bioinformatics पेपर

AnnoAudit: a marker-based protocol for auditing single-cell atlas annotations reveals systematic, state-dependent annotation failure in a widely used traumatic brain injury resource

यह शोधपत्र AnnoAudit को प्रस्तुत करता है, जो एक मार्कर-आधारित प्रोटोकॉल है जो व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले सिंगल-सेल एटलस, जैसे कि CEREBRI ट्रॉमैटिक ब्रेन इंजरी रिसोर्स में व्यवस्थित एनोटेशन त्रुटियों को प्रकट करता है, जहाँ ग्लूटामेटर्जिक न्यूरॉन्स के रूप में लेबल किए गए अधिकांश सेल वास्तव में गैर-न्यूरोनल हैं, जिससे महत्वपूर्ण जैविक आर्टिफैक्ट्स उत्पन्न होते हैं जिन्हें पुन: एनोटेशन पर सुधारा जाता है।

Zhang L, Yan Q, Rao H, Li M, Qian X, Zhang Y, Gao R2026-09-08✓ Author reviewed ⓘ

💻 bioinformatics

bioq: a unified, agent-native command-line interface to a fleet of AI drug-discovery methods

bioq एक ओपन-सोर्स, लाइटवेट कमांड-लाइन इंटरफेस है जो एक सर्वरलेस गेटवे के माध्यम से 38+ कंटेनरीकृत एआई ड्रग-डिस्कवरी टूल्स के बेड़े तक पहुंच को एकीकृत करता है, जिससे शोधकर्ता और स्वचालित एजेंट स्थानीय हार्डवेयर या संघर्षित सॉफ़्टवेयर निर्भरताओं को प्रबंधित किए बिना एक लैपटॉप से जटिल वर्कफ़्लो को निष्पादित करने में सक्षम होते हैं।

Liu, Z., Wang, Y.2026-09-08

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End-to-end plaque counting and virus titration from laboratory plate images with deep learning

यह शोध पत्र Titra को प्रस्तुत करता है, जो एक एंड-टू-एंड डीप लर्निंग वर्कफ़्लो है जो वायरस टाइट्रेशन की संपूर्ण प्रक्रिया को स्वचालित करता है—वेल डिटेक्शन और प्लाक सेगमेंटेशन से लेकर PFU/mL अनुमान तक—जो विविध वायरल प्रजातियों और प्लेट प्रारूपों में मैनुअल एनोटेशन के साथ मजबूत सहमति प्रदर्शित करता है।

Moris, E., Costable, A., Rey, S., Ferreiro, I., Hurtado, J., Villagran, M., Luciano, L. L., Vazquez, A. E., Ramos, J., M (…)2026-09-08

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How do Co-Folding Models Organize Structural Information?

यह शोध पत्र बोल्ट्ज़-1 (Boltz-1) को-फोल्डिंग मॉडल का विश्लेषण करता है जिससे यह प्रकट होता है कि संरचनात्मक जानकारी तीन विशिष्ट धाराओं—एकल, इंट्रा-चेन (intra-chain), और इंटर-चेन (inter-chain) निरूपणों—में व्यवस्थित है जो एक मिक्स-कंप्रेस-रिफाइन (Mix-Compress-Refine) प्रक्षेपवक्र का अनुसरण करती हैं, जहाँ इंट्रा-चेन ज्यामिति काफी हद तक पूर्व-निर्धारित होती है जबकि इंटर-चेन व्यवस्थाओं का निर्माण और सामंजस्य डिफ्यूजन मॉड्यूल द्वारा प्रगतिशील रूप से किया जाता है।

Park, M., Kim, S., Moon, S., Kim, H., Jeon, G., Kim, W. Y.2026-09-08

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Keloid transcriptomics reveal heterogeneity in fibroblast subtype enrichment, gene expression, and immune cell responses

यह अध्ययन केलॉइड और मेलों (मैच्ड) सामान्य त्वचा ऊतकों के बल्क आरएनए-सीक (RNA-Seq) विश्लेषण का उपयोग यह प्रदर्शित करने के लिए करता है कि कोशिका प्रकार की विषमता (cell type heterogeneity) को ध्यान में रखने से फाइब्रोब्लास्ट और प्रतिरक्षा कोशिकाओं के संवर्धन, उनकी विशिष्ट अंतःक्रियाओं, और केलॉइड रोग के अंतर्निहित प्रमुख जीन अभिव्यक्ति हस्ताक्षरों के बीच स्पष्ट अंतर प्रकट होते हैं।

Panzer, J. J., Pan, M., Nair, M., Loveless, I. M., Adrianto, I., Huang, L., Chitale, D., Francescone, R., Vendramini-Cos (…)2026-09-07

💻 bioinformatics

labapi: a Python object model for the LabArchives electronic lab notebook

labapi एक पायथन लाइब्रेरी है जो इसके फ्लैट API को एक सहज ऑब्जेक्ट मॉडल में अनुवादित करके कम्प्यूटेशनल वर्कफ़्लो और LabArchives इलेक्ट्रॉनिक लैब नोटबुक के बीच एक सेतु का कार्य करती है, जिससे प्रायोगिक डेटा के निर्बाध पठन और लेखन को स्वचालित किया जाता है ताकि मैनुअल अपलोड को समाप्त किया जा सके।

Li, C., Lawrimore, J., Moraczewski, D., Thomas, A. G.2026-09-07

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PharmCast: rapid generation of three-dimensional pharmacophore fingerprints from two-dimensional structure without conformer generation

PharmCast एक फीडफॉरवर्ड न्यूरल नेटवर्क है जो बिना कन्फ़ॉर्मर जनरेशन के सीधे 2D SMILES स्ट्रिंग्स से 3D फार्माकोफोर फिंगरप्रिंट्स का तेजी से और सटीक रूप से पूर्वानुमान लगाता है, जिससे पारंपरिक तरीकों की तुलना में बहुत कम कम्प्यूटेशनल लागत पर कुशल वर्चुअल स्क्रीनिंग और स्कैफोल्ड हॉपिंग संभव हो पाती है।

Muskal, S. M., McGregor, M. J.2026-09-07

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Trustworthy ML/AI for Aging Clocks: Preventing Systematic Prediction Bias in Biological Age Estimation

यह शोध पत्र मशीन लर्निंग-आधारित एजिंग क्लॉक्स (aging clocks) में व्यवस्थित भविष्यवाणी पूर्वाग्रह (systematic prediction bias) के महत्वपूर्ण मुद्दे की पहचान और समाधान करता है, जो डाउनस्ट्रीम एसोसिएशन विश्लेषणों को विकृत कर सकता है, और वैध जैविक आयु अनुमान और निष्कर्ष सुनिश्चित करने के लिए एक कड़े अनुकूलन ढांचे (constrained optimization framework) का प्रस्ताव करता है।

Lee, H., Ye, Z., Yang, Y., Pan, Y., Maron, B., Wang, Z., Kochunov, P., Thompson, P., Hong, L. E., MA, T., Chen, C., Chen (…)2026-09-06

💻 bioinformatics

RevPert: predicting candidate drivers of transcriptomic state transitions via gallery-native reverse perturbation

RevPert एक गैलरी-नेटिव रिवर्स परटर्बेशन मॉडल है जो साइन्ड पीयरसन कनेक्टिविटी को एक सीखे हुए रेसिडुअल के साथ जोड़कर ट्रांसक्रिप्टोमिक स्टेट ट्रांज़िशन के संभावित जेनेटिक ड्राइवर्स को प्राथमिकता देता है, जो मौजूदा बेसलाइन की तुलना में होल्ड-आउट इंटरवेंशन को रिकवर करने और रोग-प्रासंगिक एंकर्स की पहचान करने में बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है।

Liang, S., Yang, C., Wang, J., Li, y.2026-09-06

💻 bioinformatics

Coarse composition suffices: tabular in-context learning for multi-activity antimicrobial peptide profiling

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि 330 व्याख्यात्मक डिस्क्रिप्टर्स (interpretable descriptors) के साथ एक सरल, केवल-अनुक्रम (sequence-only) पाइपलाइन, जो TabPFN फाउंडेशन मॉडल को जोड़ती है, ESCAPE बेंचमार्क पर मल्टी-लेबल एंटीमाइक्रोबियल पेप्टाइड प्रोफाइलिंग में जटिल, संरचना-सशर्त डीप लर्निंग दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करती है, और ग्रेडिएंट-आधारित प्रशिक्षण या संरचनात्मक डेटा की आवश्यकता के बिना अत्याधुनिक सटीकता प्राप्त करती है।

Pal, A., Kumar, R., Solanki, D., Pareek, P., Singh, J., Singla, J.2026-09-06

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