850 पेपर
सार्वजनिक डेटासेटों का कड़े सांख्यिकीय नियंत्रणों के साथ पुनर्संयोजन करके 1,828 साइटों का एक उच्च-विश्वास वाला मानव मिथाइलेशन एटलस स्थापित करते हुए, लेखकों ने एक ट्रांसफर-लर्निंग-आधारित डीप लर्निंग मॉडल (AHLF-Methylation) विकसित और मान्य किया है जो मिथाइलेटेड पेप्टाइड्स के पता लगाने और स्थानीयकरण में महत्वपूर्ण सुधार करता है।
VirProtRAG एक रिट्रीवल-ऑगमेंटेड जनरेशन फ्रेमवर्क है जो हाइब्रिड लिटरेचर रिट्रीवल और एविडेंस-बेस्ड री-रैंकिंग को एकीकृत करके वायरल प्रोटीन फंक्शन एनोटेशन को बढ़ाता है ताकि सत्यापन योग्य, उच्च-गुणवत्ता वाले कार्यात्मक अंतर्दृष्टि उत्पन्न की जा सके और मौजूदा विशेषज्ञ क्यूरेशन का विस्तार किया जा सके।
यह शोध पत्र MSpangenome को प्रस्तुत करता है, जो एक वंशावली-जागरूक (genealogy-aware) ढांचा है जो ज्ञात विकासवादी ग्राउंड ट्रुथ के साथ यथार्थवादी जनसंख्या पैनजीनोम उत्पन्न करने के लिए कोलेसेंट सिमुलेशन और पैनजीनोम ग्राफ निर्माण के बीच सेतु बनाता है, जिससे ग्राफ-आधारित जीनोमिक उपकरणों का कठोर बेंचमार्किंग सक्षम होता है।
जीन ट्री विसंगति (gene tree discordance) का विश्लेषण करने के लिए POInT टूल का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रमाण प्रदान करता है कि टेलीओस्ट (teleost), पैरामीशियम (Paramecium) और बेकर्स यीस्ट (baker's yeast) की वंशावलियों में पोस्ट-ऑलॉपॉलीप्लॉइडी (post-allopolyploidy) आनुवंशिक आदान-प्रदान से जुड़ी "विलंबित" डिप्लोइडाइजेशन (diploidization) हुई थी, जो इस दृष्टिकोण को चुनौती देता है कि डिप्लोइडाइजेशन हमेशा एक तीव्र प्रक्रिया होती है।
यह शोध पत्र synpact को प्रस्तुत करता है, जो Rust में लिखा गया एक मेमोरी-कुशल और तेज़ PacBio HiFi रीड मैपर है, जो सटीक परिणामों के लिए स्थानीय रूप से सुसंगत (locally-consistent) सिंकमर ब्लॉक्स (syncmer blocks) के पदानुक्रम का उपयोग करता है ताकि minimap2 जैसे अत्याधुनिक उपकरणों के समान सटीकता प्राप्त की जा सके, जबकि बड़े या दोहराव वाले जीनोम पर पीक मेमोरी उपयोग को काफी कम करता है और रनटाइम में सुधार करता है।
यह अध्ययन GLUT ट्रांसपोर्टर परिवार में रोगजनकता पैटर्न (pathogenicity patterns) को मैप करने के लिए AlphaMissense का उपयोग करता है, जो यह प्रकट करता है कि मिसेंस म्यूटेशन (missense mutations) ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन, पोर-लाइनिंग अवशेषों (pore-lining residues) और केंद्रीय गुहा (central cavity) में सबसे अधिक हानिकारक होते हैं, जबकि परिवार में रोगजनकता में भिन्नता कार्यात्मक अतिरेक (functional redundancy) और शारीरिक अनिवार्यता (physiological essentiality) के प्रभाव का सुझाव देती है।
ProteoDUDes एक ओपन-सोर्स टूल है जो लोकप्रिय एनोटेशन टूल्स के परिणामों को प्रोसेस करके मेटाप्रोटिओमिक्स में टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग की सटीकता को बढ़ाता है ताकि फॉल्स पॉजिटिव दरों को काफी कम किया जा सके, जिससे जटिल नमूनों में कार्यात्मक रूप से सक्रिय जीवों की अधिक विश्वसनीय पहचान संभव हो सके।
यह शोध पत्र GAZE को प्रस्तुत करता है, जो एक भौतिकी-सूचित ग्राफ न्यूरल नेटवर्क (physics-informed graph neural network) है जो सटीक शून्य-शून्य (zero-shot) मेटाबोलाइट सांद्रता की भविष्यवाणी करने के लिए जीन अभिव्यक्ति, एंजाइम कार्यात्मक एम्बेडिंग और मेटाबोलाइट डिस्क्रिप्टर को एकीकृत करता है, जो मेटाबोलाइट-विशिष्ट प्रशिक्षण की आवश्यकता के बिना विविध जैविक संदर्भों में यह कार्य करता है।
WattmaMod एक नवीन डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो स्वयं-पर्यवेक्षित प्रीट्रेनिंग (self-supervised pretraining), वेवलेट-गाइडेड एनकोडिंग (wavelet-guided encoding) और डायनेमिक क्रॉस-अटेंशन (dynamic cross-attention) का लाभ उठाता है ताकि सीमित लेबल वाले संसाधनों के बावजूद, नैनोपोर डायरेक्ट आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा से विविध आरएनए संशोधनों की मजबूत, उच्च-रिज़ॉल्यूशन और विस्तार योग्य प्रोफाइलिंग को सक्षम बनाया जा सके।
MCD Stitcher एक ओपन-सोर्स पायथन टूल है जो मालिकाना इमेजिंग मास साइटोमेट्री (.mcd) फाइलों को स्वचालित होल-स्लाइड स्टिचिंग के साथ इंटरऑपरेबल OME-TIFF प्रारूपों में परिवर्तित करता है, जिससे वेंडर-विशिष्ट सॉफ़्टवेयर के बिना मानक वर्कस्टेशन पर बड़े पैमाने पर स्थानिक विश्लेषण सक्षम होता है।