bioinformatics पेपर

Towards reconstruction of the human interactome from positive and negative experimental evidence

यह शोध पत्र प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन (PPI) स्क्रीन्स के प्रयोगात्मक खोज स्थान (experimental search space) को पुनर्गठित करने के लिए एक कार्यप्रणाली प्रस्तुत करता है ताकि संभावित रूप से गैर-इंटरेक्टिंग प्रोटीन युग्मों का अनुमान लगाया जा सके, जिससे बेहतर त्रुटि दर अनुमान, मॉडल अंशांकन (calibration), और मानव इंटरैक्टोम के अधिक सटीक और पूर्ण मानचित्रण के लिए बेहतर मशीन लर्निंग प्रशिक्षण सक्षम हो सके।

As, J., Pelz, K., Bernett, J., Battini, F., List, M., Blumenthal, D. B., Schaefer, M. H.2026-09-13

💻 bioinformatics

Inverse FoldDir: Structure-conditioned Protein Sequence Design by Dirichlet Flow Matching

यह शोध पत्र इनवर्स फोल्डडायरेक्शन (Inverse FoldDir) को प्रस्तुत करता है, जो डिरिचलेट फ्लो मैचिंग (Dirichlet flow matching) पर आधारित एक नियंत्रणीय इनवर्स-फोल्डिंग विधि है, जो अमीनो एसिड संभाव्यता सिम्प्लेक्स (amino acid probability simplex) पर पुनरावृत्तिपूर्ण डिनोइजिंग (iterative denoising) करके उपयोगकर्ता-निर्धारित बाधाओं के साथ विविध, प्रयोगात्मक रूप से मान्य प्रोटीन अनुक्रम उत्पन्न करता है, जिससे अत्याधुनिक संरचनात्मक रिकवरी मेट्रिक्स प्राप्त होता है और एक एंटी-जीएफपी नैनोबॉडी का सफल कार्यात्मक पुनर्रचना (functional redesign) संभव होता है।

TARTICI, A., Stojkovic, M., Tian, A., Jewett, M. C., Altman, R. B., Wittmann, B. J.2026-09-11✓ Author reviewed ⓘ

💻 bioinformatics

Perturbation-Aware Neural ODE (pNODE) Learns Microbiome Dynamics from Clinical Data and Predicts Gut-Borne Bloodstream Infections in Patients Receiving Cancer Treatment

यह अध्ययन पर्टर्बेशन-अवेयर न्यूरल ओडीई (pNODE) फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है, जो माइक्रोबियल प्रचुरता और समय-समाधानित एंटीबायोटिक पर्टर्बेशन के एकीकरण के माध्यम से एलोजेनिक हेमेटोपॉयटिक सेल ट्रांसप्लांटेशन से गुजर रहे कैंसर रोगियों में गट माइक्रोबायोम डायनेमिक्स का सटीक पूर्वानुमान लगाकर और गट-बोर्न ब्लडस्ट्रीम संक्रमणों की भविष्यवाणी करके पारंपरिक मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Stamper, I. C., Aeria, B., Xavier, J.2026-09-10

💻 bioinformatics

Systematic benchmarking of small variant calling pipelines for long-read RNA sequencing data

यह अध्ययन विविध डेटासेट और प्रौद्योगिकियों के माध्यम से लॉन्ग-रीड आरएनए अनुक्रमण (long-read RNA sequencing) के लिए छोटे वेरिएंट कॉलिंग और हैप्लोटाइप फेज़िंग पाइपलाइनों का व्यवस्थित रूप से बेंचमार्किंग करता है, जिससे यह प्रकट होता है कि अनुक्रमण गुणवत्ता प्राथमिक प्रदर्शन निर्धारक है जबकि विशिष्ट संदर्भ के आधार पर Clair3-RNA, DeepVariant, और longcallR को शीर्ष कॉलर्स के रूप में और WhatsHap या HapCUT2 को इष्टतम फेज़िंग टूल के रूप में पहचानता है।

Wang, J., Robinson, M. D.2026-09-10

💻 bioinformatics

Classical baselines outperform released deep-learning ITS classifiers, which collapse on ITS2 where predictions follow the flanking regions

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जहाँ पूर्ण-लंबाई वाले संदर्भों पर फंगल ITS अनुक्रमों के लिए डीप-लर्निंग क्लासिफायर उच्च सटीकता प्राप्त करते हैं, वहीं वे आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले ITS2 सबरीजन पर नाटकीय रूप से विफल हो जाते हैं क्योंकि वे स्वयं बारकोड के बजाय उसके आस-पास के क्षेत्रों (फ्लैंकिंग रीजन्स) पर निर्भर करते हैं, जिससे वास्तविक पर्यावरणीय मेटाबारकोडिंग परिदृश्यों में शास्त्रीय बेसलाइन विधियाँ उन्हें महत्वपूर्ण रूप से पीछे छोड़ देती हैं।

O'Brien, A., Gardette, A., Marin, C., Parada, P.2026-09-10

💻 bioinformatics

Reference-guided pseudotime inference across species and biological contexts

यह शोध पत्र Cavebear को पेश करता है, जो एक मशीन लर्निंग फ्रेमवर्क है जो एक प्रजाति या स्थिति के संदर्भ scRNA-seq टाइम-सीरीज़ डेटा का लाभ उठाकर उन क्वेरी संदर्भों में सटीक रूप से सूडोटाइम (pseudotime) का अनुमान लगाता है और जैविक उम्र बढ़ने या रोग की प्रगति को मैप करता है जिनमें विश्वसनीय टेम्पोरल लेबल का अभाव होता है।

Rittenhouse, N., Dannenfelser, R., Filippova, G. N., Yao, V., Deng, X., Disteche, C. M., Zhang, R.2026-09-10

💻 bioinformatics

Scaling Quantum Optimisation Beyond Hardware Limits for Real-World Scientific Workloads: Genome Assembly on Current Quantum Hardware

यह शोध प्रदर्शित करता है कि हैमिल्टोनियन ऑटो डीकंपोजिशन ऑप्टिमाइजेशन फ्रेमवर्क (HADOF), वास्तविक क्वांटम हार्डवेयर पर 7.1 मिलियन बेस पेयर के *Pseudomonas aeruginosa* जीनोम को सफलतापूर्वक संयोजित करने के लिए वर्तमान NISQ हार्डवेयर सीमाओं को पार कर सकता है, जो 99.348% जीनोम अंश प्राप्त करके बड़े पैमाने के वैज्ञानिक वर्कलोड के लिए स्केलेबल क्वांटम ऑप्टिमाइजेशन की व्यवहार्यता को सिद्ध करता है।

G Sankar, N., Miliotis, G., Caton, S.2026-09-09

💻 bioinformatics

Predicted and experimental protein-ligand coordinates with distance labels and evaluation splits

यह शोध पत्र PLI-Parallax प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक डेटासेट है जो अनुमानित और प्रयोगात्मक प्रोटीन-लिगैंड संरचनाओं को कैलिब्रेटेड सटीकता लेबल और कठोर मूल्यांकन विभाजन के साथ एकीकृत करता है, जिससे प्रयोगात्मक ग्राउंड ट्रुथ की अनुपस्थिति में भी विधि सहमति के माध्यम से भविष्यवाणी विश्वसनीयता का अनुमान लगाना सक्षम होता है।

Klamt, T.2026-09-09

💻 bioinformatics

Atlas-scale single-cell analysis beyond in-memory paradigm with scAtlasPy

scAtlasPy एक नवीन, डिस्क-रेसिडेंट कंप्यूटिंग फ्रेमवर्क है जो मानक वर्कस्टेशन की मेमोरी सीमाओं को दूर करता है, जिससे मौजूदा अत्याधुनिक प्लेटफॉर्मों की तुलना में काफी कम मेमोरी उपयोग और उच्च प्रसंस्करण गति के साथ विशाल सिंगल-सेल एटलस (जैसे, 10 करोड़ कोशिकाएं) का पूर्ण-रिज़ॉल्यूशन विश्लेषण सक्षम होता है।

Xu, H., Ye, Y., Zhang, S., Xie, R., Li, J., Lin, J., Hu, Y., Gao, L.2026-09-08

💻 bioinformatics

A shared functional organisation underlies vascular disease remodelling

यह अध्ययन संवहनी रोग (vascular disease) में एक पुनरुत्पादनीय, उच्च-स्तरीय "कार्यात्मक संगठन" की पहचान करता है जो व्यक्तिगत जीन या पथ विविधताओं से परे जाता है, यह प्रकट करते हुए कि विविध स्थितियों और कोशिका प्रकारों में हृदय संबंधी पुनर्गठन छह संरक्षित जैविक कार्यों के एक समन्वित, गतिशील पुनर्संतुलन द्वारा संचालित होता है।

Bradford, A., Bidula, S., Fabian, L., Warren, D.2026-09-08

← पिछला अगला →