पत्र GLYCAM बैक्टीरियल कार्बोहाइड्रेट बिल्डर का परिचय देता है, जो एक उन्नत वेब टूल है जो जटिल बैक्टीरियल ग्लाइकेन्स के लिए सहज 3D संरचनात्मक मॉडल और आणविक गतिशीलता (मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स) इनपुट फ़ाइलों के निर्माण को सुगम बनाने के लिए बैक्टीरियल मोनोसेकेराइड मापदंडों और डेरिवेटिव्स को एकीकृत करता है।
LocAlign एक ज्यामितीय डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो लिगैंड-बाउंड जोड़ों पर कमजोर रूप से पर्यवेक्षित प्रशिक्षण के माध्यम से परमाणु-स्तर के पत्राचार और 3D सुपरइम्पोजिशन की पुनरावृत्ति करके भविष्यवाणी करने के द्वारा स्थानीय प्रोटीन संरचनात्मक संरेखण को सक्षम बनाता है, जो ग्राउंड-ट्रुथ संरेखणों की आवश्यकता के बिना विविध प्रोटीन फोल्ड्स में कार्यात्मक रूपांकनों (functional motifs) की प्रभावी ढंग से पहचान करता है।