💻 bioinformatics

Covariance Nonstationarity is Evident in Spatial Transcriptomics and Provides a New Categorization of Spatially Varying Genes

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि कोवेरिएंस नॉन-स्टेशनैरिटी (covariance non-stationarity) स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में एक प्रचलित और जैविक रूप से महत्वपूर्ण विशेषता है जो सामान्य गॉसियन प्रोसेस (Gaussian process) धारणाओं का उल्लंघन करती है, जिससे स्थानिक रूप से परिवर्तनशील जीनों के लक्षण वर्णन और वर्गीकरण के तरीके के पुनर्मूल्यांकन की आवश्यकता उत्पन्न होती है।

Velidi, P., Wei, Z., Nathoo, F.2026-09-05
💻 bioinformatics

Comparing phenotypic manifolds with Kompot: Cluster-free differential expression at single-cell resolution

यह शोधपत्र कोम्पोट (Kompot) का परिचय देता है, जो एक क्लस्टर-मुक्त सांख्यिकीय ढांचा है जो कोशिका घनत्व और जीन अभिव्यक्ति को निरंतर फलनों (continuous functions) के रूप में मॉडल करके मल्टी-कंडीशन डेटा के सिंगल-सेल रिज़ॉल्यूशन वाले तुलनात्मक विश्लेषण को सक्षम बनाता है, ताकि पूर्व-निर्धारित कोशिका प्रकारों पर निर्भर किए बिना विभेदक प्रचुरता (differential abundance) और स्थानीयकृत, विषम ट्रांसक्रिप्शनल परिवर्तनों का पता लगाया जा सके।

Otto, D. J., Arriaga-Gomez, E., Thieme, E., Yang, R., Lee, S. C., Setty, M.2026-09-04
💻 bioinformatics

Probing the transcriptome response to shivering in skeletal muscle using a multilayered bioinformatics approach

यह अध्ययन बार-बार होने वाली थरथराहट (shivering) के जवाब में मानव कंकाल की मांसपेशियों के सुदृढ़, लिंग-विशिष्ट ट्रांसक्रिप्शनल सिग्नेचर को लक्षणबद्ध करने के लिए एक बहुस्तरीय बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोण का उपयोग करता है, जो यह प्रकट करता है कि कैसे ये आणविक अनुकूलन शीत अनुकूलन (cold acclimation) के साथ कम हो जाते हैं और बेहतर चयापचय स्वास्थ्य में सुधार के लिए नए यांत्रिक अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं।

Kalkhoven, E., Baak, R. E., Hooiveld, G. J. E. J., Schrauwen, P., Hoeks, J., Raymakers, R., van der Stolpe, A., Kersten (…)2026-09-04
💻 bioinformatics

Experimental and In Silico Analysis of the Structural Dynamics of Dengue NS2B-NS3 Protease

यह अध्ययन डेंगू वायरस NS2B-NS3 प्रोटीज की pH-निर्भर संरचनात्मक गतिशीलता और संरचनात्मक लचीलेपन को चित्रित करने के लिए प्रयोगात्मक बायोफिजिकल विश्लेषणों और कम्प्यूटेशनल सिमुलेशन को एकीकृत करता है, जो pH-विशिष्ट एंटीवायरल अवरोधकों के तर्कसंगत डिजाइन के लिए महत्वपूर्ण अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।

Muthuvel, s. k., BALAKRISHNAN, S. S., MANJINI, S., DHAL, K., DAS, S., S, D.2026-09-04
💻 bioinformatics

CoTRA: an integrated R/Shiny framework for transparent bulk and single-cell RNA-seq analysis

CoTRA एक ओपन-सोर्स, मॉड्यूलर R/Shiny फ्रेमवर्क है जो बल्क और सिंगल-सेल RNA-seq विश्लेषण दोनों के लिए पारदर्शी और पुनरुत्पादक वर्कफ़्लो को एकीकृत करता है, जो व्यापक कार्यक्षमता, क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म अनुकूलता और मौजूदा उपकरणों के बराबर या उनसे बेहतर प्रमाणित प्रदर्शन प्रदान करता है।

Seemab, U., Vainionpaa, K., Tanoli, Z., Leinonen, H. O.2026-09-03
💻 bioinformatics

spatialMET: an open and scalable framework for spatial metabolomics analysis

यह शोधपत्र spatialMET को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स, स्केलेबल फ्रेमवर्क है जो प्रीप्रोसेसिंग, डोमेन डिटेक्शन और सांख्यिकीय परीक्षण सहित स्थानिक मेटाबोलोमिक्स विश्लेषण के लिए एक एंड-टू-एंड वर्कफ़्लो प्रदान करता है—जबकि उच्च-प्रदर्शन कंप्यूटिंग क्षमताओं और पुनरुत्पादनीय डॉकर परिनियोजन (Docker deployment) के माध्यम से मौजूदा उपकरणों की सीमाओं को दूर करता है।

Mekonnen, Y. A., Ospina, O. E., Rubio, V., Welsh, E., Uddin, R., Ackerman, H. D., Soupir, A., Cox, J. E., Fridley, B. L. (…)2026-09-03
💻 bioinformatics

An annotation-overlap-flagged rare-disease gene-prioritisation benchmark and PMC index recipe

यह शोध पत्र 1,047 दुर्लभ-रोग मामलों के एक स्तरीकृत बेंचमार्क को प्रस्तुत करता है जिसे स्रोत साहित्य के साथ एनोटेशन ओवरलैप को चिह्नित करके जीन-प्राथमिकता मूल्यांकन में चक्रीयता (circularity) को मापने और कम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, साथ ही इसमें 2.25 मिलियन PMC ओपन एक्सेस लेखों पर एक हाइब्रिड रिट्रीवल इंडेक्स बनाने के लिए एक वर्ज़न-पिन्ड रेसिपी भी दी गई है।

Angulo, J., Yeste, V., Espinos-Morato, H.2026-09-03
💻 bioinformatics

Bravais Lattice Sampling: Geometry-Guided Sparse Probing for Connected-Component Detection in 3D Discretized Spaces

यह शोध पत्र ब्रावे लैटिस सैंपलिंग (BLS) प्रस्तुत करता है, जो एक ज्यामिति-निर्देशित दो-चरणीय एल्गोरिदम है जो व्यापक रास्टर स्कैन के स्थान पर विरल लैटिस प्रोबिंग और लक्षित विस्तार का उपयोग करके 3D विविक्त (discretized) स्थानों में जुड़े उच्च-घनत्व वाले क्षेत्रों को कुशलतापूर्वक पहचानता है, जिससे मौजूदा विधियों की तुलना में समान या कम कम्प्यूटेशनल लागत के साथ 100% रिकॉल प्राप्त होता है।

Carrascoza, F.2026-09-03
💻 bioinformatics

Interactive downstream proteomics analysis with MiraProt using Mueller cell proteomes from equine recurrent uveitis

यह शोध पत्र मीराप्रोट (MiraProt) को प्रस्तुत करता है, जो इंटरैक्टिव डाउनस्ट्रीम प्रोटिओमिक्स विश्लेषण के लिए एक मॉड्यूलर और मेटाडेटा-जागरूक आर शाइनी (R Shiny) प्लेटफॉर्म है, और घोड़ों में इक्वाइन रिकरेंट यूवेइटिस (equine recurrent uveitis) से म्यूलर सेल प्रोटिओम के पुनरविश्लेषण द्वारा इसकी उपयोगिता को प्रदर्शित करता है ताकि एक इंटरफेरॉन-उत्तरदायी, कोशिका-चक्र-जुड़े हुए, और एमएचसी क्लास II-जुड़े हुए प्रोटीन सिग्नेचर का अनावरण किया जा सके।

Schmalen, A., Fleischer, A. B., Riedel, B. M., Deeg, C. A.2026-09-02
💻 bioinformatics

Mural-VISTA: A tool for mural cell-vessel interaction assessment and multiscale single-cell topo-morphological analysis

लेखकों ने मुरल सेल-वेसल इंटरैक्शन और मल्टीस्केल टोपो-मॉर्फोलॉजिकल मेट्रिक्स के 3D विश्लेषण के लिए एक सेमी-ऑटोमेटेड पायथन वर्कफ़्लो, Mural-VISTA विकसित किया, जिसने परिवर्तित RhoA गतिविधि द्वारा संचालित पेरिसाइट्स और वैस्कुलर स्मूथ मसल सेल्स में कोशिका-प्रकार-विशिष्ट संरचनात्मक परिवर्तनों को प्रकट किया।

Zeng, H., Hu, M., Phng, L.-K., Matsunaga, Y. T.2026-09-01