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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

Ark-ADMET: endpoint-specific selection of molecular representations and hyperparameters for gradient-boosted ADMET models under the Therapeutics Data Commons benchmark protocol

Ark-ADMET अध्ययन यह प्रदर्शित करता है कि सभी कार्यों के लिए एक समान आर्किटेक्चर लागू करने के बजाय, व्यक्तिगत ADMET एंडपॉइंट्स के लिए आणविक निरूपण (molecular representations) और CatBoost हाइपरपैरामीटर्स को अनुकूलित करना, बिना किसी नए मॉडल आर्किटेक्चर की आवश्यकता के, Therapeutics Data Commons बेंचमार्क पर प्रतिस्पर्धी या बेहतर प्रदर्शन प्रदान करता है।

Shi, Y., Luo, H., Liu, F., Zhao, S.2026-11-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

A validation approach for RNA structures based on deep-learning 3D-structure predictions

यह शोध पत्र RNA के लिए Conkit-validate टूल का एक विस्तार प्रस्तुत करता है, जो एक डीप-लर्निंग-आधारित, मैपलेस सत्यापन पद्धति पेश करता है जो संरचनात्मक त्रुटियों, जैसे कि रजिस्टर मिसअसाइनमेंट का पता लगाने के लिए कॉन्टैक्ट प्रेडिक्शन्स का लाभ उठाता है, विशेष रूप से उन मामलों में जहाँ पारंपरिक मैप-आधारित दृष्टिकोण कम-रिज़ॉल्यूशन वाले प्रायोगिक डेटा द्वारा सीमित होते हैं।

Voorspoels, A., Simpkin, A. J., Keegan, R., Chojnowski, G., Rigden, D. J.2026-11-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

Redesigning the Eterna100 RNA design benchmark for the Vienna 2 folding engine

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि आरएनए (RNA) डिज़ाइन एल्गोरिदम का प्रदर्शन फोल्डिंग इंजनों में उपयोग किए जाने वाले थर्मोडायनामिक मॉडलों से आंतरिक रूप से जुड़ा हुआ है, जिससे एक संशोधित एटरना100-V2 (Eterna100-V2) बेंचमार्क का निर्माण होता है जो यह प्रकट करता है कि पूर्व मूल्यांकन त्रुटियों और इंजन-विशिष्ट चुनौतियों के कारण मूल और अद्यतित दोनों बेंचमार्क अपने इच्छित परिवेशों के तहत अनसुलझे बने हुए हैं।

Koodli, R. V., Rudolfs, B., Romano, J., Wayment-Steele, H. K., Dunlap, W. A., Eterna Structure Designers,, Das, R.2026-11-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

Parameter-Efficient Adaptation of Protein Language Models for Dual-Target Antimicrobial Peptide Discovery Under Strict Homology Constraints

यह शोध पत्र ESM-2 और LoRA पर आधारित एक पैरामीटर-कुशल मल्टी-टास्क ट्रांसफर लर्निंग फ्रेमवर्क पेश करता है जो सख्त होमोलॉजी बाधाओं के तहत जीवाणुरोधी क्षमता (antibacterial potency) और हेमोलिटिक विषाक्तता (hemolytic toxicity) दोनों की भविष्यवाणी करने में फ्रोजन प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल्स की सीमाओं को सफलतापूर्वक पार करता है, जिससे बेहतर चिकित्सीय सूचकांकों वाले अत्यधिक चयनात्मक रोगाणुरोधी पेप्टाइड्स की खोज सक्षम होती है।

Jat, R., Ejaz, S. R.2026-11-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

A compact motif vocabulary is differentially interpreted across human cell types

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि विविध मानव कोशिका प्रकार अलग-अलग नियामक शब्दावलियों से नहीं, बल्कि क्रोमैटिन गेटिंग और कोशिका-प्रकार-विशिष्ट रीडर प्रोटीनों के माध्यम से डीएनए रूपांकनों (motifs) के एक संक्षिप्त, साझा सेट की संदर्भ-निर्भर पहुंच और व्याख्या से उत्पन्न होते हैं।

Shen, S., Wang, W.2026-11-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

GraphExperiment: infrastructure for high-dimensional quantitative data and associated networks in R/Bioconductor

GraphExperiment एक नया R/Bioconductor पैकेज है जो SingleCellExperiment क्लास का विस्तार करता है ताकि संबंधित फीचर- और ऑब्जर्वेशन-स्तर के नेटवर्क के साथ उच्च-आयामी मात्रात्मक ओमिक्स डेटा को संग्रहीत करने और हेरफेर करने के लिए एक मानकीकृत, सिंक्रोनाइज़्ड इंफ्रास्ट्रक्चर प्रदान किया जा सके।

Almeida-Silva, F.2026-11-02
💻 जैव सूचना विज्ञान

SpaceBlocks: an expert-supervised workflow for cohort-level spatial transcriptomics analysis

SpaceBlocks एक पुनरुत्पादक (reproducible), विशेषज्ञ-पर्यवेक्षित Snakemake वर्कफ़्लो है जो स्केलेबल कोहोर्ट-स्तरीय विश्लेषण को सक्षम करने के लिए कई प्लेटफार्मों में विषम सिंगल-सेल रिज़ॉल्यूशन स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) डेटा को समरूप बनाता है, जैसा कि विविध जैविक डेटासेट में नवीन कोशिका प्रकारों, मार्कर अभिव्यक्ति पैटर्न और रोग-संबद्ध ट्रांसक्रिप्शनल अंतरों की पहचान करने की इसकी क्षमता द्वारा प्रदर्शित किया गया है।

Oterino-Sogo, S., Mechkouri, N., Garcia-Ruano, D., Groppi, A., Rezvani, H.-R., Nikolski, M.2026-11-02
💻 जैव सूचना विज्ञान

Bayesian model-based method for clustering gene expression time series with multiple replicates

यह शोध पत्र MMDPGP प्रस्तुत करता है, जो एक बायेसियन मॉडल-आधारित विधि है जो प्रत्येक प्रतिकृति (replicate) को अलग से मॉडल करके मल्टीपल रेप्लिकेट्स वाले जीन एक्सप्रेशन टाइम सीरीज़ को क्लस्टर करने के लिए डिरिचलेट प्रोसेस गॉसियन प्रोसेसेज का उपयोग करती है, जिससे अत्याधुनिक दृष्टिकोणों की तुलना में बेहतर क्लस्टरिंग सटीकता और जैविक अंतर्दृष्टि प्राप्त होती है।

Nushi, E., Douillard, F. P., Selby, K., Lindström, M., Honkela, A.2026-11-02
💻 जैव सूचना विज्ञान

Interpreting graph neural networks reveals microbial association patterns in inflammatory bowel diseases

व्यक्तिगत-विशिष्ट सूक्ष्मजीवी जुड़ाव नेटवर्क (microbial association networks) पर प्रशिक्षित ग्राफ न्यूरल नेटवर्क की व्याख्या करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि बैक्टेरॉइडल्स (Bacteroidales) प्रजातियों के समन्वित सह-प्रचुरता पैटर्न (coordinated co-abundance patterns), न कि केवल सरल विभेदक प्रचुरता (differential abundance), इन्फ्लेमेटरी बाउल डिजीज (IBD) के महत्वपूर्ण भविष्य कहने वाले लक्षण हैं जिन्हें पारंपरिक मशीन लर्निंग मॉडल अक्सर अनदेखा कर देते हैं।

Cunha, A. F., Vidal, E., Barranco-Altirriba, M., Amigo, T., Assis, J. G., Nakaya, H. I., Santos, A.2026-11-01
💻 जैव सूचना विज्ञान

Single-cell perturbation prediction near experimental reproducibility with GENESIS

यह शोध पत्र GENESIS को प्रस्तुत करता है, जो एक जनरेटिव एनर्जी-बेस्ड फ्रेमवर्क है जो प्रयोगात्मक पुनरुत्पादकता के करीब सटीकता के साथ सिंगल-सेल परटर्बेशन प्रतिक्रियाओं की भविष्यवाणी करता है, जिससे व्यापक, कम-गहराई वाले मापन और कम्प्यूटेशनल इन्फरेंस द्वारा संवर्धित एक पूरक रणनीति सक्षम होती है ताकि व्यापक प्रयोगात्मक एटलस की अव्यवहार्यता को दूर किया जा सके।

Conci, R., D'Ascenzo, D., Cultrera di Montesano, S., Raghavan, S., Winter, P. S., Van Allen, E. M., Crawford, L., Lotter (…)2026-11-01